Jack Aubrey et Stephen Maturin, un médecin scientifique, sont des amis proches et particuliers de longue date, ayant navigué ensemble à de précédentes occasions. Ils se rejoignent à nouveau pour un voyage prolongé du HMS Surprise, une frégate de la Royal Navy. Le capitaine Aubrey est chargé de transporter une délégation politique à Kampong, distante de plusieurs milliers de kilomètres. En chemin, Aubrey et Maturin s’inquiètent pour Sophie Williams et Diana Villiers, leurs amours respectives. Malheureusement, l’ambassadeur meurt de mauvaise santé lorsque le voyage est presque terminé et Aubrey retourne le navire. Il rejoint une flotte anglaise attaquée par une escadre navale française et mène une défense spectaculaire et réussie avant de débarquer à Calcutta pour des réparations. A Calcutta, Maturin engage l’amant de Diana dans un duel au pistolet et tue son adversaire tout en recevant une terrible blessure à la poitrine. Maturin extrait ensuite la balle par lui-même et les deux hommes rentrent chez eux, le reste de leur voyage se déroulant relativement sans incident.
Le roman est le troisième d’une série de vingt traitant des expériences et des aventures du capitaine Jack Aubrey, de la Royal Navy, et de Stephen Maturin, homme de science et de médecine. En tant que tel, le roman présuppose que le lecteur a une certaine familiarité avec les principaux personnages, notamment Aubrey, Maturin, Sophie Williams et Diana Villiers. Bien que les différentes relations et situations actuelles des quatre personnages soient passées sous silence, le peu de détails donnés semblerait indiquer que leurs relations ne sont pas d’une importance primordiale pour l’intrigue, ce qui n’est en fait pas le cas.
Le roman s’ouvre sur une séquence de sauvetage passionnante; un Maturin trop confiant accepte une mission de renseignement secret peu réfléchie qui aboutit à sa capture, son emprisonnement et sa torture. Aubrey, aux commandes temporaires d’une frégate de retour en Angleterre, apprend le sort de Maturin et exécute un sauvetage audacieux. Les deux hommes rentrent ensuite chez eux où Aubrey, extrêmement habile sur l’eau mais presque incompétent à terre, cède le commandement de la frégate au capitaine normal et est ensuite arrêté et emprisonné pour dette en raison d’une série de transactions fiduciaires inconsidérées menées dans un précédent roman. Pendant ce temps, Maturin récupère progressivement sa santé et retrouve l’usage de son corps brisé.
Les amis de Maturin dans le service de renseignement souhaitent réhabiliter sa réputation d’homme de savoir et de médecine, et s’arrangent donc pour l’envoyer faire une course prolongée dans des régions scientifiquement largement inexplorées; il pourra ainsi publier des monographies et retrouver sa réputation scientifique. L’ami particulier de Maturin, Aubrey, est choisi pour commander le navire qui effectuera la mission de livrer un ambassadeur politique dans un royaume lointain. Les deux hommes sont ainsi affectés à HMS Surprise et rapidement embarquer et quitter l’Angleterre. Le reste du roman traite de leurs expériences de navigation vers et depuis l’Inde.
Pendant le voyage, l’ambassadeur meurt et Aubrey retourne le navire, commentant la frustration d’avoir fait une course folle. Le navire tombe alors avec une flotte de retour d’Indiens qui sillonnent le commerce d’Extrême-Orient. La flotte est harcelée par une escadre française. Aubrey organise une défense improbable mais fougueuse ; bien que son navire subisse de graves dommages, son plan contrecarre l’attaque française et Aubrey est à nouveau régalé en tant que capitaine magistral et chef d’hommes. Le navire s’arrête ensuite à Calcutta pour des réparations. Là-bas, Maturin rencontre son amour, Diana Villiers, vivant une liaison scandaleuse avec un certain M. Canning. L’incendiaire Canning frappe Maturin à une occasion, et Maturin en profite pour exiger une satisfaction d’honneur. Un duel au pistolet s’ensuit et Maturin tue Canning mais reçoit en retour un terrible coup dans la poitrine. Dans une scène chirurgicale mémorable mais improbable, Maturin utilise un grand miroir pour extraire la balle de sa propre poitrine. À sa demande, Diana retourne en Angleterre à bord d’un navire non militaire; elle fait croire à Maturin blessé et malade qu’ils se sont fiancés et qu’ils se marieront en Angleterre.
L’action principale du roman terminée, Maturin et Aubrey rentrent chez eux via un long voyage qui s’avère généralement sans incident. Ils arrivent chez eux pour découvrir que l’honorable Sophie attend avec impatience le retour d’Aubrey en prévision du mariage; la belle mais infidèle Diana, cependant, a rencontré un autre jeune homme riche et s’est enfuie avec lui en Amérique, laissant Maturin déprimé et seul.