Sinuhe l’Égyptien est les mémoires d’un médecin qui veut soigner les pauvres mais qui est entraîné dans la politique et la guerre, se sentant destiné à être toujours seul – peut-être parce qu’il est le fils d’un pharaon jeté sur les eaux du Nil à sa naissance.
Exilé de sa Thèbes bien-aimée, Sinuhé raconte les événements de sa vie, au cours desquels il ne pourra jamais se marier, avoir des enfants et traiter les pauvres comme un médecin. Sinuhe grandit en croyant qu’il a été retrouvé dans le Nil peu de temps après sa naissance et adopté par un médecin, Senmut, et sa femme Kipa. Il grandit heureux dans le quartier pauvre de Thèbes, aidant son père à soigner les patients pauvres et écoutant les histoires de sa mère. Après l’école primaire, Sinuhe est accepté comme élève à la Maison de la Vie grâce à l’ami de son père, l’ouvreur de crâne royal, qui choisit plus tard Sinuhe pour l’assister sur le lit de mort du pharaon Amenhotep III. Cette nuit-là, l’héritier royal conduit Sinuhé dans le désert et voit un nouveau dieu, Aton, lors d’une crise d’épilepsie. Cette nuit-là, Sinuhé rencontre également le futur général et pharaon Horemheb.
Au début de sa carrière, Sinuhe cède la propriété de la séduisante Nefernefernefer à ses parents infirmes, et la culpabilité de leurs suicides hante Sinuhe pour le reste de sa vie. Cela contribue également à motiver un voyage de trois ans à l’étranger, ce qui élargit son champ d’action et l’aide à mûrir. À Smyrne, il se lie d’amitié avec le roi Aziru d’Amurru avant d’être envoyé par Horemheb pour étudier le Mitanni, Babylone et Hatti. À Babylone, Sinuhe rencontre l’un des amours de sa vie, la belle Minea, qu’il accompagne chez elle en Crète, sachant qu’elle est destinée à mourir dans le labyrinthe. Après un deuil pitoyable, il retourne à Thèbes.
Là, Sinuhe met en place une pratique simple, libère légalement son esclave Kaptah, apprend que les bons investissements de Kaptah l’ont rendu riche et retombe amoureux de Merit. Devinant son destin particulier, elle refuse de l’épouser, mais partage son matelas. Trop tard, il découvre qu’elle lui donne un fils. Une autre période d’épilepsie royale amène Sinuhe à la fondation d’Akhetaton, où, en tant que médecin royal, Sinuhe sait que le patient est dérangé, mais est attiré par ses enseignements idéalistes sur Aton. Lors d’une visite à Thèbes, Sinuhe est recruté par des assassins, rassemble des informations suggérant qu’il est royal et perd Merit et Thoth dans des émeutes.
Assez en colère pour administrer du poison à Akhenaton, Sinuhé accompagne Horemheb pour libérer la Syrie, campagne qui se termine lorsque Horemheb devient pharaon. Sinuhé souhaite que l’utopie d’Aton puisse se réaliser, paroles hérétiques qui provoquent son exil, où il écrit ses mémoires pour réconforter son propre cœur.