Confrontés à une apparente arme de destruction massive, les services de renseignement britanniques recrutent un quintet d’individus dotés d’une capacité extraordinaire à rechercher et à neutraliser la menace. La ligue assemblée de gentlemen extraordinaires, ironiquement dirigée par une jeune femme, récupère le composant essentiel de l’arme pour découvrir qu’ils ont été doublés par les services de renseignement britanniques, qui prévoient d’utiliser le composant dans une arme qui leur est propre. La ligue intervient une nouvelle fois et sauve la situation.
Le renseignement militaire britannique, section 5 (par exemple, le MI5) est dirigé par le tristement célèbre génie du mal, le professeur James Moriarty. Le bras droit de Moriarty, Campion Bond, travaille comme intermédiaire public pour dissimuler les identités et les motivations. Bond contacte Mlle Wilhelmina Murray, récemment divorcée, et la recrute comme chef de file de la ligue en formation de gentlemen extraordinaires d’où le roman graphique tire son titre. Murray, récemment divorcé et ayant survécu aux avances et aux attaques du comte Dracula, est rejoint par le capitaine Nemo et son célèbre sous-marin le Nautilus. Ils se rendent en Arabie où Murray recrute le célèbre aventurier et grand chasseur blanc Allan Quatermain. Quatermain a passé ces dernières années incognito en tant qu’opium accro, mais la beauté juvénile et la personnalité radieuse de Murray capturent instantanément sa dévotion. Le trio se rend ensuite à Paris où ils font appel au chevalier Auguste Dupin pour localiser un certain Dr Henry Jekyll. Jekyll vit une vie d’obscurité dans une tentative largement infructueuse de retenir son démon intérieur, le barbare Edward Hyde. En ajoutant ce monstre transmogrifiant à personnalité multiple à leur équipe, la ligue retourne ensuite à Londres, où elle visite les terrains sexuellement chargés d’une école de correction pour filles pour enquêter sur plusieurs cas d’Immaculée Conception putative. À l’école, ils mettent aux abois Hawley Griffin, l’homme invisible, et le forcent à cesser sa déprédation sexuelle du malheureux corps étudiant. Le quintet, la ligue des gentlemen extraordinaires, est ainsi fondé.
Les cinq personnages sont alors informés de la finalité de leur recrutement. Une invention récente – la cavorite – promet la capacité de vol propulsé et laisse entrevoir la possibilité d’un bombardement aérien massif, contre lequel il ne pourrait y avoir aucune défense. Heureusement, la cavorite est une invention britannique, mais malheureusement, le matériel existant a été volé par le diabolique Lord of Limehouse, un seigneur du crime chinois qui envisage de bombarder la moitié de Londres qu’il ne contrôle pas. L’équipe poursuit le seigneur de Limehouse et, grâce à plusieurs exploits désespérés, parvient à récupérer la cavorite, qui est remise au MI5 – et ainsi involontairement remise au maléfique Moriarty, qui prévoit de l’utiliser pour bombarder la moitié de Londres qu’il ne contrôle pas. (c’est-à-dire la moitié de Londres contrôlée par le Lord of Limehouse). Réalisant qu’ils ont été involontairement dupés comme des pions dans une lutte de pouvoir criminelle, la ligue prend des mesures décisives pour intervenir. Ils montent à bord du dirigeable de Moriarty juste au moment où il commence à bombarder Limehouse et arrêtent toute l’opération juste à temps.