Le troisième roman de la saga des sorciers de Rowling tourne autour des thèmes de la trahison et du pardon. Harry Potter se rend compte que les gens et les créatures ne sont souvent pas ce qu’ils semblent être, et ces perceptions d’amis et d’ennemis sont parfois trompeuses. L’intrigue et les thèmes complexes de ce roman symbolisent la maturation de l’adolescent Harry depuis le premier livre de Harry Potter et révèlent sa confiance en soi accrue et son contrôle sur ses insécurités. Au début du livre, l’hystérie publique suscitée par l’évasion du célèbre meurtrier de masse Sirius Black de la prison des sorciers, Azkaban, entraîne une sécurité accrue à l’école de sorcellerie et de sorcellerie de Poudlard. Harry entend parler pour la première fois de l’évasion de Black en regardant les informations avec les Dursley. Il est bouleversé lorsque Vernon Dursley refuse de signer son autorisation pour visiter Pré-au-Lard, le village magique adjacent à Poudlard que seuls les étudiants de troisième année et plus peuvent parcourir, à moins que Harry n’agisse de manière appropriée, de l’avis de Vernon, lors de la visite de sa sœur Marge. Après une rencontre émotionnellement dévastatrice avec tante Marge, Harry s’enfuit de la maison de ses tuteurs.
Errant dans le quartier, Harry a peur d’être banni de Poudlard pour avoir utilisé la magie de manière vengeresse contre Marge.
Il voit un chien noir alarmant et est secouru par le Knight Bus qui le dépose dans une pension appelée Leaky Cauldron où il cherche refuge jusqu’à la rentrée scolaire. En attendant la rentrée scolaire, Harry apprend que le chien noir qu’il a vu est un Grim, un présage de mort. Ses amis Ron Weasley et Hermione Granger finissent par rejoindre Harry à l’hôtel. Alors que les amis se préparent à retourner à l’école, Harry surprend Arthur et Molly Weasley discuter de leurs craintes que le fugitif Black assassine Harry à cause des commentaires qu’il aurait marmonnés pendant qu’il dormait en prison. ils ne se rendent pas compte que Black cherche en fait Harry pour le protéger du vrai coupable, Peter Pettigrew. Harry découvre que douze ans plus tôt, Black a été accusé d’avoir trahi la localisation de ses parents à Lord Voldemort, les exposant ainsi à sa rage meurtrière.
Black a également été accusé d’avoir tué treize Moldus avec une malédiction lorsqu’il a été appréhendé dans une rue publique. Harry n’est cependant pas inquiet, car il pense qu’il sera en sécurité à l’école où Albus Dumbledore assurera sa sécurité.
À Poudlard, Harry essaie de reprendre son horaire scolaire normal mais est gêné par l’inquiétude des gens pour sa sécurité. Alors qu’il aime ses cours, Harry continue de subir l’antagonisme de son rival, Draco Malfoy, et souffre de cauchemars atroces.
En voyant le Grim sur le campus, Harry s’inquiète que Black le poursuive. Harry tombe de son balai, perdant son premier match de Quidditch.
Il est effrayé lorsque Black fait irruption dans son dortoir de Gryffondor.
Harry est particulièrement consterné par les Détraqueurs, les gardiens de prison à capuche menaçants d’Azkaban qui s’attardent sur le campus, paralysant au sens figuré Harry physiquement et émotionnellement. À l’aide de sa cape d’invisibilité et de la carte du maraudeur, que lui ont données les jumeaux Weasley, Harry explore les tunnels souterrains menant à Pré-au-Lard où il en apprend davantage sur les circonstances du meurtre de ses parents et devient furieux contre la duplicité de Black. Présenté un Firebolt d’un donneur de cadeau anonyme, Harry est bouleversé lorsque le balai est confisqué parce que le professeur McGonagall craint qu’il ne soit maudit. Harry s’entraîne avec Lupin pour apprendre à détourner l’effet paralysant des Détraqueurs sur lui en se concentrant sur le bonheur pour l’empêcher d’entendre les cris de mort de ses parents.
Manipulant le temps, Harry et Hermione interviennent pour sauver l’hippogriffe de Hagrid, Buckbeak, de l’exécution dans une intrigue secondaire étrange parallèle à la recherche vengeresse des Détraqueurs pour Black. À l’apogée du livre dans la Cabane hurlante, Harry est confronté à des vérités et des mensonges, le forçant à réagir moralement plutôt qu’émotionnellement et à se sacrifier au lieu d’être égoïste. Il apprend les dangers des fausses accusations et la nature éphémère de la liberté, à la fois physique et mentale. Bien qu’une partie de son innocence soit perdue, Harry continue d’avoir confiance en lui et en ses décisions et reconnaît que certains de ses mentors, en particulier Dumbledore, sont faillibles et ne peuvent pas toujours le protéger.