Xenocide continue la série Speaker d’Orson Scott Card et constitue une suite digne du deuxième roman de la série, Speaker for the Dead. Plus de trois mille ans se sont écoulés sur Terre depuis les guerres entre humains et créatures décrites dans le premier roman, Ender’s Game. Condamnés à la destruction de la planète par le Congrès de Starways, les humains de la planète coloniale brésilienne Lusitania cherchent un moyen d’éviter leur sort et de résoudre une foule d’autres problèmes auxquels ils sont confrontés, notamment le virus virulent de la descolada qui infecte toute la planète et s’adapte continuellement afin de détruire les humains et leur existence fragile.
Heureusement pour les habitants de Lusitania, ils ont une puissante alliée nommée Jane, une entité vieille de plus de trois mille ans qui existe dans les réseaux informatiques et ansible (communication longue distance). Jane a le pouvoir d’empêcher la flotte de détruire Lusitania, mais ce faisant, elle doit révéler sa présence au Congrès de Starways qui ne manquera pas de riposter en la détruisant. Ce n’est que lorsque le Congrès donne l’ordre d’utiliser l’appareil de destruction massive sur Path que Jane rend réellement la flotte invisible en interceptant toutes ses communications entrantes et sortantes. Le Congrès ne perd pas de temps pour demander l’aide de la planète Path, où les habitants croient que l’élite intellectuelle et sociale est interpellée par les dieux. Le Congrès de Starways se tourne alors vers le plus grand des élus des dieux, Han Fei-tzu, afin de trouver le coupable de la disparition de la flotte de Lusitania.
Inévitablement, la fille de Han, Gloriously Bright, et sa servante secrète Si Wang-mu découvrent le mystère de l’existence de Jane et, convaincue que Jane doit travailler contre les dieux, la fille de Han alerte le Congrès et met en marche les roues qui restaurent la flotte et détruiront Jane dans quelques mois. Dans un effort pour convaincre Han et sa fille du point de vue lusitanien, Jane découvre des informations qui révèlent que le Congrès a perpétré des crimes innommables contre les citoyens de Path. Elle remet des preuves prouvant que le Congrès a apporté des modifications génétiques aux premiers colons de Path qui vivent dans leurs descendants. Selon ses informations, les élus divins ont reçu des gènes qui provoquent des troubles obsessionnels compulsifs, mais on leur apprend que leurs compulsions sont en réalité les paroles des dieux. Ils sont également artificiellement améliorés pour être extraordinairement intelligents. Han Fei-tzu se rend compte que le Congrès a donné aux élus divins leur intelligence afin de les servir et leur TOC afin de les contrôler. Han et sa fille ont une divergence d’opinion sur la question de savoir si le Congrès de Starways sert les dieux et commencent à s’éloigner l’un de l’autre. Gloriously Bright passe ses journées à essayer d’honorer les dieux et de sauver l’honneur de son père maintenant qu’il a commencé à travailler contre le Congrès afin d’aider Jane à découvrir un moyen de se sauver elle-même et tous les habitants de Lusitania.
Les dirigeants de la colonie lusitanienne sont soumis à une pression extrême. La plupart des colons ne le savent pas, mais Ender a amené la reine de la ruche en Lusitanie afin de rétablir les buggers en tant qu’espèce. Désormais, non seulement les humains, mais aussi les buggers et les pequeninos (cochons) indigènes sont confrontés à l’annihilation aux mains de la flotte de Lusitanie. Les buggers et les piggies forment bientôt une alliance afin de survivre. Les piggies permettent aux buggers de s’installer sur leur planète et leur permettent de polluer afin de créer deux vaisseaux coloniaux, un pour chaque espèce. Les piggies et les buggers prévoient de quitter la planète avant la destruction de Lusitanie. Bien qu’ils ne souhaitent pas de xénocide aux buggers ou aux piggies, les humains de Lusitanie débattent de la question de savoir s’ils doivent ou non les laisser partir car ils détruiront inévitablement toute l’humanité en emportant avec eux le virus descolada vers d’autres mondes.
Le beau-fils d’Ender, Quim, part en mission dans la forêt, dirigé par Warmaker, le plus belliqueux des arbres-pères-cochons. S’étant converti à une version hérétique du christianisme, Warmaker est convaincu que les cochons sont les vrais enfants de Dieu et que la descolada est une incarnation du Saint-Esprit. Le fait que les humains soient détruits par elle, affirme-t-il, est un signe qu’ils sont indignes aux yeux de Dieu. À son arrivée, Quim est emprisonné par Warmaker dans sa malle et privé de la nourriture qui aide les humains à résister au virus de la descolada. Pendant sept jours, Quim se bat vaillamment et débat de théologie avec Warmaker avant de succomber au virus. C’est la première fois depuis qu’un pacte a été conclu entre les cochons et les humains que la paix est rompue et que les colons sont indignés que les cochons tuent un prêtre. Des émeutes éclatent dans la colonie et une forêt de cochons voisine – complètement innocente de toute implication dans la mort de Quim – est incendiée. Human et Rooter, deux arbres-pères amicaux, font appel à la reine des punaises pour obtenir de l’aide. Elle met en place des sentinelles punaises et une paix précaire est imposée aux humains et aux cochons. Novinha, la femme d’Ender et la mère de Quim, reproche à Ender de ne pas avoir arrêté Quim et le quitte.
Avec Jane agissant comme interface entre Han Fei-tzu, Wang-mu, Ender et plusieurs de ses beaux-enfants hautement éduqués, le groupe de réflexion commence finalement à trouver des solutions aux dangers auxquels ils sont confrontés. En interrogeant la reine de la ruche sur la façon dont elle crée une nouvelle reine, Ender en apprend davantage sur la technologie philotique et son rôle dans la naissance de Jane. Il découvre que Jane a été créée par accident lorsque la reine de la ruche a essayé de le coopter à sa volonté en utilisant le réseau philotique. Cette révélation est une bonne nouvelle pour Jane qui ne sera pas complètement détruite lorsque le Congrès éteindra tous les ordinateurs ansibles afin de la tuer. L’autre implication pour le groupe d’Ender est qu’ils utilisent leur connaissance des philotes et les capacités spéciales de Jane pour développer un vaisseau qui peut voyager plus vite que la lumière en voyageant hors de l’espace connu, puis en rentrant à la destination souhaitée. Le test initial du vaisseau plus rapide que la lumière est réussi mais apporte des résultats surprenants. Miro, le beau-fils infirme d’Ender, crée un corps guéri pour lui-même alors qu’il est « à l’extérieur » et Ender engendre un clone de son frère cruel Peter et une version angélique de 13 ans de sa sœur Valentine.
En discutant de la descolada avec la belle-fille d’Ender, Ela, Wang-mu pose des questions qui amènent Elanora et son associé cochon Planter à réaliser que la descolada a dû être conçue par des formes de vie inconnues afin de coloniser l’espace et de terraformer des planètes. Planter, inquiet que la conscience des cochons puisse simplement être un effet de la descolada, se porte volontaire pour une expérience qui prouve que les cochons étaient et sont conscients sans la descolada. Malheureusement, l’expérience lui coûte la vie, car la descolada a adapté l’ADN des cochons pour dépendre du virus. Une autre des belles-filles d’Ender, Quara, renonce à sa position obstinée d’essayer de respecter la descolada en tant que « raman » – une espèce extraterrestre avec laquelle les humains peuvent coexister pacifiquement – et donne les connaissances nécessaires pour créer une bactérie qui détruira la descolada et un virus, la recolada, pour la remplacer. La recolada permet toujours aux cochons de vivre comme ils l’ont toujours fait et est inoffensive pour les humains. En guise de cadeau spécial pour l’aide de Han et Wang-mu, les xénobiologistes de Lusitania développent un autre virus pour Path, un virus qui effacera le TOC du parrainé par les dieux et étendra les avantages d’une intelligence accrue à la classe inférieure de Path.
Alors que la flotte de Lusitania se rapproche encore de la planète à la fin du roman, les trois espèces ont désormais les moyens de quitter la planète avant son arrivée. Wang-mu rejoint les « enfants d’Ender » (Peter et Val, 13 ans) à la recherche de nouvelles planètes propices à la colonisation. Han et Gloriously Bright ne se réconcilient jamais, et elle finit par devenir folle, mais selon toutes les apparences extérieures, elle continue de vivre sa vie dans une telle dévotion à la fois à son père et aux dieux qu’elle est finalement créée Dieu du Chemin après sa mort. Novinha en vient à mener sa propre vie de dévotion, invitant Ender à rejoindre les Enfants de l’Esprit avec elle. N’étant pas prêt à s’engager dans le strict précepte d’abstinence dans le mariage de l’Ordre, Ender promet de lui rendre visite tous les mois jusqu’à ce qu’il puisse se décider.