Alors que commence « Shift » de Hugh Howey, nous sommes en 2049. Le démocrate Donald Keene vient d’être élu au Congrès. Il se rend à Washington pour servir son mandat et rencontrer le sénateur démocrate géorgien Thurman. L’expérience de Keene en architecture et sa conception universitaire de silos souterrains ont incité le sénateur Thurman Keene à le recommander pour travailler sur le projet d’installation de confinement et d’élimination, ou CAD-FAC. Le CAD-FAC est conçu pour stocker le combustible nucléaire irradié mondial et se composera de dizaines de silos souterrains. Keene accepte de travailler sur le projet, bien qu’il ne soit pas satisfait de la recommandation de la fille de Keene, Anna. Anna et Keene sont sortis ensemble alors qu’ils étaient à l’université, un fait qui rend la femme de Keene, Helen, mal à l’aise.
CAD-FAC est achevé en Géorgie plusieurs années plus tard. Le terrain au-dessus des silos accueille la Convention nationale démocrate. Pendant ce temps, des explosions nucléaires explosent. Keene et d’autres sélectionnés sont précipités sous terre dans CAD-FAC. Il est révélé que le véritable objectif de CAD-FAC est de sauver l’humanité contre la destruction totale. Des milliers de personnes sont placées dans les silos qui s’étendent à des kilomètres sous terre pour vivre leur vie pendant cinq cents ans tandis que la terre redevient hospitalière. Le silo central, Silo 1, abrite des équipes de personnes de l’ancien monde, dont Thurman et Keene. Ils sont réveillés toutes les quelques décennies du sommeil cryogénique pendant six mois à la fois, où ils supervisent le contrôle et la surveillance des autres silos. De temps en temps, des rébellions et des violences généralisées dans les silos provoquent l’extermination et la replantation des populations.
Keene est écœuré de savoir que toute l’opération était un complot et de savoir que Thurman et son groupe ont eux-mêmes déclenché les explosions nucléaires. Thurman explique que c’était nécessaire en raison de la montée du nano-terrorisme. Il poursuit en disant que cela n’aurait été qu’une question de temps de toute façon avant qu’un événement catastrophique ne se produise. De bonnes personnes avaient développé des robots nano-médicaux de la taille d’une cellule pour soigner et réparer le corps humain, mais des terroristes et des voyous comme les Iraniens les ont armés pour déchirer les gens. Thurman a fait un bond en avant en tuant des milliards de personnes avec des armes nucléaires, mais en en sauvant des milliers pour recommencer à zéro la population mondiale dans cinq cents ans. Keene est horrifié par ce qui s’est passé, mais sait qu’il doit maintenant s’assurer qu’autant de personnes que possible survivent dans les autres silos. Toutes les quelques décennies, les silos doivent être redémarrés. D’autres se déconnectent complètement et ne peuvent pas être augmentés.
Dans Silo 18, une révolution commence. Mission, dix-sept ans, se retrouve pris au milieu de la violence, mais on lui accorde un sursis. Au lieu d’être tué, il a son esprit effacé. Il est autorisé à se marier et à avoir des enfants. Dans Silo 17, un soulèvement entraîne l’effondrement de la population d’elle-même, laissant une poignée de survivants, dont Jimmy. Jimmy vit pendant des années sans voir personne. Pendant ce temps, Keene découvre plus de secrets sur le projet de silo. Il tue Anna pour son rôle dans les choses. Il découvre alors le véritable but de Thurman et des autres fondateurs. Un seul silo sur des dizaines doit être relâché dans le monde. Tous les autres, y compris le Silo 1, doivent être exterminés. Thurman explique que c’est dans le but d’éradiquer les mauvaises connaissances sur la nanotechnologie et les armes nucléaires de l’ancien monde. Keene tue alors Thurman. Keene apprend qu’une seule femme s’est échappée d’un des silos et s’est dirigée vers un autre. Cette femme, Juliette, devient la première personne que Jimmy voit depuis des années. Juliette communique par radio avec Keene, lui disant qu’elle a commencé à découvrir la vérité sur les silos et qu’ils viendront chercher Keene.