A Column of Fire, écrit par Ken Follett, est une épopée historique qui détaille des événements spécifiques pendant le règne de la reine Elizabeth Tudor et les retombées de la perte de pouvoir de l’Église catholique. Il raconte fidèlement l’histoire de trois pays, dont l’Angleterre, confrontés à la guerre civile après qu’Elizabeth ait tenté de mettre en pratique sa croyance en la tolérance; la France où Marie Stuart (ou Marie Reine d’Ecosse) se déclare la vraie reine d’Angleterre, mais perd son trône au profit de la tolérante reine Caterina après la mort du mari de Marie, le roi François ; et l’Espagne, un pays gouverné par une royauté catholique impitoyable. Ces trois pays et les plus petits avec lesquels ils interagissent, comme les Pays-Bas et l’Écosse, font face au début d’une nouvelle ère alors que les protestants luttent pour leur liberté et que les catholiques se sentent menacés par le nouveau concept de tolérance religieuse. Le principal conflit du roman est celui des protestants contre les catholiques, entraînant une guerre entre l’Angleterre et le reste du monde. La véritable histoire du roman réside dans les divers personnages de fiction qui sont parfaitement intégrés au contexte historique. Chaque personnage a un récit personnel, mais tous se rejoignent lorsque les différents pays commencent à interagir. En raison de la complexité de l’histoire, le résumé est divisé en cinq sections, représentant les sauts de temps importants dans le roman lui-même.
La première partie, qui se déroule en 1558, présente tous les personnages et détaille les événements menant à l’ascension de la reine Elizabeth. A Kingsbridge, en Angleterre, le lecteur rencontre Ned Willard, un fils de marchand qui croit avant tout à la tolérance et rêve d’épouser le deuxième personnage principal, Margery Fitzgerald. Cependant, en tant que principal rival de Ned et frère de Margery, Rollo est farouchement contre ce mariage. Rollo aide ses parents à convaincre Margery qu’il est du devoir de Dieu qu’elle épouse un homme moins intellectuel et plus violent nommé Bart.
Le père de Rollo, Sir Reginald, oblige Alice, la mère de Ned, à lui accorder un prêt pour une mauvaise affaire. Ensuite, lui et Rollo travaillent avec un prêtre corrompu nommé évêque Julius pour forcer Alice à renoncer au prêt, ainsi qu’à exécuter l’homme derrière l’accord commercial, un protestant bien connu nommé Philbert Cobley. Cela convainc Ned de se rendre à Hatfield et d’accepter un emploi en tant que conseiller d’Elizabeth, travaillant sous la direction de William Cecil pour assurer sa succession après la mort de sa demi-soeur, Mary Tudor, à la grande colère de nombreux catholiques, dont Rollo.
Pendant ce temps, une fille protestante nommée Sylvie en France travaille avec sa famille pour vendre du matériel protestant illégal à Paris. Elle rencontre et tombe amoureuse de Pierre Aumande, qui est secrètement un espion pour la famille catholique Guise avec l’intention de gouverner la France par l’intermédiaire de leur cousine, Mary Stuart, et de sa meilleure amie et servante la plus proche, Alison. Après que Marie épouse François, l’héritier du trône, elle est en ligne pour devenir la prochaine reine de France. Enfin, Carlos, Barney et Ebrima, un esclave qui gagne sa vie dans la ferronnerie pour le roi d’Espagne, font face à des persécutions religieuses après avoir été dénoncés par l’un des rivaux de Carlos et contraints de rejoindre l’armée espagnole pour s’échapper avec leur vie.
La deuxième partie se déroule entre 1559 et 1563. Elizabeth s’est annoncée comme protestante et elle a fait du catholicisme une pratique hérétique. Cependant, son véritable souhait est la tolérance et elle refuse d’appliquer les lois qui tueraient les catholiques pour leurs croyances. Cela cause des problèmes à Kingsbridge, alors que les catholiques Fitzgerald commencent à se battre contre les protestants Cobleys qui veulent se venger de la mort de Philbert. Margery reste fidèle à Bart, mais elle est violée par son beau-père à de nombreuses reprises. Cela la conduit à pousser Ned à déjouer les violences entre les groupes religieux de Kingsbridge, tout en assurant la mort de son beau-père. Ned réussit à ruiner les plans des deux camps, tout en faisant exécuter le beau-père de Margery pour trahison.
En France, le roi Henri meurt des suites d’une joute, plaçant un faible roi François et son épouse Marie Stuart sur le trône. Cela met effectivement la famille Guise en charge du pays. Pierre, dans une tentative de se solidifier parmi la noble famille des Guise, fait semblant d’épouser Sylvie, avant de la trahir elle et sa congrégation aux Guise. Cela entraîne la mort de leur pasteur et du père de Sylvie. Alors que Pierre est officiellement introduit dans la famille en changeant de nom de famille, il est contraint d’épouser une servante nommée Odette pour couvrir une affaire d’un membre de la famille Guise destiné à devenir prêtre. Bien qu’humilié, Pierre est déterminé à rester précieux pour la famille Guise, en utilisant sa connaissance approfondie de la politique pour les pousser vers des décisions qui l’aident à réaliser ses propres ambitions. Cependant, quand Odette a son enfant, Pierre est empêché de le laisser à un couvent et dit qu’il s’occupera d’elle et de l’enfant pour le reste de sa vie. Pire encore, le roi François meurt et la reine Caterina manipule à la fois la famille Guise et ses ennemis pour prendre elle-même le contrôle de la couronne. Cela incite la famille Guise, dirigée par Pierre, au massacre d’un groupe de protestants menant à une guerre civile. La violence s’arrête lorsque le duc de Guise est tué. Cependant, Pierre assure que son jeune fils Henri, le nouveau duc de Guise, s’appuie sur Pierre tout en entretenant sa haine pour le leader protestant Gaspard de Coligny.
Enfin, Barney, Carlos et Ebrima sont restés dans l’armée espagnole pendant plus de deux ans sans argent ni moyen de partir. Cependant, lorsque leur capitaine – un homme violent nommé Ironhand – attaque Ebrima pour avoir gagné trop d’argent dans leur jeu de jeu, Barney tue accidentellement Ironhand et les trois sont obligés de fuir. Ils arrivent finalement à Anvers, où le commerce est plus important que la religion et concluent un accord commercial avec un parent de Barney nommé Jan. Ils recréent la puissante fournaise de Carlos, et Carlos nomme Ebrima comme l’un de ses partenaires, assurant la liberté et la richesse future d’Ebrima. Barney décide de quitter Anvers alors qu’il envisage de rentrer chez lui. Cependant, il est amené à rejoindre l’équipage du Hawk sous le commandement du capitaine Bacon qui travaille pour Dan Cobley. Ils se retrouvent à Hispaniola où Bacon participe à la traite des esclaves. Barney tombe amoureux d’une femme nommée Bella, mais est forcé de la quitter lorsqu’un navire de guerre espagnol attaque le Hawk. Avec les manœuvres expertes de Bacon et la connaissance de Barney des canons, ils détruisent le navire de guerre et retournent à Kingsbridge.
La troisième partie se déroule de 1566 à 1573 alors que la guerre entre protestants et catholiques commence à faire son apparition dans les trois principaux pays. En Espagne, le Haut Inquisiteur condamne une jeune fille à être exécutée par le feu, et Ebrima est capable d’utiliser la foule fervente pour se révolter et sauver la jeune fille. Cependant, cela amène les jeunes protestants à prendre d’assaut la cathédrale et à détruire de nombreux artefacts inestimables, à piétiner des prêtres et à déchirer une peinture inestimable que Carlos avait commandée pour l’église. En Angleterre, Ned renoue avec Margery après la mort de sa mère. Les deux ont une liaison pendant trois mois jusqu’à ce qu’il doive retourner à Londres et se rendre en France avec le conseiller d’Elizabeth Walsingham. De plus, le pape excommunie Elizabeth, poussant les protestants à se retourner contre les catholiques, car ils sont maintenant considérés comme des ennemis de l’État. Cela fait perdre son entreprise à Rollo après que Dan Cobley ait utilisé la foi de Rollo contre lui. Rollo se rend en France où il est formé pour devenir prêtre et prend le faux pseudonyme de Jean Langlais et, avec l’aide de Margery, Rollo commence à ramener des prêtres en Angleterre. Pendant ce temps, en Écosse, Mary et Alison s’échappent de prison et se dirigent vers l’Angleterre avec l’intention de travailler avec Elizabeth pour reprendre le trône d’Écosse pour Mary. Cependant, Elizabeth fait arrêter Mary à la place, car elle et ses conseillers s’inquiètent du fait que les partisans de Mary renversent Elizabeth.
Pendant ce temps, Ned et Walsingham sont envoyés en France comme ambassadeurs. Ned recueille de précieuses informations et multiplie son réseau d’espions dans toute la France protestante. Il rencontre Sylvie et apprécie sa bravoure et finit par tomber amoureux d’elle. Cependant, un mariage royal est prévu entre le prince protestant Henri de Navarre et la princesse catholique Margot pour instaurer la tolérance en France. Alors que Margot ne veut pas épouser le Prince, elle y est forcée et les Huguenots (protestants français) font la fête. Cependant, Pierre sait qu’il perd le pouvoir dans la famille Guise et en France qu’il décide de déclencher un massacre. Il manipule de nombreux catholiques puissants, dont la famille royale elle-même, entraînant la mort du leader protestant Coligny et le meurtre de milliers de personnes à Pairs et dans de nombreuses villes de Paris. Ned et Sylvie préviennent le plus de monde possible et se rendent à l’ambassade en toute sécurité aux frais de la mère de Sylvie. Ned et Sylvie se marient peu après et retournent ensemble à Londres. Cependant, Sylvie continue d’aider à vendre des livres illégaux en France par l’intermédiaire de son ami Nath. A Kingsbridge, Sylvie rencontre le fils de Margery et Ned, Roger. Cependant, Ned promet qu’il ne veut que Sylvie et les deux profitent de leur mariage.
La quatrième partie se déroule entre 1583 et 1589 alors que Ned lutte pour garder Elizabeth en vie, la France fait face à une horrible guerre civile et l’Espagne déclare la guerre à l’Angleterre au nom de l’Église catholique. Avec Mary emprisonnée pendant plus de vingt ans, Ned et son patron Walsingham recherchent toute preuve que Mary travaille avec un complot pour renverser la reine Elizabeth. Rollo et Pierre travaillent sans relâche pour planifier une attaque contre l’Angleterre avec le duc de Guise et utilisent les prêtres catholiques en Angleterre pour déclencher une insurrection. Cependant, leurs plans sont constamment déjoués par Ned, menant finalement à l’exécution de Mary après que Ned ait lu une lettre avec sa permission explicite de la sauver et de promettre de tuer la reine Elizabeth. Cela conduit finalement à la menace d’une invasion espagnole. Malgré les chances de favoriser fortement les Espagnols, la marine anglaise est capable de déjouer l’Armada et de les vaincre, empêchant ainsi l’invasion. A Paris, Pierre est pris au dépourvu alors que le roi Henri ordonne la mort du duc de Guise. Lorsque Pierre tente de s’échapper, son beau-fils Alain et sa maîtresse Louise le tuent par vengeance, disant qu’il n’est plus nécessaire. À Kingsbridge, Rollo retourne à Margery qui est furieuse contre lui pour avoir utilisé son réseau de prêtres pour pousser à la violence. Rollo lui rappelle qu’elle ne peut pas le trahir, car il pourra la trahir, ce qui entraînera la mort d’elle et de ses fils. Pendant ce temps, les Wilard fêtent Noël lorsque Sylvie aperçoit Jean qu’elle a reconnu de Paris. Elle le poursuit jusqu’au sommet de la cathédrale, ignorant que Jean est en réalité Rollo. Leur combat se termine lorsque Sylvie est jetée du toit, lui cassant le cou dans la chute et Rollo s’en tire avec un meurtre. Ned est écrasé par sa mort, mais finit par se reconnecter et épouser Margery après avoir senti que Sylvie veut qu’il continue sa vie.
La cinquième partie se déroule de 1602 à 1606 et se concentre sur le dernier conflit laissé dans le roman : Rollo contre Ned. Rollo, qui a l’impression que toute sa vie est un échec car l’Angleterre est plus protestante que jamais, est envoyé pour parler à la reine Anne et au roi James Stuart d’Écosse qui vont prendre le trône d’Angleterre à la mort d’Elizabeth. Le pape espère qu’ils accepteront la tolérance en Angleterre, car la reine Anne s’est récemment convertie au catholicisme. Le roi Jacques accepte, mais va à l’encontre de sa parole une fois qu’il devient roi, conduisant Rollo à planifier de tuer le roi, toute sa famille et tout le monde au Parlement en désespoir de cause. Pendant ce temps, Ned est fâché que le roi James ait refusé de respecter la tolérance d’Elizabeth, mais est déterminé à le protéger. Après que Margery apprenne que Rollo accuse d’avoir fait exploser une bombe lors d’une réunion du Parlement, elle décide de trahir Rollo au risque de sa propre vie. Alors que Ned est triste qu’elle lui ait caché cette information pendant si longtemps, il demande au roi Jacques de la protéger, elle et ses fils, prétendant qu’elle a été forcée de faire passer des prêtres en Angleterre sous la pression de son mari et de son frère. Grâce à Margery, Ned arrête l’attaque de Rollo et le fait finalement exécuter pour hérésie.
Dans l’épilogue, qui se déroule en 1620, un Ned de quatre-vingts ans réfléchit à sa vie tandis que ses arrière-petits-enfants lui posent de nombreuses questions sur le monde. Sa femme Margery est déjà décédée et Ned sait qu’il est proche de sa propre fin. Le fils de Barney, Alfo est le maire de Kingsbridge et le fils de Ned, Roger, est maintenant membre du Conseil privé du roi Jame. Ned lui-même sait qu’il ne reviendra jamais à Londres. Son petit-fils Jack, le fils de Roger, dit à Ned que lui et un groupe d’amis puritains vont dans le nouveau monde pour tenter d’échapper à l’intolérance du roi Jame. Ned est surpris, mais promet de prier pour le voyage de Jack. Alors que Jack s’en va, Ned se souvient de la vie qu’il a vécue et sait que son histoire s’effacera un jour avant de s’endormir.