John Wheelwright, d’âge moyen, entreprend de raconter l’histoire de son enfance à Gravesend, dans le New Hampshire. Il se souvient de son meilleur ami, Owen Meany, comme du garçon qui a tué sa mère et restauré la foi de John en Dieu. John décrit Owen comme un enfant étrange. Un tout petit garçon, même pour un nain. Sa peau est lumineuse et sa voix haute et nasillarde. John se souvient de l’amour d’Owen pour sa mère, Tabitha Wheelwright, comme étant à la limite du béguin. Tabby, en retour, traite Owen comme s’il était son propre fils, allant jusqu’à intervenir auprès de ses parents au nom d’Owen pour assurer sa fréquentation de la prestigieuse Gravesend Academy. L’un des plus grands mystères de la vie de John est l’identité de son père ; John a été conçu lors d’une « aventure » que sa mère a eue alors qu’elle voyageait à Boston. Les Wheelwrights sont une famille ancienne et distinguée de Gravesend (le premier John Wheelwright était l’un des pères fondateurs), contrairement à la famille d’Owen. Owen tue accidentellement Tabitha Wheelwright, la mère de John, avec une fausse balle lors d’un match de baseball. John au cœur brisé passe la moitié de son temps avec sa grand-mère et l’autre moitié avec son beau-père, Dan Needham. John aime Dan, qui enseigne l’histoire à la Gravesend Academy, car Dan devient pour lui comme un véritable père.
En décembre 1953, six mois après la mort de Tabby, Owen Meany remporte deux rôles principaux : l’un en tant qu’enfant Jésus dans la production religieuse de l’histoire de Noël et l’autre en tant que fantôme du futur Noël dans A Christmas Carol de Charles Dickens. La production de l’église tourne mal quand Owen aperçoit ses parents dans le public. Sa performance dans la pièce de Dickens est tout aussi inspirante qu’effrayante. Lors de la représentation finale, Owen a une vision dans laquelle il voit sa propre pierre tombale gravée de la date de sa mort. Owen commence à faire l’expérience d’un rêve récurrent révélant des détails supplémentaires sur sa mort, l’amenant à croire qu’il est l’instrument de Dieu. Il révèle à John qu’il pense avoir interrompu un ange de la mort lorsqu’il s’agissait de prendre Tabby et qu’en conséquence, Dieu l’a amené à la tuer. John croit à un état de fièvre, a halluciné Owen, prenant le mannequin de couturière de Tabby pour un ange.
Owen force John à commencer à pratiquer « le tir » et les garçons entrent à la Gravesend Academy. Owen s’épanouit à la fois sur le plan académique et social et écrit une chronique intitulée « THE VOICE ». Cependant, il se fait un ennemi du nouveau directeur qui parvient finalement à expulser Owen lorsqu’il découvre qu’Owen fabrique de fausses cartes d’identité pour ses camarades de classe. Owen riposte en retirant la statue de Marie-Madeleine de l’église catholique locale et en la plaçant dans la salle de réunion du matin. L’expulsion d’Owen lui fait perdre ses bourses d’études à Harvard et Yale ainsi qu’à l’Université du New Hampshire. Il s’inscrit au ROTC pour payer ses études universitaires. John déclare une majeure en anglais et excelle alors que les seules classes dans lesquelles Owen reçoit de bonnes notes sont les classes ROTC. Owen et Hester, la seule cousine de John, développent une relation. Owen espère une mission de combat au Vietnam, car c’est là qu’il pense, sur la base de ses visions, qu’il mourra. Cependant, sa petite taille l’empêche de terminer le parcours du combattant et il se voit confier des tâches administratives en Arizona (il accompagne les corps des soldats tombés au combat jusqu’à leurs domiciles). John fréquente des études supérieures. Owen ampute le « doigt à gâchette » de John avec une scie à diamant dans la boutique du monument de son père pour s’assurer que John ne soit jamais enrôlé.
À l’été 1968, Owen appelle John et lui demande de venir passer quelques jours à Phoenix. Les deux amis passent quelques jours ensemble. John accompagne Owen à sa prochaine mission – livrer le corps d’un soldat mort à sa famille – et observe le frère cadet du soldat, Dick Jarvits. Le grand garçon de quinze ans vit pour le jour où il s’enrôlera, partira au Vietnam et tuera des Vietnamiens. Le jour où il croit qu’il est destiné à mourir, Owen accompagne John à l’aéroport pour son vol de retour. Ils regardent un groupe de religieuses accompagné d’un certain nombre d’orphelins de guerre vietnamiens débarquer d’un avion. Owen assiste les religieuses et escorte les enfants mâles jusqu’aux toilettes. Dick Jarvits entre avec une grenade réelle à la main. Dans un vietnamien parfait, Owen ordonne aux enfants de s’allonger. Jarvits lance la grenade dans la pièce et John l’attrape. La pratique acharnée de « The Shot » de John et Owen porte ses fruits ; John lance la grenade à Owen, qui saute en l’air. John attrape Owen et le soulève jusqu’au rebord de la fenêtre. La grenade explose, arrachant les bras d’Owen sous ses coudes. Owen se vide de son sang sur les genoux d’une nonne et meurt en héros.
La veille des funérailles d’Owen à Gravesend, John rend visite au révérend Merrill. Le fantôme d’Owen possède le révérend et révèle que Merrill est le père de John. Le révérend révèle qu’il souhaitait que Tabby meure juste avant que la balle ne la frappe et, par conséquent, Dieu l’a abandonné. John fait une farce au révérend pour l’aider à restaurer sa foi : il place le mannequin de couturière de Tabby à l’extérieur de l’église et le révérend le prend pour son fantôme. Sa foi restaurée, le révérend Merrill est en mesure de prononcer un éloge funèbre sincère pour Owen.
Après les funérailles, John rend visite aux Meanys. M. Meany prétend qu’Owen est né d’une vierge, quelque chose qu’il a dit à Owen quand il avait onze ans et à peu près au même moment où Owen a accidentellement tué Tabby Wheelwright. Pour Jean, cette révélation est monstrueuse et ne peut pas être vraie. John continue de demander à Dieu de rendre Owen Meany.