Sinuhe l’Égyptien est les mémoires d’un médecin qui veut soigner les pauvres mais est entraîné dans la politique et la guerre, se sentant destiné à être toujours seul – peut-être parce qu’il est le fils d’un pharaon jeté sur les eaux du Nil à la naissance.
Exilé de sa Thèbes bien-aimée, Sinuhe enregistre les événements de sa vie, dans lesquels il ne peut jamais se marier, avoir des enfants et traiter les pauvres comme un médecin. Sinuhe grandit en croyant qu’il est retrouvé dans le Nil peu de temps après sa naissance et adopté par un médecin, Senmut, et sa femme Kipa. Il grandit heureux dans le quartier pauvre de Thèbes, aidant son père à soigner les patients pauvres et écoutant les histoires de sa mère. Après l’école primaire, Sinuhe est accepté comme élève dans la Maison de la Vie grâce à l’ami de son père, l’ouvreur de crâne royal, qui choisit plus tard Sinuhe pour l’aider au lit de mort du pharaon Amenhotep III. Cette nuit-là, l’héritier royal conduit Sinuhe dans le désert et voit un nouveau dieu, Aton, lors d’une crise d’épilepsie. Cette nuit-là, Sinuhe rencontre également le futur général et pharaon Horemheb.
Au début de sa carrière, Sinuhe cède à la séduisante Nefernefernefer la propriété de ses parents infirmes, et la culpabilité de leurs suicides hante Sinuhe pour le reste de sa vie. Cela contribue également à motiver un voyage de trois ans à l’étranger, ce qui élargit son champ d’action et l’aide à mûrir. À Smyrne, il se lie d’amitié avec le roi Aziru d’Amurru avant d’être envoyé par Horemheb pour arpenter Mitanni, Babylone et Hatti. À Babylone, Sinuhe rencontre l’un des amours de sa vie, la belle Minea, qu’il raccompagne chez lui en Crète, sachant qu’elle est destinée à mourir dans le labyrinthe. Après un deuil pitoyable, il retourne à Thèbes.
Là, Sinuhe met en place une pratique simple, libère légalement son esclave Kaptah, apprend que les investissements judicieux de Kaptah l’ont rendu riche et retombe amoureux de Merit. Devinant son destin spécial, elle refuse de l’épouser, mais partage sa natte de couchage. Trop tard, il apprend qu’elle lui donne un fils. Un autre sort d’épilepsie royale amène Sinuhe à la fondation d’Akhetaton, où, en tant que médecin royal, Sinuhe sait que le patient est dérangé, mais est attiré par ses enseignements idéalistes sur Aton. Lors d’une visite à Thèbes, Sinuhe est recruté par des assassins, rassemble des informations suggérant qu’il est royal et perd Merit et Thoth dans des émeutes.
Assez en colère pour administrer du poison à Akhenaton, Sinuhe accompagne Horemheb pour libérer la Syrie, une campagne qui se termine lorsque Horemheb devient pharaon. Sinuhe souhaite que l’utopie d’Aton puisse se réaliser, des mots hérétiques qui provoquent son exil, où il écrit ses mémoires pour réconforter son propre cœur.