Confessions of a Mask raconte l’histoire d’un garçon japonais qui a grandi à l’époque de la Seconde Guerre mondiale. Le protagoniste anonyme lutte contre son homosexualité et grandit isolé et consumé par des fantasmes de mort et de sadisme. Il tente de créer l’illusion de la normalité en poursuivant une relation avec la sœur du jeune homme qui l’attire. En fin de compte, le protagoniste met fin à cette relation, réalisant qu’il ne peut pas avoir de sentiments amoureux pour une femme, mais il reste insatisfait et insatisfait.
Au début du roman, le protagoniste est né dans une famille de banlieue élargie juste avant la Seconde Guerre mondiale. Sa mauvaise santé oblige sa grand-mère à lui offrir une enfance protégée. Il passe la plupart de son temps seul, se délectant de ses fantasmes d’enfance de chevaliers et de dragons. Enfant inhabituel, le garçon est fasciné par la mort, les mourants et les gens qui vivent des « vies tragiques ». Il montre déjà des signes d’homosexualité naissante. Néanmoins, il ressent la pression de se conformer, de se comporter de la manière prescrite appropriée à son sexe et son genre. Lorsqu’il est témoin d’un défilé piétinant le jardin de sa famille, il se retrouve, pour la première fois, se glorifiant de la destruction pour elle-même.
Avec la puberté, les pulsions du garçon prennent une composante sexuelle. Il se satisfait maintenant de fantasmes sur la mort, la mort et la forme masculine. En voyant la peinture de Reni du « Saint Sébastien à moitié nu et mourant », le garçon connaît un éveil sexuel, se masturbant pour la première fois. Dans son école quasi-militaire, où les garçons se comportent néanmoins comme des garçons, le jeune protagoniste a son premier béguin pour un bad-boy de la cour d’école nommé Omi. Alors que le garçon réussit à se lier d’amitié avec Omi, le protagoniste décide finalement qu’il est trop jaloux de la force et de la virilité du garçon plus âgé pour se permettre d’aimer Omi. Désormais hyper conscient de ses propres insuffisances, le garçon décide de devenir un homme.
Poussé à se faire accepter, le garçon prétend être « normal » en imitant le comportement des autres enfants. Pendant ce temps, la Seconde Guerre mondiale commence et le garçon adopte donc la vague de cynisme qui déferle sur le Japon. Ses appétits sexuels entièrement supprimés, le garçon se tourne vers le fantasme et la masturbation pour se soulager.
Le garçon, maintenant un homme, termine ses études et poursuit ses études à l’université, où, malgré la menace constante de bombes alliées, il se lie d’amitié avec un autre jeune homme nommé Kusano. Le jeune homme, désespéré de se convaincre qu’il est attiré par les femmes, décide qu’il a le béguin pour la sœur cadette de Kusano, Sonoko. Pendant ce temps, l’université du jeune homme l’envoie travailler dans une usine de fabrication d’avions de chasse, cible très probable des bombes alliées. Peu de temps après, le jeune homme est enrôlé, mais grâce à un vilain rhume et à quelques mensonges créatifs, il est jugé inapte au service. Kusano, cependant, n’a pas cette chance. Lors d’une visite dans l’entreprise de Kusano, le jeune homme noue une relation avec Sonoko. Le jeune homme est ravi de l’escalade de la relation au cours des prochains jours, mais il est également perturbé par un mystérieux sentiment de culpabilité.
La relation avec Sonoko progresse au point où elle s’attend à se marier. Le jeune homme, réalisant enfin qu’il ne peut pas aimer une femme de manière romantique, rompt. Se jetant dans ses études, les pensées du jeune homme reviennent finalement à Sonoko. Deux ans plus tard, il convainc Sonoko de le rencontrer régulièrement, en tant qu’amis. Bien que cela lui permette d’atteindre une certaine paix, il devient vite évident que lui et Sonoko ne peuvent pas satisfaire les besoins de l’autre.