Le journal du rhum est le premier roman de Hunter S. Thompson. Écrit alors qu’il perfectionnait encore ses compétences, ce roman montre des aperçus du brillant style d’écriture musicale que Thompson deviendrait connu plus tard dans sa carrière. L’intrigue met en scène un jeune écrivain qui se retrouve dans le territoire vierge de San Juan, à Porto Rico, en train d’écrire pour un journal qui est à des mois de couler. Cet écrivain, Paul Kemp, vient à Porto Rico avec l’espoir de trouver l’aventure, mais trouve à la place l’amour, la jalousie et la violence, le tout mariné au rhum. C’est une histoire volatile qui plaira autant aux nouveaux qu’aux anciens fans de Thompson.
Paul Kemp s’enivre avant de monter dans l’avion pour Porto Rico afin de mieux endurer le vol. Avant d’embarquer, il voit une belle fille qu’il aimerait rencontrer à bord du même avion. Paul se précipite pour saisir les deux seuls sièges libres côte à côte afin d’inciter la fille à s’asseoir à côté de lui, mais un vieil homme prend le siège que Paul a réservé pour la fille. Paul tente de déplacer l’homme et est accusé de coups et blessures. La fille s’enfuit, donnant le ton à toute la nuit de Paul. Une fois que Paul arrive à San Juan et s’installe dans son hôtel, il sort à la recherche d’un restaurant pour le dîner, mais n’en trouve pas qui lui convienne. Paul décide de se rendre dans les bureaux du journal pour lequel il est venu travailler, Les nouvelles quotidiennes de San Juan.
Au bureau, Paul rencontre un photographe, Richard Sala. Sala emmène Paul dans un bar local qui sert des hamburgers pour le dîner et le présente à deux autres journalistes qui travaillent au journal. L’un d’eux est Yeamon, un homme grand et instable. Sala avertit Paul que Yeamon est un problème. Il s’avère que Yeamon connaît la fille que Paul a vue dans l’avion. La fille, Chenault, est la petite amie de Yeamon. Malgré ce revers, Paul et Yeamon se sont bien entendus. Au cours des jours suivants, Paul s’installe au journal et se lie d’amitié avec un certain nombre d’autres personnes qui y travaillent. Paul se lie également d’amitié avec un homme de relations publiques local nommé Sanderson. Cependant, Paul découvre que son nouveau patron est un homme paranoïaque qui n’a pas le respect de ses employés. Pour cette raison, le journal est géré avec peu de supervision et on dit constamment qu’il est sur le point de se plier. On dit à Paul de ne pas trop se mettre à l’aise.
Paul rend visite à Yeamon et Chenault chez eux à la campagne un matin et les trouve nageant dans l’océan nus. Paul est frappé par le rapport facile entre ces deux-là et est jaloux non seulement de leur rapport, mais de leur jeunesse et de leur bonheur simple. Paul part et revient peu de temps après. Chenault prépare le petit déjeuner de tout le monde et Paul se retrouve encore plus attiré par sa beauté et son esprit, alors même qu’il regarde le contrôle et le manque de respect que Yeamon lui inflige. Quelques semaines plus tard, Paul est entraîné dans une bagarre entre Yeamon et leur patron. Yeamon a écrit un article sur l’immigration des Portoricains à New York. Cet article fait vingt-quatre pages et est pratiquement inutile pour le journal. Le patron menace de renvoyer Yeamon lorsqu’il refuse de le modifier. Ensuite, le patron donne la pièce à Paul et lui dit de l’éditer. Cependant, à la lecture de la pièce, Paul décide qu’elle devrait être diffusée dans une série en cinq parties, refusant de la modifier. Le patron devient furieux et renvoie Yeamon quand même.
Paul et Sala vont rendre visite à Yeamon quelques jours plus tard pour voir comment il se débrouille sans revenu stable. Sala et Paul voient Yeamon frapper Chenault avant qu’ils ne partent tous les trois pour prendre quelques verres dans un bar local qui, selon Yeamon, lui donnera du crédit. Cependant, une fois qu’ils ont partagé plus de dix dollars de rhum, le gérant du bar insiste pour qu’ils paient leur facture. Yeamon refuse et ne permettra pas non plus à Sala ou à Paul de payer. Les trois ne partent que pour être poursuivis par les clients du bar et la police locale. Une rixe éclate et les trois hommes sont roués de coups avant d’être placés en garde à vue. Au tribunal plus tard dans la nuit, les flics mentent et disent que Paul, Sala et Yeamon ont commencé la bagarre. Sanderson se présente et laisse tomber quelques noms influents qui persuadent le juge de fixer une caution pour les trois.
En échange de l’aide de Sanderson au tribunal, Paul assume plusieurs missions d’écriture pour quelques clients de Sanderson. L’un d’eux oblige Paul à se rendre sur une petite île voisine où un homme d’affaires s’apprête à installer un complexe. Ensuite, Paul se rend à Saint-Thomas pour rencontrer Yeamon et Chenault au carnaval. Le carnaval est une fête bruyante et incontrôlable en ville, alors Paul et ses amis se rendent à la jetée pour trouver une fête plus calme parmi les yachts. Quelqu’un leur propose d’aller à une fête dans une maison à la périphérie de la ville. A leur arrivée, Chenault part danser avec quelques habitants. Avant que Paul et Yeamon ne sachent ce qui se passe, Chenault est emmené avec des hommes qui ont clairement des intentions perverses. Paul et Yeamon tentent de sauver Chenault, mais sont arrêtés par les habitants. Le lendemain, ils se rendent à la police, mais y trouvent peu d’aide. Paul et Yeamon décident de rentrer chez eux et espèrent le meilleur.
Paul retourne au travail en essayant de ne pas penser à Chenault et à ce qui aurait pu lui arriver. Une nuit, Chenault arrive sur le pas de sa porte, visiblement troublée par ce qui lui est arrivé sur l’île. Paul l’accueille en se disant qu’il la renverra à Yeamon le lendemain. Cependant, Paul ne peut se résoudre à la renvoyer. Lorsque Yeamon apprend le retour de Chenault, il renonce à son attachement pour elle. Paul et Chenault deviennent amants.
Quelques jours plus tard, le papier se plie. Les journalistes sont tellement en colère qu’ils traquent le patron lors d’une fête et l’attaquent, dans l’intention de le blesser physiquement pour les avoir tous laissés sans ressources, y compris Yeamon. Le boss pare leur attaque pour mourir d’une crise cardiaque quelques minutes plus tard. Yeamon et un autre journaliste ont mené l’attaque et sont accusés d’avoir causé la mort. Paul aide Yeamon à s’échapper de l’île avant de faire des plans pour se quitter, se rendant à New York pour être avec Chenault.