Pendant des siècles, l’Inde a été gouvernée par l’Empire britannique. Mais l’Inde a négocié son indépendance vis-à-vis de la Grande-Bretagne en acceptant de l’aider à combattre les puissances de l’Axe pendant la Seconde Guerre mondiale. Après la fin de la guerre, les Britanniques sont partis en 1947 et ont divisé le pays en deux, l’Inde laïque/hindoue et le Pakistan musulman. Cependant, malgré le fait que de nombreux musulmans vivaient en Inde et que de nombreux hindous vivaient au Pakistan, la plupart des hindous vivaient en Inde et les musulmans au Pakistan.
Lorsque les Britanniques se sont retirés, ceux qui n’étaient pas au « bon endroit » ont dû fuir vers un nouveau pays. À l’été 1947, dix millions de personnes traversent ce qu’on appelle « la partition ». En raison de la haine religieuse et ethnique, deux millions de personnes ont été tuées lors des escarmouches et des violences populaires qui se sont produites dans le chaos. Les autorités locales venaient juste de prendre le relais des Britanniques et n’avaient aucune capacité à contrôler la population.
Train to Pakistan se déroule dans la ville fictive de Mano Majra, qui se trouvait près de la partition. De nombreuses villes frontalières comme Mano Majra contenaient une grande diversité religieuse, avec des hindous, des musulmans et des sikhs vivant côte à côte. Mais les Britanniques n’ont tenu aucun compte de ces villes, et une si grande violence a éclaté en leur sein. En revanche, l’auteur montre Mano Majra comme maintenant son ordre, compte tenu de son isolement relatif. Cependant, Mano Majra possédait une gare qui finirait par en faire un centre de conflit.
L’histoire commence avec le vol et le meurtre de Lala Ram Lal, la seule famille hindoue de la ville. Les meurtriers étaient un gang dirigé par Malli, qui recherchait leur ancien camarade de gang et chef Juggut Singh, un voyou sikh de grande taille, bâti et de mauvaise réputation. Lors de l’événement de « dacoit », cependant, « Jugga » faisait l’amour avec sa petite amie, Nooran, la fille du mollah de la ville (l’amour interreligieux était strictement interdit). Au même moment du dacoit, Iqbal Singh, un athée efféminé bien éduqué, bien que d’origine sikh, est arrivé en ville pour organiser les paysans pour le Parti populaire de l’Inde.
Malli et son gang tentent d’attribuer le crime à Jugga, ce qui entraîne l’arrestation d’Iqbal et de Jugga en raison de soupçons locaux. Ils sont arrêtés sur ordre de Hukum Chand, le magistrat régional, en partie à cause de ses soupçons sur les deux personnages pour des raisons indépendantes. Pendant qu’ils sont en prison, cependant, le conflit commence à monter à Mano Majra lorsqu’un train rempli de cadavres musulmans est amené en ville et incendié par des soldats. Peu de temps après, un groupe de soldats vient évacuer la moitié musulmane de la ville (l’autre moitié est sikhe) vers le Pakistan, ce qui conduit Nooran à partir tandis que Jugga est en prison dans la capitale régionale de Chundunnugger.
Après l’évacuation des musulmans, un groupe local de sikhs vient à Mano Majra pour attiser le sentiment anti-musulman et saboter le train qui emmenait les musulmans au Pakistan. Chand, normalement corrompu mais rongé par la culpabilité de ses propres péchés, libère à la fois Iqbal et Jugga pour arrêter le meurtre, et malgré l’image de soi d’Iqbal en tant que réformateur social et l’image de soi de Jugga en tant que voyou, Iqbal se boit dans la stupeur pendant que Jugga donne sa vie en détruisant la corde que les soldats sikhs avaient installée pour jeter les musulmans en haut du train vers la mort.