Faust, partie II, est la suite de l’histoire de Faust après la mort de Gretchen dans la partie I. Goethe a écrit la partie II plusieurs décennies après avoir terminé la partie I et il y a une différence marquée dans les thèmes. La deuxième partie montre Faust et Méphistophélès voyageant à travers le temps et l’espace, interagissant avec des personnages mythologiques et finalement, Faust surmontant les pièges du diable.
Dans l’acte I, on retrouve Faust endormi sur le flanc d’une montagne réveillé par le messager Ariel. Finalement, il rejoint Méphistophélès qui a repris le rôle du fou à la cour du Saint Empereur romain. Le royaume de l’empereur est en ébullition parce que l’empereur n’a pas l’argent dont il a besoin pour payer ses factures. Méphistophélès dit à l’empereur qu’il peut avoir autant d’argent qu’il veut si seulement il commence à émettre du papier-monnaie basé sur des trésors soi-disant enfouis sous terre. L’empereur le fait et restaure son empire à solvabilité, pour le moment. Ennuyé à nouveau, il demande à Faust de trouver et de lui amener Hélène de Troie et Paris.
Faust, avec l’aide de Méphistophélès, se rend dans le royaume mystérieux des « mères » et ramène Hélène et Pâris. Faust, frappé par la beauté d’Helen, tente de la tenir et est secoué dans l’inconscience. L’acte II commence dans l’ancienne étude de Faust. Faust est toujours inconscient et Méphistophélès aide son ancien collègue, Wagner, à créer un homoncule. L’homoncule peut lire les pensées de Faust et il dit à Méphistophélès qu’ils doivent se rendre dans la Grèce antique pour trouver Hélène. Ils se rendent dans la Grèce antique où Faust trouve une prophétesse qui prétend pouvoir le conduire à Hélène et l’homoncule, à la recherche d’une forme corporelle, se confond avec la mer Égée.
Dans l’acte III, Méphistophélès a trouvé Helen et il l’a convaincue qu’il est à Sparte et que son mari, Ménélas a l’intention de la tuer. Il lui dit qu’il peut l’emmener au château de Faust où il la protégera. Ils arrivent au château de Faust et tombent amoureux. Finalement, avec son mari en colère et son armée aux portes, Méphistophélès, Faust et Hélène sont transportés en Arcadie. Là, Faust et Helen ont un fils Euphorion qui désire voler dans le ciel. Il le fait, mais vole trop haut et s’écrase au sol. Une fois qu’il meurt, sa mère Helen le rejoint dans le royaume des esprits. L’acte IV commence avec Faust et Méphisto au sommet d’une montagne.
Méphistophélès offre à Faust le pouvoir et la renommée, qu’il rejette, affirmant plutôt vouloir construire une utopie technologique à partir de terres actuellement sous la mer. Ils voient alors leur vieil ami l’empereur se préparer au combat contre un empereur rival qui tente de prendre son trône. Le système de papier-monnaie de Méphistophélès a conduit à l’inflation et finalement à la guerre civile. Faust et Méphistophélès acceptent d’aider l’empereur à gagner sa guerre tant qu’il donne à Faust la terre sous-marine qu’il désire. Ils gagnent la bataille et Faust obtient sa terre. Dans l’acte V, Faust a construit un empire commercial sur la terre et a maintenant 100 ans. Il finit par mourir et au lieu que le diable obtienne son âme, une foule d’anges descendent pour l’attirer au ciel.