La salle des reptiles commence avec les trois orphelins de Baudelaire, Violet, Klaus et Sunny, voyageant vers la maison de leur nouveau tuteur le long de Lousy Lane. Leur voyage est gâché par la forte odeur de raifort et leurs craintes concernant leur nouveau tuteur. Le Dr Montgomery Montgomery s’avère être bien plus que ce à quoi les enfants s’attendaient. Il semble vraiment ravi que les enfants partagent sa maison et son travail d’herpétologue ou d’expert en serpents. Il a un travail pour chacun des enfants, alors qu’ils se préparent pour leur expédition de recherche de serpents au Pérou. La salle des reptiles, où l’oncle Monty garde tous ses spécimens, fascine les enfants.
La joie des orphelins est cependant de courte durée, car le nouvel assistant de l’oncle Monty arrive au travail. Il s’appelle Stephano, et malgré son absence de cheveux, de sourcils et de barbe rasés, les enfants savent qu’il est en réalité le comte Olaf, leur parent maléfique qui en veut à leur fortune.
Même si les enfants essaient désespérément de comprendre le plan du comte Olaf, il a une longueur d’avance sur eux. Violet, Klaus et Sunny font de leur mieux pour avertir l’oncle Monty de la véritable identité de Stephano, mais leur avertissement arrive trop tard. L’oncle Monty est retrouvé mort dans la salle des reptiles, apparemment victime d’une morsure de serpent. Stephano essaie d’emmener les enfants au Pérou, mais il percute la voiture de M. Poe avant de quitter la maison de l’oncle Monty. Les enfants sont ravis de voir M. Poe, mais malheureusement, ils ne parviennent pas à le convaincre que Stephano est vraiment le comte Olaf.
Le Dr Lucafont arrive pour examiner le corps de l’oncle Monty et déclare que la mort est le résultat d’une morsure de serpent. Cependant, les enfants n’acceptent pas cette explication et se mettent au travail pour révéler la culpabilité de Stephano et sa véritable identité. Klaus fait des recherches sur le type de serpent qui, selon le Dr Lucafont, a tué l’oncle Monty, et Violet se met au travail pour trouver des preuves qui relieront Stephano au crime. Grâce à leur travail d’équipe, ils sont en mesure de prouver que la mort de l’oncle Monty n’était pas un accident et que Stephano est responsable.
Violet est également en mesure de prouver la véritable identité de Stephano en révélant qu’il a recouvert son tatouage révélateur de maquillage. Une fois que M. Poe l’a compris, le comte Olaf commence à planifier son évasion. Le Dr Lucafont propose d’emmener le comte Olaf à la police, mais Sunny révèle la véritable identité de Lucafont avant qu’ils ne puissent partir. Le Dr Lucafont est l’homme aux mains crochues, l’un des complices du comte Olaf.
Juste au moment où les enfants semblent avoir vaincu leur ennemi juré, Olaf parvient à s’échapper et M. Poe refuse de le suivre. Une fois de plus, les enfants seront transférés à un nouveau tuteur, craignant toujours que le comte Olaf ne se cache dans l’ombre, suivant chacun de leurs mouvements.