Entre septembre et janvier de cette année, les visons de trois fermes polonaises ont été testés positifs pour le coronavirus pandémique, le SRAS-CoV-2, présentant un mystère inquiétant quant à la façon dont les animaux ont été infectés.
Les infections par le SRAS-CoV-2 chez le vison ne sont pas particulièrement remarquables ou préoccupantes en elles-mêmes ; il est bien établi que les visons sont sensibles au virus. La prise de conscience au début de la pandémie a entraîné de vastes abattages au Danemark et aux Pays-Bas en 2020 et a conduit à une surveillance et une réglementation intensives des troupeaux de visons restants dans de nombreux endroits, y compris en Pologne.
Mais les cas récents chez le vison polonais, rapportés cette semaine dans la revue Eurosurveillance, sont inhabituels. Alors que les précédentes épidémies de visons étaient liées à des ouvriers agricoles infectés et à la circulation locale du virus – indiquant une propagation de l’homme au vison – aucun des ouvriers agricoles ou des familles des fermes récemment touchées n’a été testé positif pour le virus. En fait, les enquêteurs de la santé ont découvert que le vison infecté était porteur d’une souche de SRAS-CoV-2 qui n’a pas été vue chez l’homme dans la région depuis plus de deux ans (B.1.1.307).
La découverte suggère que les humains n’étaient pas responsables de l’infection du vison, du moins pas directement. Au contraire, cela suggère qu’une autre espèce inconnue a peut-être hébergé et propagé furtivement la souche autrement révolue pendant un certain temps et a réussi à la transporter dans les élevages de visons.
La suggestion soulève davantage d’inquiétudes concernant le « retour en arrière » viral. Le terme se rapporte au « débordement » le plus reconnu, lorsqu’un virus passe d’une population hôte – un réservoir – à une nouvelle population, comme les humains. On pense que le SRAS-CoV-2 est originaire d’un réservoir de chauves-souris en fer à cheval avant d’atteindre l’homme. Depuis lors, il est clair qu’il peut également infecter un large éventail d’animaux, notamment les rongeurs, les chats, les chiens, les cerfs de Virginie, les primates non humains, ainsi que les furets et les visons. Les chercheurs craignent que le virus ne se propage à une population animale qui pourrait devenir un nouveau réservoir à partir duquel le virus pourrait périodiquement revenir aux humains.
Cette peur a attiré l’attention lorsque la variante omicron est apparue brusquement avec sa suite étonnamment large de changements génétiques. Certains chercheurs ont émis l’hypothèse que l’omicron pourrait s’être propagé de manière cryptique et avoir évolué chez les souris avant de réinfecter les humains. D’autres chercheurs, cependant, émettent l’hypothèse que la variante a évolué chez une personne immunodéprimée.
Cas cryptiques
Le vison d’élevage en Pologne souligne à nouveau le risque de retours en arrière en suggérant un réservoir inconnu de SARS-CoV-2 chez les animaux sauvages. Dans une enquête, des chercheurs de l’Institut national de recherche vétérinaire et du Centre médical universitaire Erasmus ont examiné des cas dans trois fermes à moins de 8 km (environ 5 miles) l’une de l’autre. La première ferme a signalé deux visons infectés (sur 15 testés et environ 8 650 animaux au total) le 19 septembre, mais ils ont ensuite été testés négatifs et ont été écorchés comme prévu. Le 16 novembre, une deuxième ferme de 4 000 visons a signalé six animaux infectés sur 15 testés, et ils ont été écorchés avec précautions. La troisième ferme, avec 1 100 visons, a trouvé 15 animaux infectés sur 15 testés le 18 janvier, mais ils ont ensuite été testés négatifs lors de deux séries de tests en 50 jours. Tous les animaux infectés des trois élevages étaient asymptomatiques.
Les chercheurs ont obtenu huit séquences complètes du génome, quatre chacune des deuxième et troisième fermes ; il n’y avait pas assez de matériel génétique dans les échantillons de la première ferme. Les séquences du génome ont montré qu’elles étaient presque identiques et correspondaient le plus à la lignée B.1.1.307, qui n’avait pas été vue chez l’homme en Pologne depuis plus de deux ans. Les virus avaient également 40 petites mutations génétiques, dont certaines ont déjà été associées à la circulation chez le vison, et auraient pu être acquises rapidement. Aucune des familles d’agriculteurs ou des travailleurs n’a été testée positive pour le SRAS-CoV-2 dans aucune des trois fermes.
Les chercheurs ont noté que les trois fermes avaient des clôtures en béton de 1,8 mètre (6 pieds) de haut et d’environ 30 à 40 cm (environ un pied) de profondeur. Il n’y avait aucune preuve que des animaux s’enfouissaient sous les clôtures, mais les chercheurs ont noté des branches d’arbres en surplomb qui auraient pu créer une route pour les animaux sauvages. Des entretiens avec les propriétaires et le personnel ont révélé que les fermes étaient parfois visitées par des martres sauvages, des carnivores ressemblant à des belettes. Et il y avait aussi des chats sauvages autour. Les chercheurs ont testé des excréments de chats sauvages autour des fermes, mais ont découvert qu’ils étaient négatifs pour le SRAS-CoV-2.
Les chercheurs ont conclu qu’un animal sauvage – peut-être des martres, des chats sauvages ou même des visons échappés – aurait pu propager de manière cryptique la lignée du SRAS-CoV-2 et l’avoir introduite dans les trois fermes voisines à des occasions distinctes. Ils ont appelé à plus de surveillance, non seulement dans les élevages de visons, mais aussi dans les populations d’animaux sauvages, comme les martres, les putois et les renards.
« Les animaux des élevages de visons positifs pour le SRAS-CoV-2 n’ont montré aucun signe de maladie, ce qui crée une possibilité d’évolution virale indépendante et peut constituer une source de futures épidémies avec de nouvelles souches », ont-ils écrit.