Jack Aubrey et Stephen Maturin poursuivent leur voyage à bord du navire de guerre privé Surprise, engagé au service de la Royal Navy. Ils quittent Port Jackson et mettent le cap sur l’île de Moahu où l’influence française menace les intérêts britanniques. Leur mission est réussie mais sérieusement perturbée par la présence de Clarissa Oakes, une jeune femme clandestine qui sème la discorde parmi l’équipage et les officiers.
Le capitaine Jack Aubrey commande l’homme de guerre privé Surprise, engagé par la Royal Navy. Surprise a été récemment réaménagé et approvisionné à Port Jackson, Nouvelle-Galles du Sud, Australie, et part pour l’Angleterre au cours de l’année 1813. L’Empire britannique est en guerre avec la France de Napoléon et l’allié de la France, les États-Unis d’Amérique. Aubrey a une longue histoire d’opérations militaires réussies. Également à bord du navire se trouve l’ami proche et confident d’Aubrey, Stephen Maturin, chirurgien et naturaliste extraordinaire du navire. Maturin est également un agent du réseau de renseignement de la Royal Navy. Les deux hommes se connaissent depuis des années et ont navigué ensemble à travers de nombreuses commissions difficiles. Maturin est rejoint par un autre ami et associé, le révérend Nathaniel Martin, qui agit comme assistant du chirurgien.
À quelques jours de Port Jackson, Aubrey découvre un passager clandestin – une jeune femme nommée Clarissa Harvill qui s’est échappée de la colonie pénitentiaire près de Port Jackson avec l’aide de l’aspirant William Oakes. Un Aubrey en colère déclare qu’il abandonnera les deux jeunes amants sur l’île interdite de Norfolk. Après une bonne nuit de sommeil, l’humeur d’Aubrey se refroidit, et lorsque le HMS Éclair apparaît et donne la chasse, Aubrey suppose que le coupeur est venu récupérer le prisonnier clandestin, et il cherche à échapper au navire. Alors qu’il devient évident qu’Éclair ne peut être évité, Clarissa accepte d’épouser Oakes, un acte qui fait d’elle une femme libre. Martin exécute la cérémonie pour Clarissa qui porte une robe en soie écarlate fabriquée à partir du seul matériau élégant à bord. Il s’avère qu’Éclair n’est pas à la poursuite de criminels évadés, mais livre à la place de nouvelles commandes pour Surprise. Ainsi, Aubrey met le cap sur l’île lointaine de Moahu pour venir en aide aux baleiniers anglais persécutés par un corsaire battant pavillon américain avec équipage français.
Au fil des semaines et des mois, Clarissa se révèle être d’accord avec les avances sexuelles de nombreux membres de l’équipage. Deux des compagnons et quelques autres marins deviennent jaloux de ses attentions sexuelles, alors même qu’Oakes s’insurge contre l’infidélité de sa nouvelle épouse. Aubrey, Maturin et Martin résistent tous mais brûlent tous secrètement de désir sexuel. L’équipage se divise ainsi en diverses factions et les tensions montent. À la fin de cette période, Maturin apprend que la vie antérieure de Clarissa consistait en des abus sexuels dans son enfance, puis des années de prostitution en tant qu’enfant et jeune femme dans la pauvreté. Elle avait été transportée pour meurtre, et elle se révèle une personnalité extraordinairement compliquée. Alors qu’Aubrey s’efforce de garder le contrôle à bord d’un navire divisé, Martin s’éloigne délibérément de la femme et Maturin a du mal à la comprendre.
La surprise atteint finalement Moahu, et après une brève bataille à terre, les intérêts britanniques sont établis et les Français sont chassés. Au cours de l’action, Surprise capture Truelove, un navire de traite des fourrures rempli de précieuses marchandises. Aubrey voit immédiatement la solution à son problème et nomme le fiable Oakes commandant de Truelove, l’envoyant avec sa femme au port britannique le plus proche où le prix sera condamné et vendu. Le roman se termine donc avec Surprise se remettant d’une période de division mais se réjouissant d’un avenir meilleur.