Lorsque vous entendez parler du microbiome intestinal, vous arrive-t-il de vous demander quelles minuscules créatures grouillent dans votre propre corps ? En tant que microbiologiste qui étudie les microbiomes des plantes, des animaux et des humains, j’ai vu l’intérêt du public pour les microbes intestinaux grandir parallèlement à la recherche sur leur éventuelle influence dramatique sur la santé humaine. Au cours des dernières années, les techniques de test du microbiome utilisées par des chercheurs comme moi sont désormais disponibles pour les consommateurs à domicile. Ces kits de test personnels du microbiome intestinal prétendent vous dire quels organismes vivent dans votre intestin et comment améliorer votre microbiome intestinal en utilisant ces données.
Je suis devenu très intéressé par le fonctionnement de ces kits de test à domicile, le type d’informations qu’ils fournissent et s’ils peuvent vraiment vous aider à modifier votre microbiome intestinal. J’ai donc commandé quelques kits chez Viome, Biohm et Floré, les ai essayés et passé au crible mes propres données sur le microbiome. Voici ce que j’ai appris.
Votre microbiote intestinal peut être un partenaire de votre santé, si vous avez les bonnes bactéries.
Comment fonctionnent les kits de microbiome intestinal ?
Tous les kits de microbiome intestinal nécessitent que vous préleviez soigneusement des matières fécales fraîches. Vous le mettez dans les différents tubes fournis dans le kit et renvoyez les échantillons à l’entreprise. Plusieurs semaines plus tard, vous recevrez un rapport décrivant les types de microbes vivant dans votre intestin et des suggestions sur la façon de modifier votre alimentation ou vos activités pour potentiellement modifier votre microbiome intestinal.
Ce que les consommateurs ne savent pas exactement, c’est comment les entreprises génèrent les données de profil microbien à partir de votre échantillon fécal. Une approche typique que j’utilise, ainsi que d’autres chercheurs sur le microbiome, consiste à extraire et à décoder le matériel génétique microbien d’un échantillon. Nous utilisons ce matériel génétique pour identifier les espèces de microbes présentes. Le défi est que ce processus peut être effectué de différentes manières et qu’il n’existe pas de normes largement acceptées pour déterminer quelle est la meilleure méthode.
Par exemple, les analyses du microbiome peuvent être effectuées sur deux types de matériel génétique, l’ARN ou l’ADN. Si le profil est basé sur l’ADN, il peut vous donner un aperçu uniquement des types de microbes présents, et non des gènes microbiens actifs ou des activités qu’ils effectuent dans votre corps. D’un autre côté, si le profil est basé sur l’ARN, il peut vous dire non seulement quels microbes sont présents, mais aussi s’ils jouent un rôle dans votre digestion ou s’ils produisent des métabolites qui peuvent réduire l’inflammation intestinale, entre autres fonctions. Viome génère ses profils en examinant l’ARN, tandis que les autres sociétés utilisent l’ADN.
D’autres choix d’analyse de données, tels que la manière dont les différents types de séquences génétiques sont triés ou les bases de données utilisées pour identifier les microbes, peuvent également affecter le niveau de détail et l’utilité des données finales. Les scientifiques du microbiome font généralement très attention à souligner ces nuances lorsqu’ils interprètent leurs propres données dans des articles scientifiques, mais ces détails ne sont pas clairement présentés dans les kits de microbiome à domicile.