Dans You Only Live Twice de Ian Fleming, James Bond fait face à la mort de sa nouvelle épouse Tracy, qui a été abattue par son ennemi juré, Ernst Stavro Blofeld. Bond est dévasté et essaie de recoller les morceaux de son ancienne vie. Malheureusement, son chagrin cède la place à l’insouciance et à l’oubli, car il devient sujet aux accidents et commence à faire des erreurs qui se font presque tuer et tuer d’autres personnes.
Son patron, M, le chef du British Secret Intelligence, est sur le point de lui dire de « se préparer ou de partir », mais Sir James Molony, connu pour être le meilleur neurologue d’Angleterre et lié aux services secrets, lui conseille d’envoyer Bond dans une mission impossible qui fera remonter à la surface tout le talent de Bond.
Bond se voit confier un projet au Japon où sa mission est d’obtenir des informations sur un espion à l’intérieur de l’Union soviétique. Son objectif est d’obtenir des informations du chef des services secrets japonais, Tiger Tanaka. Cependant, Tiger a ses propres projets pour Bond. Après s’être lié d’amitié avec lui, il laisse Bond participer à un plan secret entre le Japon et la Russie impliquant des matières nucléaires. Il demande ensuite à Bond d’assassiner le Dr Guntram Shatterhand, l’exploitant d’un complexe où les gens allaient passer des vacances permanentes, autrement connu sous le nom de «jardin de la mort».
Bond est soumis à un camp d’entraînement qui l’entraîne à s’intégrer aux masses. Son apparence est modifiée et on lui donne le nom de Taro Todoroki. C’est en examinant l’enceinte où se déroulent les suicides qu’il découvre que le Dr Shatterhand est en fait un Ernst Stavro Blofeld, l’homme qui a tué sa femme à peine neuf mois auparavant. Lorsque Tiger lui demande s’il connaît l’homme sur la photo, il prend une décision instantanée. Il décide de le nier et de chercher sa propre vengeance.
Tiger dit à Bond, maintenant Taro, qu’il ne peut l’emmener que jusqu’à présent. Alors, il va le faire venir dans l’enceinte avec quelqu’un qui pourra compléter sa formation, une ancienne star de cinéma japonaise de vingt-trois ans du nom de Kissy Suzuki. Kissy aide Bond dans sa formation jusqu’à ce qu’il la convainc de l’aider à trouver le composé. Elle le croit envoyé par les dieux pour tuer Shatterhand afin de libérer le Japon de l’emprise maléfique de Shatterhand. Bond l’accompagne.
Il pénètre à l’intérieur de l’enceinte et explore les lieux, mais avec soin pour savoir comment il peut entrer pour tuer Shatterhand et sa femme. C’est ici qu’il est le témoin direct du mal que le jardin peut vraiment dispenser. Il voit deux morts différentes, l’une impliquant un homme qui semblait empoisonné et s’est jeté dans un lac de piranhas.
Bond se faufile dans le château tard le lendemain soir et se sent chez lui libre. Il est ensuite attrapé par un garde patrouillant en dessous, l’assommant. Il revient à lui, face à son ennemi. Bond prétend toujours être un pêcheur japonais jusqu’à ce que sa couverture soit grillée par Irma, la femme de Shatterhand.
Lorsqu’on lui demande pourquoi il a comploté pour menacer le monde avec des armes nucléaires, Blofeld, connu sous le nom de Shatterhand, avoue qu’il ne fait que rendre service à l’humanité. Il croit qu’il est le juge moral de toutes les nations, et lui seul peut rendre la justice pour punir leur nature pécheresse et les ramener à la raison.
Bond et Blofeld s’engagent dans un combat à l’épée dans lequel Bond tue Blofeld. En route pour échapper à la destruction de l’enceinte, il sent quelque chose le frapper à la tête. Quand il revient à lui, il est avec Kissy Suzuki et sa famille, sans aucun souvenir de lui-même ni de quoi que ce soit qui s’est passé.
Pendant ce temps, tout le monde croit qu’il est mort en héros. À l’insu de Bond, Suzuki découvre qui il est et décide de le garder pour elle. Elle tombe bientôt enceinte de son enfant. Elle espère qu’il proposera quand elle annoncera sa grossesse. Cependant, cela n’est jamais abordé dans le livre car Bond lui montre un morceau de papier qui porte le nom de Vladiostok. Il veut savoir si cela a quelque chose à voir avec lui. Tout ce qu’elle peut faire, c’est accepter de l’accompagner là-bas, et ainsi la saga de Bond se poursuit dans une autre histoire.