Des histoires d’abus de prisonniers ont commencé à émerger de la prison américaine de Guantanamo, à Cuba, peu de temps après la guerre en Afghanistan. La nouvelle catégorie de « combattant ennemi » exonère les prisonniers des règles normales de la Convention de Genève. Une nouvelle méthode d’interrogatoire s’est répandue en Irak et dans les prisons. On a beaucoup parlé de la rupture complète du commandement, qui a permis de telles atrocités de se produire.
Au lendemain du 11 septembre, le président Bush a autorisé un plan d’action spécial pour permettre aux cibles ennemies d’être « neutralisées » n’importe où dans le monde. Ce plan d’assassinat sanctionné par le gouvernement a inquiété de nombreuses personnes, qui pensaient que cette politique serait utilisée contre les États-Unis à l’avenir.
Des images ont été révélées dans une prison irakienne appelée Abu Ghraib, qui a documenté les mauvais traitements infligés aux prisonniers. L’administration Bush a fait de nombreuses tentatives pour minimiser les abus en tant qu’actes isolés. Les preuves ont montré que la prison fonctionnait dans une atmosphère d’autorité minimale et sans aucune directive sur les interrogatoires formels.
En ce qui concerne le 11 septembre, le FBI semblait incapable d’analyser la grande quantité d’informations dont il disposait pour voir qu’une attaque était imminente. La communauté du renseignement américain était en déclin depuis la chute de l’Union soviétique. Même lorsque l’un des pirates de l’air a été capturé avant le 11 septembre, il n’a pas été interrogé pour savoir ce qui pourrait arriver. Après coup, il était clair qu’il n’avait eu aucune incitation à travailler avec le gouvernement et à parler de ce qu’il savait.
La guerre en Afghanistan a commencé avec de nombreux arguments politiques et le pouvoir des talibans a été largement sous-estimé. Plusieurs unités ont subi des dégâts importants (bien que, pour la plupart, cela n’ait pas été rapporté par les médias). Puis les talibans se sont effondrés et les chefs de guerre afghans ont pris le relais.
Ahmad Chalabi a été présenté comme le chef dissident des Irakiens. Même dans son rôle de leader du Congrès national irakien, il n’était pas soutenu par le Pentagone et les services de renseignement. Alors que l’administration poussait plus fort pour la guerre avec l’Irak, les opinions dissidentes ont été en grande partie annulées. Certains membres de l’Administration avaient personnellement beaucoup à gagner à déclencher une guerre en Irak, notamment le président du Conseil de la politique de défense, Richard Perle.
Un rapport détaillant une tentative des Irakiens d’obtenir de l’uranium du Niger pour le programme nucléaire irakien a été salué par l’administration comme une preuve des mauvaises intentions de Saddam et une autre raison d’entrer en guerre. Peu de temps après, il a été démontré que le rapport était complètement faux, et on s’est demandé comment une contrefaçon aussi évidente était parvenue au bureau du président. Il y avait de nombreux arguments entre le Pentagone, l’Administration et la CIA quant à la manière de procéder avec les plans de guerre.
Donald Rumsfeld dirigeait les préparatifs de guerre. Il a contourné les canaux militaires typiques et a gravement sous-estimé les troupes nécessaires. Rumsfeld était également un grand partisan des opérations secrètes, y compris des escouades d’opérations spéciales. La guerre secrète s’est déplacée en Irak, pour travailler contre les insurgés.
Un autre allié douteux dans la guerre contre le terrorisme était le général Pervez Musharraf, le chef du Pakistan. L’Administration a loué ses efforts, même si la CIA a douté de sa détermination. Le Pakistan a également été impliqué dans les efforts visant à vendre ses informations nucléaires à la Corée du Nord et à la Libye. L’administration a refusé de critiquer Musharraf pour cela.
Au lendemain de la guerre en Irak, de nombreuses régions sont encore très critiques pour l’avenir de la région. Il s’agit notamment de pays comme l’Arabie saoudite, la Syrie, l’Iran, Israël et la Turquie.