Violet, Klaus et Sunny Baudelaire ont été transférés chez un autre tuteur. Cependant, cette fois, leurs perspectives semblent encore plus sombres qu’auparavant. Leur nouveau tuteur, qui préfère s’appeler Monsieur, insiste pour que les enfants travaillent au moulin en échange de ses efforts pour éloigner le Comte Olaf.
Au début, les enfants pensent que ce marché, même s’il n’est pas entièrement équitable, peut fonctionner. Le comte Olaf est introuvable, du moins à leurs yeux. Cela change lorsque Klaus se fait trébucher par le contremaître de l’usine et est obligé de consulter l’ophtalmologiste. Le bâtiment qui sert de cabinet à l’ophtalmologiste est une réplique exacte du tatouage sur la jambe gauche du comte Olaf, jusqu’aux cils.
Lorsque Klaus revient, Violet et Sunny se rendent compte qu’il n’est pas lui-même et que son comportement est très inquiétant. Le lendemain, un horrible accident se produit au moulin et la faute en est attribuée à Klaus. Il semble reprendre brièvement ses esprits, mais le contremaître le fait à nouveau trébucher, le forçant à une autre visite chez l’ophtalmologiste. Les enfants commencent à comprendre ce qui est arrivé à Klaus et réalisent qu’il a été hypnotisé.
Violet et Sunny l’accompagnent cette fois et elles découvrent que l’ophtalmologiste, le Dr Georgina Orwell, est une personne très gentille, mais quelque peu étrange. Son étrangeté s’explique lorsque Violet et Sunny entrent dans la salle d’attente et trouvent le comte Olaf déguisé en réceptionniste nommée Shirley. Cependant, il n’essaye pas de les capturer immédiatement et Klaus est libéré avec eux.
De retour au moulin, ils trouvent une note de Sir indiquant que si un autre accident survient, il sera obligé de les abandonner. Par un heureux hasard, il a trouvé en ville une femme qui serait ravie d’adopter trois enfants. La femme est bien sûr Shirley. Soudain, le plan du comte Olaf devient clair.
Violet n’arrive pas à ramener Klaus à la normale et passe la nuit à faire des recherches sur l’hypnose dans la pathétique bibliothèque du moulin. Des trois livres trouvés dans la bibliothèque, celui du Dr Georgina Orwell semble être leur seul espoir. Malheureusement, il est écrit dans un langage extrêmement difficile et Violet ne maîtrise pas le vocabulaire.
Le lendemain, un horrible accident se produit au moulin et c’est aux enfants Baudelaire de déjouer l’accident avant que quelqu’un ne soit tué. Ils devront changer leurs forces pour réussir le plan du Comte Olaf. Violet devra apprendre à être chercheuse et Klaus devra devenir inventeur.
Les enfants Baudelaire parviendront-ils à surmonter ce dernier obstacle du comte Olaf, ou a-t-il enfin trouvé le moyen de les battre et de leur voler leur fortune ?