Le scientifique voyou Marx Marvelous raconte l’histoire de l’esprit libre Amanda et de son âme sœur, le célèbre artiste John Paul Ziller. Le couple ouvre un zoo non conventionnel et un stand de hot-dogs, où ils explorent une nouvelle spiritualité. Après avoir volé le cadavre de Jésus-Christ au Vatican, Jean-Paul est présumé mort. Amanda reste le symbole d’une nouvelle spiritualité.
Au début de l’histoire, Ziller et Amanda se sont mariés quelques heures après leur rencontre, réunis par leurs collègues de l’Indo Tibetan Circus et du Giant Panda Gypsy Blues Band. Les jeunes mariés s’installent à Skagit Valley dans une zone rurale de Washington. Là, ils achètent un restaurant de barbecue abandonné, jetant les bases de ce qui deviendra bientôt la réserve faunique de hot-dog du capitaine Kendrick Memorial. Avec Thor, le bébé d’Amanda et le babouin de John Paul, Moc Cul, la nouvelle famille revendique le monde.
Avec la vie de cirque derrière eux, les Zillers travaillent sans relâche pour faire fonctionner leur « zoo » peu orthodoxe. Pensant qu’il est cruel de mettre les animaux en cage, les attractions de leur zoo n’incluront que deux couleuvres rayées, un cirque aux puces et une mouche tsé-tsé enfermée dans de l’ambre. L’ennui de leur travail est allégé par une lettre étrange et passionnante de leur ami Plucky Purcell. Il semble qu’il ait involontairement infiltré la Société du Félicitateur, un ordre de moines assassins qui sert le Vatican à Rome.
Amanda subit un tragique accident qui lui fait avorter sa deuxième grossesse. Pour payer ses frais médicaux, John Paul est contraint de vendre le Spectacle de dôme astrologique non vibrant, son œuvre artistique la plus prisée. Marx, en tant que narrateur, parle d’une perspective plus tardive pour présager que l’arrivée d’un mystérieux cadavre déclenchera bientôt des événements monumentaux. Dans le présent, Amanda et Marx sont sous garde fédérale. C’est dans cette perspective, en captif, que Marx raconte l’histoire.
L’histoire continue. Amanda et John Paul, apprenant que quelqu’un a tenté de voler un babouin du zoo de Seattle, décident de verser une caution pour le voleur potentiel. Le « voleur » s’avère n’être autre que Marx Marvelous, scientifique voyou et l’homme qui écrira l’histoire de John et Amanda. Après une courte interview, Marx est embauché pour diriger et gérer le zoo en bordure de route des Zillers. Marx pense que John et Amanda sont à l’avant-garde d’une nouvelle spiritualité qui finira par remplacer le christianisme.
John et Amanda continuent de recevoir des lettres de Plucky Purcell. Toujours déguisé en moine des Félicitateurs, Plucky est transféré au Vatican. Peu de temps après son arrivée, un grand tremblement de terre secoue la Cité du Vatican, ouvrant de longues voûtes scellées sous la ville. Voulant piller ces coffres, Plucky tombe sur quelque chose qu’il n’avait jamais prévu : le cadavre non ressuscité de Jésus-Christ. Plucky vole le cadavre et, en le déguisant en sculpture en plâtre, le ramène en Amérique, au zoo en bordure de route des Zillers.
Incapables de décider quoi faire du cadavre et réalisant que le gouvernement est à leurs trousses, John Paul et Plucky se sont enfuis avec le cadavre, laissant Amanda et Marx se demander où ils sont allés. Quelques jours plus tard, Marx et Amanda apprennent que Plucky a été tué alors qu’il aidait John Paul à monter à bord d’un ballon expérimental à destination de la haute atmosphère terrestre. Jean-Paul est présumé mort, le cadavre détruit, tous deux désintégrés par le rayonnement solaire. Marx conclut l’histoire en suggérant au lecteur de considérer Amanda comme un remplaçant messianique de Jésus.