Shadows on the Koyukuk est un mémoire de la vie de Sidney Huntington en tant que fils d’un trappeur blanc et d’une mère indienne Athapaskan dans la campagne de l’Alaska. Enfant, il apprend à vivre sur les terres de la vallée de la rivière Koyukuk. En grandissant, il constate de nombreux changements dans la vie des autochtones de l’Alaska et devient une personnalité publique respectée en Alaska, un homme d’affaires et un fonctionnaire.
Anna, la mère de Sidney Huntington, est célèbre pour avoir témoigné au procès de son beau-père pour avoir tiré sur son mari en état de légitime défense, insistant obstinément pour rentrer chez elle à pied sur plus de 400 miles pour être avec ses enfants, endurant de nombreuses épreuves en chemin. À l’âge de cinq ans, après avoir déjà beaucoup appris de ses parents, la mère de Sidney décède, le laissant coincé avec ses deux frères et sœurs plus jeunes. Sidney, son frère et sa sœur sont finalement sauvés, mais l’événement traumatisant laisse Sidney émotionnellement marqué par des problèmes de confiance.
Sidney se rend dans une mission épiscopale, puis plus tard, son père le transfère dans une école du Bureau des Affaires indiennes, où Sidney obtient une éducation de troisième année à l’âge de douze ans. Sidney et son frère Jimmy quittent alors l’école pour aller apprendre à vivre à la campagne auprès de leur père malade. Ils apprennent à piéger et l’une des réalisations majeures de Sidney est de construire son propre bateau. Leur père prend sa retraite et travaille dans le village en raison de sa mauvaise santé, et Jimmy et Sidney piègent ensemble. Finalement, les deux garçons se marient et fondent une famille. Leur père se lance dans l’exploration de l’or et décède peu de temps après y avoir renoncé. Plus tard, une société minière travaillant sur la concession trouve des millions de dollars en or près de l’endroit où le père de Sidney creusait.
Sidney travaille comme mineur, trappeur, charpentier, tôlier et entrepreneur. Il parle des anciennes méthodes Koyukon, dont beaucoup se perdent à mesure que les temps changent. Comme les aînés ne veulent pas être perçus comme des vantards et ont de nombreux tabous concernant les histoires qu’ils racontent, une grande partie de la tradition orale se perd. Au cours de ses aventures dans la nature, Sidney a frôlé la mort à plusieurs reprises et se retrouve parfois coincé dans la nature. Il a plusieurs enfants avec sa femme. Finalement, son mariage prend fin et il se remarie. Il a de nombreux enfants avec sa seconde épouse et, lorsque leurs enfants sont grands, ils adoptent le bébé d’une mère célibataire.
Sidney perd un œil en coupant du bois de chauffage. Il est également aux prises avec un problème d’alcool qui devient plus intense lors de son deuxième mariage. Il arrête de boire d’un seul coup lorsque sa femme est hospitalisée pour tuberculose, le laissant s’occuper de ses jeunes enfants. Dans sa vieillesse, Sidney doit subir un triple pontage pour un problème cardiaque. À la fin du livre, Sidney est un vieil homme. Le monde a changé autour de lui, mais une grande partie de la vallée de la rivière Koyukon reste la même, et Sidney aime toujours sa nature et ses habitants.