Aux États-Unis, des personnes ont transmis le coronavirus pandémique à des cerfs de Virginie au moins 109 fois, et les animaux ont largement propagé le virus entre eux, un tiers des cerfs testés dans une grande étude dirigée par le gouvernement montrant des signes d’infection antérieure. Les travaux suggèrent également que les ruminants omniprésents ont renvoyé le virus aux personnes en nature au moins trois fois.
Les résultats, annoncés cette semaine par le département américain de l’Agriculture, sont conformes à des recherches antérieures, qui suggéraient que le cerf de Virginie peut facilement attraper le SRAS-CoV-2 des humains, le transmettre les uns aux autres et, sur la base d’au au moins un cas au Canada, transmettent le virus aux humains.
Mais la nouvelle étude, dirigée par le Service d’inspection de la santé animale et végétale (APHIS) de l’USDA, fournit une image plus large de la dynamique de transmission du cerf aux États-Unis et renforce finalement la crainte que le cerf de Virginie ait le potentiel d’être un réservoir de virus. Autrement dit, les populations de cerfs peuvent acquérir et héberger des lignées virales du SRAS-CoV-2, qui peuvent s’adapter à leurs nouveaux hôtes et se répercuter sur les humains, provoquant de nouvelles vagues d’infection. Il est concevable que les virus passant des cerfs aux humains puissent à un moment donné être considérés comme de nouvelles variantes, potentiellement avec la capacité d’esquiver nos protections immunitaires construites à partir d’infections et de vaccinations passées.
« Les cerfs interagissent régulièrement avec les humains et se trouvent couramment dans les environnements humains – près de nos maisons, de nos animaux domestiques, des eaux usées et des déchets », a déclaré le Dr Xiu-Feng « Henry » Wan, un expert des maladies infectieuses émergentes à l’Université du Missouri qui a dirigé quelques de la recherche, a déclaré dans un communiqué. « Le potentiel du SRAS-CoV-2, ou de toute maladie zoonotique, à persister et à évoluer dans les populations d’animaux sauvages peut poser des risques uniques pour la santé publique. »
Entre fin 2021 et 2022, l’USDA, avec des chercheurs et des partenaires d’État, a interrogé plus de 11 000 cerfs de Virginie de 26 États et de Washington, DC. Parmi ceux-ci, 31,6 % avaient des anticorps indiquant une infection antérieure par le SARS-CoV-2, et 12,2 % avaient un virus SARS-CoV-2 détectable.
Pour une autre partie de l’étude, les chercheurs ont collecté environ 9 000 échantillons respiratoires de cerfs dans 26 États et à Washington, DC, entre fin 2021 et début 2022, puis ont séquencé les génomes viraux de près de 400 virus SARS-CoV-2 isolés. Une analyse évolutive des séquences génétiques a suggéré qu’il y avait au moins 109 événements de débordement des humains aux cerfs, avec des preuves de transmission ultérieure chez les cerfs à partir de là. Les virus trouvés chez les cerfs couvraient plusieurs variantes circulant chez l’homme, notamment Alpha, Gamma, Delta et Omicron. Les données ont également trouvé des preuves de modifications génétiques spécifiques aux cerfs des virus SARS-CoV-2 lorsqu’ils se déplaçaient d’un cerf à l’autre.
Enfin, les données génétiques ont suggéré trois retombées de virus SARS-CoV-2 adaptés aux cerfs vers les humains – deux en Caroline du Nord et une dans le Massachusetts. Pour cela, les chercheurs ont comparé les séquences du SARS-CoV-2 du cerf à des séquences de virus isolés chez l’homme, disponibles via des bases de données publiques. Dans les trois cas de débordement possibles, les isolats de SRAS-CoV-2 provenant de cas humains étaient identiques à plus de 99,9 % aux virus adaptés aux cerfs collectés sur des cerfs dans les États correspondants. Ces résultats ont été publiés cette semaine par Wan et ses collègues dans Nature Communications.
Depuis la collecte et l’analyse de ces données, l’APHIS a étendu sa surveillance du SRAS-CoV-2 chez les cerfs. Pour l’instant, alors que les données continuent d’indiquer le potentiel des cerfs à agir comme réservoir, rien ne prouve qu’ils jouent un rôle important dans la transmission du SRAS-CoV-2. Il y a aussi une foule d’inconnues que les chercheurs essaieront de résoudre, y compris comment se produit exactement la transmission de cerf à humain et d’homme à cerf.