Jean-Dominique Bauby est un rédacteur dynamique et aventureux du magazine français Elle. Il est au début de la quarantaine et profite de la vie avec ses jeunes enfants lorsqu’il subit un grave accident vasculaire cérébral qui le laisse complètement inapte. L’AVC de Jean entraîne un phénomène connu sous le nom de syndrome d’enfermement. Jean est paralysé du cou jusqu’aux pieds, bien qu’il puisse faire pivoter sa tête d’un côté à l’autre. Sa seule forme de communication est le code masqué avec sa paupière gauche. Malgré le désespoir apparent de la vie de Jean, il apporte sa propre histoire au lecteur avec une vitalité qui dément son état d’être immobile.
L’attaque de Jean frappe avec une soudaine férocité. Il est emmené dans une clinique par sa belle-sœur et tombe presque immédiatement dans un coma de vingt jours. Lorsque Jean revient enfin à lui, il se trouve dans la chambre 119 de l’hôpital naval de Berck-sur-Mer sur la côte de la Manche. C’est la chambre où Jean passera le reste de sa nouvelle vie. Ses journées sont une lente monotonie de bains, d’élocution et de physiothérapie et, s’il a de la chance, de brefs voyages à l’extérieur. La plupart du temps de Jean est consacré à laisser son esprit papillonner comme un papillon. Dans son esprit, Jean voyage à Hong Kong, se remémore des morceaux de son ancienne vie, compose des livres et des pièces de théâtre, et crée des repas élégants.
Jean raconte sa vie quotidienne à l’hôpital alors qu’il suit une thérapie physique qui peut ne provoquer qu’un tout petit mouvement après plusieurs années. Il travaille avec un orthophoniste dans l’espoir de retrouver un certain contrôle sur sa respiration et sa parole. Entre-temps, le thérapeute a réorganisé l’alphabet et développé un code de communication spécialement pour Jean. Le code est basé sur l’alphabet organisé selon la fréquence d’utilisation de chaque lettre dans la langue française. Jean cligne de sa seule paupière active jusqu’à ce qu’il atteigne la lettre désirée, puis recommence pour la lettre suivante dans un mot. Le processus est laborieux et épuisant et peu de gens prennent le temps d’apprendre le code.
La nouvelle vie de Jean est une série de souvenirs et de brèves visites de ceux qui ne l’ont pas classé comme légume. Il n’y a aucun sentiment d’apitoiement sur soi ou de désespoir dans l’histoire de Jean. Jean s’adapte rapidement à sa nouvelle vie et s’efforce d’en tirer le meilleur parti. L’histoire de Jean est celle d’un grand courage et de la puissance de l’esprit humain. Le lecteur rencontre Jean-Dominique Bauby, et non Jean-Dominique Bauby atteint du syndrome d’enfermement.