Connaissance des anges retrace les histoires de deux étrangers, qui ont changé à jamais l’île méditerranéenne médiévale de Grandinsula. Les étrangers sont découverts à peu près au même moment. Leurs destins sont liés, mais ils ne se rencontrent jamais. Le roman se déroule à l’époque de l’intolérance religieuse de l’Inquisition espagnole, et l’île est profondément affectée par un inquisiteur, qui vient sur l’île pour débusquer les hérétiques.
Des bergers et des marchands de glace locaux découvrent Amara, un enfant qui a été élevé par des loups, haut dans les montagnes de Grandinsulan. Elle est sauvage et sauvage, et les hommes la tuent presque avant que Jaime, un berger, ne se rende compte qu’elle est une enfant. Jaime se sent responsable d’Amara et l’emmène finalement à Severo, le prince et cardinal de l’île. Jaime est très inquiet que l’enfant ne soit pas baptisé.
Pendant ce temps, une belle nageuse se retrouve au large d’un petit village de pêcheurs. Miguel et Lazaro, deux pêcheurs, sauvent Palinor et le ramènent à la santé. Palinor leur dit qu’il vient d’une île lointaine appelée Aclar, et il révèle plus tard qu’il est un ingénieur, architecte et roi d’Aclar qui est tombé d’un de ses navires en essayant de libérer le gouvernail. Il a commencé à nager et il s’est retrouvé à Grandinsula. Tous ceux qui rencontrent Palinor remarquent ses manières royales et ses manières respectueuses.
Palinor dit au préfet local qu’il ne croit pas en Dieu lorsqu’on lui demande quelle est sa religion pour un formulaire standard. Le préfet est surpris, car tout le monde à Grandinsula est une forme de chrétien. Palinor est emprisonné pour son hérésie, tout comme la loi sur l’île, et finalement Palinor fait appel à Severo. Severo prend immédiatement goût à Palinor, et au lieu de le faire brûler conformément à la loi ou de le renvoyer à Aclar, Severo fait appel à Beneditx, le principal érudit de l’île pour convaincre Palinor que Dieu existe.
Severo a également un plan pour Amara, qui, selon lui, peut prouver que la connaissance de Dieu n’est pas innée. Il envoie Amara à Sant Clara, où une jeune novice, Josefa, est chargée d’apprendre à l’enfant-loup à parler, à marcher droit et à agir de manière civilisée. Les religieuses ne doivent en aucun cas mentionner Dieu à Amara. Une fois qu’Amara peut parler, Severo veut l’interroger sur Dieu, et quand elle était avec les loups.
Palinor n’accepte jamais aucune des preuves de Dieu de Beneditx, et finalement Beneditx est celui qui perd la foi. Dans un accès de colère, Severo livre Palinor à Fra Murta, un inquisiteur. Palinor se rétracte une fois sous la torture extrême, mais dit plus tard qu’il ne le pensait pas. Severo est incapable de sauver Palinor et l’athée est brûlé vif sur un bûcher à l’extérieur de la capitale de l’île.
Lorsque Severo et Fra Murta interrogent pour la première fois Amara, qui a appris à parler, elle nie toute connaissance de Dieu. Fra Murta pense qu’elle n’a tout simplement pas compris les questions, alors elles reviennent plus tard. Cette fois, Josefa entraîne Amara, et elle répond qu’elle a senti la présence de Dieu, quand elle était avec les loups. En retour, Amara obtient sa liberté du couvent, dont elle rêvait, mais sa réponse n’aide pas Palinor.
Jaime obtient un travail pour Amara en s’occupant de la nevados’ cabane de glace. Dès que Jaime la laisse là, cependant, Amara commence à escalader la montagne. Elle monte de plus en plus haut, se retournant une fois pour apercevoir une grande armada se dirigeant vers Grandinsula, qui est une flotte d’Aclar cherchant à se venger de la mort de Palinor. Amara reste au-dessus de la mêlée, continuant à gravir le plus haut sommet.