Le système du monde commence là où commence le premier livre de la trilogie du Cycle baroque, Mercure, conclu. Daniel Waterhouse, chancelier du Massachusetts Colony Institute of Technical Studies and Arts, revient de Boston à Londres à bord du navire Minerva. Il n’est pas revenu depuis longtemps lorsqu’une tentative d’assassinat est commise. Les assassins potentiels utilisent en vain un engin infernal, ou une bombe à retardement, et une recherche exhaustive du coupable commence. Alors que Daniel s’en rend compte, l’Angleterre de 1714 continue de chercher un héritier du trône pour la reine Anne, qui est en phase terminale. La Reine peuple la Chambre des Lords de conservateurs et une lutte pour le pouvoir se poursuit en arrière-plan tout au long de l’intrigue de l’histoire.
Daniel tente de concilier les différences entre Sir Isaac Newton et Gottfried von Leibniz dans leur différend en cours sur l’invention du calcul. Pendant ce temps, la Monnaie anglaise, dont Sir Isaac est le maître et responsable, est remise en question en raison d’allégations selon lesquelles la monnaie anglaise n’est pas authentique. Le procès de la Pyx testera son mérite.
Jack Shaftoe, l’ennemi juré de Sir Isaac et un expert en contrefaçon, a volé et altéré le contenu du Pyx, la boîte d’échantillonnage de la Monnaie anglaise. Cela soumet non seulement l’économie anglaise à l’échec, mais remet également en question l’intégrité de Sir Isaac. Jack est un personnage insaisissable qui joue constamment avec Sir Isaac, faisant souvent paraître cet homme extrêmement intelligent comme idiot. Cela apparaît comme un élément satirique tissé à travers l’intrigue, illustrant l’interprétation de l’auteur selon laquelle si Sir Isaac était peut-être un génie mathématique, il n’était pas brillant dans tous les domaines.
Jack avoue finalement ses crimes de contrefaçon et est condamné à mort. Cependant, il a acquis une réputation parmi le commun des Anglais et sa popularité lui sauve la vie. Le sauvetage de Jack laisse les autorités croire qu’il a péri. Incapables de fournir un corps comme preuve, les autorités supposent que les roturiers ont volé la dépouille de Jack pour un enterrement sacré et n’y prêtent plus attention. C’est loin d’être la vérité et Jack retrouve son amour perdu depuis longtemps, Eliza, la duchesse de Qwghlm.
Leibniz retourne en Allemagne sans résoudre le différend avec Sir Isaac et se résigne à mourir sans réconciliation. La réputation de Sir Isaac est préservée lorsque son nom est blanchi. La qualité de la monnaie anglaise est prouvée au procès de la Custode, l’économie anglaise reste intacte et les inventions de Daniel continuent d’étonner. Le système mondial a évolué et s’est renforcé, son destin a été décidé et l’ère industrielle approche.
Le système du monde est une histoire de tromperie, de propagande politique, de gains mal acquis et de lutte pour la reconnaissance et le pouvoir. Il oppose les données historiques à celles de la science-fiction fictive, ce qui en fait un récit crédible mais décalé.