Une grotte de haute altitude utilisée par les bouddhistes tibétains révèle un fossile de Denisovan

Pendant plus d’un siècle, nous avons eu l’occasion d’étudier les Néandertaliens, leurs os, les objets qu’ils ont laissés derrière eux, leur répartition en Eurasie. Ainsi, lorsque nous avons finalement obtenu la séquence de leur génome et découvert que nous partageons un héritage génétique avec eux, il a été facile de replacer ces découvertes dans leur contexte. En revanche, nous n’avions aucune idée de l’existence des Dénisoviens jusqu’à ce que le séquençage de l’ADN d’un petit os de doigt révèle qu’un autre parent de l’homme moderne avait parcouru l’Asie dans un passé récent.

Depuis, nous n’en savons pas beaucoup plus. La fréquence de leur ADN dans les populations humaines modernes suggère qu’ils étaient probablement concentrés en Asie de l’Est. Mais nous n’avons découvert que des fragments d’os et quelques dents depuis lors, nous ne pouvons donc même pas faire de suppositions très éclairées sur ce à quoi ils auraient pu ressembler. Mercredi, un groupe international de chercheurs a décrit des découvertes dans une grotte du plateau tibétain qui avait été occupée par les Dénisoviens, qui nous en disent un peu plus sur ces parents : ce qu’ils mangeaient. Et cela semble être tout ce qu’ils ont pu trouver.

La grotte karstique de Baishiya

Les découvertes proviennent d’un site appelé la grotte karstique de Baishiya, perchée sur une falaise au nord-est du plateau tibétain. Elle est située à haute altitude (plus de 3 000 mètres) mais borde une haute plaine ouverte, comme vous pouvez le voir sur la photo ci-dessous.

Curieusement, cette découverte a attiré l’attention de la communauté paléontologique parce que la grotte était un lieu de pèlerinage pour les moines tibétains, dont l’un a découvert une partie d’une mâchoire inférieure qui a finalement été donnée à une université. Là, les gens ont eu du mal à comprendre exactement comment elle correspondait aux populations humaines jusqu’à ce que l’analyse des protéines conservées à l’intérieur indique qu’elle appartenait à un Dénisovien. Aujourd’hui appelée mandibule de Xiahe, elle reste le fossile de Dénisovien le plus important que nous ayons découvert à ce jour.

Depuis, les fouilles sur le site ont permis de découvrir une importante collection d’ossements d’animaux, mais aucun n’a été identifié comme étant celui d’un Dénisovien. Le séquençage de l’ADN environnemental conservé dans la grotte a cependant révélé que les Dénisoviens avaient occupé la grotte régulièrement pendant au moins 100 000 ans, ce qui signifie qu’ils ont survécu en altitude pendant les deux derniers cycles glaciaires.

Les nouveaux travaux se sont concentrés sur les os, dont beaucoup sont trop fragmentaires pour être définitivement attribués à une espèce. Pour ce faire, les chercheurs ont purifié des fragments de protéines des os, qui contiennent de grandes quantités de collagène. Ces fragments ont ensuite été séparés en fonction de leur masse, une technique appelée spectrométrie de masse, qui fonctionne bien même avec les volumes incroyablement petits de protéines qui survivent pendant des centaines de milliers d’années.

La spectrométrie de masse repose sur le fait qu’il n’existe qu’un nombre limité de combinaisons d’acides aminés (souvent une seule) qui produiront un fragment protéique d’une masse donnée. Ainsi, si la spectrométrie de masse détecte un signal à cette masse, vous pouvez comparer les combinaisons d’acides aminés possibles qui le produisent à des séquences de collagène connues pour trouver des correspondances. Certaines de ces correspondances se trouveront à des endroits où les collagènes de différentes espèces ont des séquences d’acides aminés distinctes, ce qui vous permettra de déterminer de quelle espèce provient l’os.

Utilisée de cette manière, cette technique est appelée zooarchéologie par spectrométrie de masse, ou ZooMS. Dans le cas des travaux décrits dans le nouvel article, elle a permis d’identifier près de 80 % des fragments osseux testés.