Un grain de blé raconte les événements qui ont conduit à l’indépendance du Kenya, ou Uruhu, dans un village kenyan. Gikonyo et Mumbi sont de jeunes mariés amoureux lorsque Gikonyo est envoyé en détention. Lorsqu’il revient six ans plus tard, Mumbi a porté et mis au monde l’enfant de son rival. Au lieu de parler de leurs épreuves, un mur de colère les sépare. Le frère de Mumbi, Kihika, un héros local, est capturé et pendu, et ses camarades recherchent le traître. Mugo devient un héros en menant une grève de la faim en détention, et la ville veut qu’il devienne un leader politique. Mugo, cependant, lutte contre la culpabilité et avoue finalement qu’il a trahi Kihika.
Au début du roman, à l’approche de l’indépendance, plusieurs visiteurs se présentent à la porte de Mugo. Ils lui demandent de prendre la parole lors de la célébration d’Uruhu et de devenir un leader, et demandent également si Kihika a mentionné Karanja, un travailleur du gouvernement blanc soupçonné d’avoir trahi son ami, avant sa mort. Kihika, un combattant rebelle du village, a été capturé et pendu publiquement. Mugo nie savoir quoi que ce soit sur la mort de Kihika et dit qu’il pensera à faire le discours.
Gikonyo, l’un des hommes qui demande à Mugo de parler, sent sa vie s’effondrer après son retour des camps de détention. En tant que jeune homme, il est profondément amoureux de Mumbi et son rival est Karanja. Mumbi choisit Gikonyo et ils se marient. Gikonyo, un charpentier, est content, mais il est arrêté comme rebelle. Gikonyo passe six ans dans des camps de concentration, même après avoir confessé son serment au Mouvement, afin de rentrer chez lui. Il se sent coupable de ses aveux. Quand il rentre chez lui, cependant, sa femme a un enfant d’un autre homme, Karanja. Gikonyo refuse de parler de l’enfant ou de partager un lit avec sa femme, et se jette dans le travail dans sa détresse.
Pendant que Gikonyo est absent, la ville est punie. Les huttes sont brûlées et les gens sont obligés de reconstruire dans une zone confinée. Ils sont mis au travail forcé pour construire une tranchée autour de la ville, et ils n’ont pas de nourriture. Les gens sont battus, violés et affamés. Pendant ce temps, Mugo proteste contre un garde battant une femme dans une tranchée et est arrêté et emmené. Mumbi travaille dur et est fidèle à Gikonyo, bien qu’elle ne sache pas s’il est vivant ou mort. Elle découvre enfin que Gikonyo rentre à la maison et, dans un moment de faiblesse, permet à Karanja d’avoir des relations sexuelles avec elle. Ensuite, elle le rejette à nouveau et ne veut plus jamais le voir. Karanja a embrassé le gouvernement blanc pour accéder au pouvoir.
Pendant ce temps, Mugo lutte contre sa propre culpabilité. Avant la mort de Karanja, il espère avoir une vie tranquille, construire une maison, une entreprise et une famille. Un jour après avoir tiré sur un fonctionnaire du gouvernement, Karanja vient chez lui et lui demande de rejoindre le Mouvement. Mugo a peur que les rebelles ou le gouvernement ne le tue. Il livre Karanja au gouvernement, mais le regrette immédiatement.
Au camp de détention pour être intervenu dans le passage à tabac, Mugo affirme sincèrement n’avoir prêté aucun serment de rebelle. Personne ne le croit. Il est battu sans pitié et inspire une grève de la faim. Par la suite, les habitants de la ville le considèrent comme un héros, mais Mugo est poussé par sa conscience à avouer lors de la célébration d’Ururhu, puis est emmené par les anciens combattants de la liberté pour être puni. Lors de la célébration également, Gikonyo se casse le bras. A l’hôpital, il se rend compte qu’il a besoin d’ouvrir la communication avec Mumbi et qu’il veut reconstruire leur mariage.