Le scientifique rebelle Marx Marvelous raconte l’histoire d’Amanda, une âme libre, et de son âme sœur, le célèbre artiste John Paul Ziller. Le couple ouvre un zoo non conventionnel et un stand de hot-dogs, où ils explorent une nouvelle spiritualité. Après avoir volé le cadavre de Jésus-Christ au Vatican, Jean-Paul finit par être présumé mort. Amanda reste le symbole d’une nouvelle spiritualité.
Au début de l’histoire, Ziller et Amanda se marient quelques heures après s’être rencontrés, unis par leurs collègues du cirque indo-tibétain et du Giant Panda Gypsy Blues Band. Les jeunes mariés s’installent dans la vallée de Skagit, dans une zone rurale de Washington. Ils y achètent un restaurant de barbecue abandonné, posant les bases de ce qui deviendra bientôt la réserve faunique Capt. Kendrick Memorial Hot Dog. Avec le fils en bas âge d’Amanda, Thor, et le babouin Moc Cul de John Paul, la nouvelle famille revendique sa place dans le monde.
La vie de cirque derrière eux, les Ziller travaillent sans relâche pour faire fonctionner leur « zoo » peu orthodoxe. Pensant qu’il est cruel de mettre des animaux en cage, les attractions de leur zoo ne comprendront que deux couleuvres, un cirque de puces et une mouche tsé-tsé enfermée dans de l’ambre. L’ennui de leur travail est allégé par une lettre étrange et passionnante de leur ami Plucky Purcell. Il semble qu’il ait involontairement infiltré la Société du Félicitateur, un ordre de moines assassins au service du Vatican à Rome.
Amanda est victime d’un accident tragique qui lui fait avorter sa deuxième grossesse. Pour payer ses frais médicaux, John Paul est contraint de vendre le Spectacle du dôme astrologique non vibrant Dodo, son œuvre artistique la plus précieuse. Marx, en tant que narrateur, parle d’une perspective ultérieure pour présager que l’arrivée d’un mystérieux cadavre va bientôt déclencher des événements monumentaux. Dans le présent, Amanda et Marx sont en détention fédérale. C’est de ce point de vue, en tant que captif, que Marx raconte l’histoire.
L’histoire continue. Amanda et John Paul, apprenant que quelqu’un a essayé de voler un babouin au zoo de Seattle, décident de payer la caution du voleur en puissance. Le « voleur » s’avère n’être autre que Marx Marvelous, un scientifique rebelle et l’homme qui écrira l’histoire de John et Amanda. Après une courte entrevue, Marx est embauché pour diriger et gérer le zoo de bord de route des Zillers. Marx croit que John et Amanda sont à l’avant-garde d’une nouvelle spiritualité qui remplacera finalement le christianisme.
John et Amanda continuent de recevoir des lettres de Plucky Purcell. Toujours déguisé en moine des Felicitators, Plucky est transféré au Vatican. Peu de temps après son arrivée, un grand tremblement de terre secoue la Cité du Vatican, ouvrant des coffres-forts scellés depuis longtemps sous la ville. Voulant piller ces coffres-forts, Plucky tombe sur quelque chose qu’il n’avait jamais prévu : le cadavre non ressuscité de Jésus-Christ. Plucky vole le cadavre et, en le déguisant en sculpture en plâtre, le ramène en Amérique, au zoo de bord de route des Ziller.
Incapables de décider quoi faire du cadavre et réalisant que le gouvernement est à leurs trousses, John Paul et Plucky s’enfuient avec le cadavre, laissant Amanda et Marx se demander où ils sont allés. Quelques jours plus tard, Marx et Amanda apprennent que Plucky a été tué alors qu’il aidait John Paul à monter à bord d’un ballon expérimental à destination de la haute atmosphère terrestre. John Paul est présumé mort, le cadavre détruit, tous deux désintégrés par les radiations solaires. Marx conclut l’histoire en suggérant au lecteur de considérer Amanda comme un remplaçant messianique de Jésus.