Year of Wonders: A Novel of the Plague est une représentation fictive d’événements réels survenus dans le petit village anglais d’Eyam en 1666. Lorsqu’une peste frappe le village, les habitants font le choix extraordinaire, dirigé par un jeune prêtre, de se mettre en quarantaine. pour empêcher la propagation de la maladie. L’histoire est racontée à travers les yeux d’une jeune femme de chambre, Anna Frith, alors qu’elle assiste à la désintégration de sa petite communauté alors que la mort fait des ravages dans chaque famille, y compris la sienne.
Avant que la peste ne commence, Anna est une jeune veuve avec deux petits garçons. Son mari, Sam, était mort dans un accident minier. Anna travaille comme femme de ménage au presbytère et occasionnellement au domaine local, Bradford Hall. La peste commence lorsqu’elle accueille un locataire, qui fait importer du tissu de Londres pour sa confection. Il meurt peu de temps après l’arrivée des rouleaux de tissu, et sa mort est rapidement suivie de celle des fils et des voisins d’Anna. Bientôt, beaucoup dans le village sont malades. Reconnaissant cela comme un fléau, le pasteur, Michael Mompellion, demande aux villageois de prêter serment en acceptant de mettre la ville en quarantaine pour empêcher la propagation de la maladie. Michael et sa femme, Elinor, passent la plupart de leur temps à s’occuper des malades et à prier avec les mourants. Anna les accompagne souvent.
Certains villageois se tournent vers la superstition et attribuent la peste à Mem et Anys Gowdie, sages-femmes et spécialistes des herbes. Les femmes sont brutalement assassinées par une foule. Anna avait toujours admiré ces femmes, et bientôt elle et Elinor ont commencé à étudier leurs herbes et leurs livres médicaux pour aider les malades et renforcer les bien-portants. Anna se rapproche d’Elinor, qu’elle considère comme une amie, une enseignante et une figure maternelle. Parfois, Anna ressent de la jalousie à propos de l’amour qui existe entre Elinor et Michael car elle est si seule avec tous ses proches morts. Elle essaie d’utiliser de l’opium pour engourdir sa douleur, mais décide de ne pas continuer le médicament après qu’Elinor ait partagé son histoire et sa dépendance aux coquelicots. Elinor raconte comment elle s’est enfuie avec un jeune homme qui l’a abandonnée. Enceinte et effrayée, elle a utilisé un tisonnier chaud pour détruire l’enfant à naître mais a également détruit son ventre et ne peut donc pas avoir d’enfants. Michael a travaillé sur la succession de son père et devient son ami, puis son mari.
Les superstitions continuent de s’intensifier car beaucoup prétendent avoir vu le fantôme d’Anys et la paient pour leur apprendre à prévenir la maladie. La belle-mère d’Anna, Aphra, est très superstitieuse et, comme le père d’Anna Joss, exprime du mépris envers les Mompellions. En été, la moitié du village est enterré. Anna demande à son père d’aider à creuser les tombes car le sacristain est mort, et Michael Mompellion est épuisé d’ajouter cela à toutes ses autres tâches. Joss accepte finalement mais commence à exiger des paiements élevés pour ses services, faisant de lui un homme méprisé en ville. Il tente finalement un meurtre pour voler un homme, mais l’homme survit. Les mains de Joss sont clouées à la mine de l’homme. Sa femme ne vient pas le chercher dans la nuit comme prévu car ses fils ont attrapé la peste, alors il meurt dans une tempête.
Les villageois se réunissent dans un espace extérieur au lieu de l’église afin qu’ils puissent se tenir plus éloignés et ne pas propager la maladie car elle se développe par temps chaud. Un villageois se tourne vers la flagellation, ce qui bouleverse grandement Mompellion. L’homme a débarrassé sa maison de tous biens sauf les croix artisanales. L’homme meurt finalement dans un accident et sa femme reçoit des meubles et des vêtements, mais elle meurt peu après de la peste. Mompellion reconnaît que la peste a été transmise à la femme à travers les cadeaux qu’elle a reçus. Il ordonne aux villageois de brûler tous leurs biens pour éviter une plus grande propagation.
Pendant ce temps, Aphra a été découvert comme étant le faux fantôme d’Anys Gowdie, qui a pris de l’argent aux villageois en échange de remèdes inutiles. Deux hommes la prennent en charge la nuit précédant son procès le lendemain. Ils l’ont mise dans du lisier de porc jusqu’au cou, auquel elle survit à peine. L’expérience supprime toutes les lambeaux de raison qu’Aphra avait laissés et elle devient folle. Anna s’inquiète pour sa petite fille, Faith, et essaie de rendre visite à Aphra. Elle découvre que Faith est également décédée et que sa mère a le cadavre accroché à un mur alors qu’elle déclame autour d’un feu. Tout le monde décide qu’il est préférable de laisser Aphra tranquille jusqu’à ce que sa crise soit terminée.
Il est devenu évident que la peste est terminée car il n’y a pas eu de nouveaux décès depuis des semaines. Elinor implore son mari de rouvrir le village. Une date est finalement fixée et tous les villageois se rassemblent pour entendre la nouvelle officielle. Mais avant qu’il puisse être partagé, Aphra apparaît avec le cadavre de sa fille. Elinor et Michael essaient de la réconforter, mais elle tue Elinor avant de se suicider.
Mompellion est inconsolable après la mort d’Elinor, tout comme Anna essaie de le sortir de sa dépression. Un jour, Anna prend son cheval et galope à travers un village voisin. Elle se sent soudain vivante et veut choisir la vie plutôt que la mort. Quand elle revient, Michael la salue et peu de temps après, ils s’embrassent et s’embrassent. Ils entrent au presbytère et font l’amour dans la cuisine. Plus tard, Michael se rend à son chalet et ils passent une tendre soirée et nuit ensemble. Dans la matinée, Anna découvre une vérité choquante – Michael n’avait jamais touché sa femme en guise de punition pour son péché lubrique et le meurtre de son enfant à naître. Maintenant qu’il a perdu la foi, il envisage de faire ce qu’il veut car tout cela n’avait aucun sens. Anna est repoussée par sa cruauté envers Elinor et s’enfuit. Elle trouve refuge dans l’église mais rencontre Elizabeth, la fille hautaine des Bradford. Elle dit à Anna que sa mère est en train de mourir en couches. Anna accepte d’essayer de l’aider.
Anna découvre que la grossesse de Mme Bradford est illégitime. Elle parvient à sauver la mère et la petite fille mais découvre bientôt qu’Elizabeth essaie de noyer l’enfant. Anna dit qu’elle va emmener le bébé et reçoit de l’argent en échange. Le lendemain matin, Mompellion l’avertit que Mme Bradford est en route et qu’Anna est en danger. Il lui donne son cheval et une lettre d’introduction pour rester avec le père d’Elinor. Anna décide de changer de cap et prend un bateau à destination de Venise. Elle décide de s’arrêter dans la ville portuaire arabe d’Oran. Elle épouse un médecin de nom uniquement pour pouvoir rester chez lui dans le cadre de son harem. Elle devient son assistante et apprend de nombreuses nouvelles façons d’aborder la santé et la médecine. Elle a également un bébé de Michael Mompellion qu’elle nomme Elinor. Le roman se termine avec Anna et ses deux filles s’aventurant dans la ville. Anna a retrouvé son indépendance, un travail qui la passionne et une maternité renouvelée.