La Séparation du Pouvoir fait partie d’une série de romans d’espionnage écrits par Vince Flynn. Il continue l’histoire du contre-terroriste Mitch Rapp. Mitch est sur le point de prendre sa retraite, mais sait qu’il ne peut pas prendre sa retraite en toute sécurité tant qu’il n’a pas découvert qui a tenté de le tuer lors de sa précédente mission en Allemagne. Cependant, son obsession ne fait que lui créer encore plus de problèmes, rompant sa relation avec Anna Rielly, l’impliquant dans la police secrète israélienne et l’emmenant dans une dernière mission visant à détruire les ogives nucléaires en Irak.
Le livre s’ouvre avec Hank Clark rencontrant le milliardaire Mark Ellis aux Bahamas. Ellis est en colère parce que Clark n’a pas traité la nouvelle directrice de la CIA, Irene Kennedy, comme il l’avait promis. Ellis dit qu’il a investi beaucoup d’argent dans une entreprise avec la CIA et qu’elle a besoin d’un directeur qui jouera le jeu. Pendant ce temps, de retour dans le Maryland, Anna Rielly et Mitch Rapp profitent d’une matinée de détente. Ils sont profondément amoureux et Mitch est sur le point d’abandonner son travail de terrain à la CIA pour s’installer avec elle. Avant de remettre son avis, il a rendez-vous avec Irene Kennedy. Kennedy veut que Mitch reste « jockey de bureau » et lui montre une cassette vidéo d’une femme quittant un immeuble après avoir tué un homme appelé Peter Cameron, le même homme qui a tenté de tuer Mitch. Irene dit que la femme est Donatella Rahn et Irene veut que Mitch s’envole pour Milan pour lui demander qui l’a engagée pour tuer Cameron. Au même moment, Mitch propose à Anna. A l’ambassade d’Israël, Clark rencontre le directeur du Mossad, Ben Freidman. Il veut que Freidman fasse en sorte que Donatella soit tuée.
Le président rencontre le directeur du Mossad, Ben Freidman. Freidman a déclaré au président qu’Israël avait découvert que l’Irak travaillait avec la Corée du Nord pour fabriquer des armes nucléaires. Il affirme qu’en échange de pétrole, Saddam Hussein a engagé le physicien nord-coréen Dr. Park Chung Lee pour l’aider à développer des composants nucléaires sous les fondations d’un véritable hôpital. Israël a besoin de l’aide américaine pour éliminer les bombes. Pendant ce temps, Hank Clark rencontre le député Albert Rudin dans un hammam. Rudin veut qu’Irene Kennedy quitte la CIA. Clark dit qu’il connaît quelqu’un qui peut l’aider à trouver des preuves accablantes pour l’évincer de son poste.
Freidman décide d’embaucher Marc Rosenthal pour tuer Donatella. Rosenthal demande s’il s’agit d’un travail solo ou en équipe. Freidman rit et dit que c’est un travail d’équipe car Donatella est très dangereuse. Pendant ce temps, Mitch et Anna prennent un vol pour Milan depuis l’aéroport de Washington. Mitch décide de ne pas parler à Anna de sa réunion d’affaires parce que Donatella est une vieille flamme. Au même moment, Marc Rosenthal arrive à Milan avec ses deux copains Yanta et Jordan Sunberg.
Le président rencontre le général Flood. Flood a une idée pour retirer les armes de Saddam. Saddam et ses fils circulent dans des Mercedes blanches et, pour éviter d’être repérés, ils font circuler de nombreuses autres Mercedes blanches dans Bagdad en même temps. Flood pense qu’ils devraient mettre une équipe Delta dans une Mercedes blanche, et ensuite ils pourraient se rendre sans entrave aux bombes. Pendant ce temps, Mitch rencontre Donatella au Jamaica Café à Milan. Mitch demande à Donatella qui l’a engagée pour tuer Cameron, mais Donatella est plus intéressée à parler de la nouvelle petite amie de Mitch. Donatella dit qu’elle l’aime toujours.
Mitch et Dontella se promènent dans le parc. Mitch essaie de convaincre Donatella de lui dire quand il l’a embauchée lorsqu’il aperçoit quelqu’un dans une voiture qui les surveille. Il dit à Donnatella d’attendre là où elle est et s’enfuit. Donatella décide d’aller à l’encontre de son avis et de monter dans son appartement. Elle veille cependant à prendre les escaliers avec son arme dégainée. Dans sa maison, elle fait des sauts périlleux dans le salon et se cache derrière le canapé. Elle se met à genoux pour tirer, mais un homme lui tire une balle dans la tête et l’épaule. Les blessures ne sont que superficielles et Donatella saute et le tue. Mitch arrive à l’appartement et panse les blessures de Donatella. Elle veut une injection de morphine, mais Mitch dit qu’il ne la lui donnera pas tant qu’elle ne lui dira pas qui l’a embauchée. Dontella dit à Mitch que c’était Ben Freidman.
Mitch ramène Donatella dans sa chambre d’hôtel. Anna n’est pas contente de lui et demande où diable il était. Avant que Mitch ne puisse répondre, Donatella, droguée, lui dit que Mitch et elle sont amants. En entendant cela, Anna sort en trombe de la pièce. Mitch n’a d’autre choix que de rester avec Donatella. Il passe quelques appels téléphoniques à Kennedy puis ramène Donatella dans la relative sécurité de l’Amérique. De retour aux États-Unis, Mitch accepte une mission visant à détruire les ogives nucléaires de Saddam.
Le général Flood présente Mitch aux 12 autres hommes participant à la mission. Ils ont les cheveux et les yeux noirs pour s’intégrer aux civils irakiens. Mitch dit qu’ils ne devraient pas explorer la zone car ils risquent de se faire prendre. Au lieu de cela, il suggère de se faire passer pour Uday Hussein, et ils se rendent à Bagdad comme s’ils étaient propriétaires des lieux. Pendant ce temps, Norb Steveken remet à Rudin une enveloppe contenant des informations top secrètes qui pourraient mettre fin à la carrière d’Irene Kennedy.
À l’intérieur de l’enveloppe, Rudin trouve des informations sur l’équipe Orion et ses opérations illégales au Moyen-Orient. Rudin est ravi car il sait qu’il dispose désormais des informations nécessaires pour faire tomber Kennedy. Avec les encouragements de Hank Clark, il apparaît sur Meet the Press et révèle l’information top secrète. Le président est furieux et pense que cela pourrait signifier la fin de sa carrière et de celle d’Irène. Irène est beaucoup plus calme. Elle dit au président que Rudin a révélé des informations top secrètes et a ainsi commis un acte criminel.
Irene Kennedy se présente devant un comité pour répondre à quelques questions, mais refuse d’y répondre. Elle dit qu’elle se tait dans l’intérêt de la sécurité nationale. Pendant ce temps, Mitch et l’équipe Delta se rendent à l’hôpital de Bagdad. En se faisant passer pour Uday, Mitch persuade le Dr Park Chung Lee de remettre les composants nucléaires. A Washington, le Président s’entretient au téléphone avec le Premier ministre israélien. Le Premier ministre remercie le président d’avoir aidé les Israéliens. En réponse, le président demande s’il peut envoyer Freidman à la Maison Blanche pour le voir.
Avec la victoire sur Saddam désormais rendue publique, le président est à nouveau populaire et l’étoile de Rudin s’efface considérablement. Craignant de perdre son emploi, Rudin demande de l’aide à Hank Clark. Hank montre de la sympathie, mais sachant que Rudin est désormais un handicap, il le jette par la fenêtre de son bureau. De retour à la Maison Blanche, Mitch Rapp tient Ben Freidman sous la menace d’une arme. Il insiste pour que Fredman lui dise, le président et Irene Kennedy qui lui ont demandé d’embaucher Donatella Rahn. Freidman leur dit que c’était Hank Clark.