Lyra, une jeune fille qui vit en Jordanie, une université fictive d’Oxford par ailleurs peuplée d’universitaires adultes et masculins, est mise au défi lorsqu’elle est plongée dans une quête mystérieuse d’une substance appelée « poussière ». Elle l’apprend pour la première fois lorsqu’elle et son démon, une incarnation externe de l’âme d’une personne, écoutent une rencontre entre les érudits et un célèbre explorateur. Lord Asriel, qu’elle connaît parce qu’il a déjà visité le collège et s’est intéressé occasionnellement à son développement, doit être sauvé du maître du collège. Lyra voit le Maître essayer d’empoisonner Lord Asriel, l’avertit, puis est mise en confiance.
Cependant, ses commentaires piquent sa curiosité sur de nombreux sujets, tels que l’Église et sa propre histoire, qu’elle a jusqu’à présent tenu pour acquis. Lorsque d’autres enfants commencent à disparaître dans les griffes du mystérieux Conseil d’Oblation, elle devient encore plus curieuse. L’un des enfants kidnappés est son ami Roger, ce qui la pousse à agir. Puis elle découvre que Lord Asriel est son père et qu’il est retenu prisonnier dans le Nord. Elle se lance à leur secours, voyageant avec un groupe de gitans des rivières connus sous le nom de « gyptiens » qui recherchent leurs enfants perdus. Elle se lie d’amitié avec un ours, des sorcières et d’autres personnages improbables, sauve de nombreux enfants volés, mais ne parvient pas à sauver son ami avant qu’il ne soit tué. L’histoire se termine lorsqu’elle voit Lord Asriel partir dans un monde parallèle à travers un trou qu’il a créé en « coupant » sa jeune amie.
Elle court après lui mais c’est là que se termine ce volet de l’histoire, repris dans The Subtle Knife et conclu dans The Amber Spyglass.