Xenocide continue la série Speaker d’Orson Scott Card et est une digne suite du deuxième roman de la série, Speaker for the Dead. Plus de trois mille ans se sont écoulés sur Terre depuis les guerres entre humains et bougres décrites dans le premier roman, Ender’s Game. Après avoir été condamnés à la destruction de la planète par le Starways Congress, les humains de la planète coloniale brésilienne de Lusitania cherchent un moyen d’éviter leur destin et aussi de résoudre une foule d’autres problèmes auxquels ils sont confrontés, dont le virulent virus descolada qui infecte la planète entière et s’adapte en permanence pour détruire l’homme et sa fragile existence.
Heureusement pour les habitants de Lusitania, ils ont une puissante alliée nommée Jane, une entité vieille de plus de trois mille ans qui existe dans les réseaux informatiques et ansible (communication longue distance). Jane, a le pouvoir d’empêcher la flotte de détruire Lusitania mais, ce faisant, doit révéler sa présence au Congrès Starways qui est certain de riposter par sa destruction. Ce n’est que lorsque le Congrès donne l’ordre d’utiliser le dispositif de destruction massive sur Path que Jane rend réellement la flotte invisible en interceptant toutes ses communications entrantes et sortantes. Le Congrès ne tarde pas à solliciter l’aide de la planète Path dont les habitants croient que les dieux parlent à l’élite intellectuelle et sociale. Le Starways Congress se tourne vers le plus grand des Dieux, Han Fei-tzu, afin de trouver le coupable de la disparition de la flotte Lusitania.
Inévitablement, la fille de Han Gloriously Bright et sa femme de chambre secrète Si Wang-mu élucident le mystère de l’existence de Jane et, convaincue que Jane doit travailler contre les dieux, la fille de Han alerte le Congrès et met les roues en mouvement qui restaurent la flotte et détruiront Jane dans plusieurs mois. Dans un effort pour recruter Han et sa fille au point de vue lusitanien, Jane révèle des informations qui révèlent que le Congrès a perpétré des crimes indescriptibles contre les citoyens de Path. Elle retourne des preuves prouvant que le Congrès a apporté des modifications génétiques aux premiers colons de Path qui vivent dans leurs descendants. Selon ses informations, les divinités ont reçu des gènes qui causent un trouble obsessionnel compulsif, mais on leur a appris que leurs compulsions sont vraiment les dieux qui parlent. Ils sont également artificiellement améliorés pour être extraordinairement intelligents. Han Fei-tzu se rend compte que le Congrès a donné aux divinités leur intelligence afin de les servir et leur TOC afin de les contrôler. Han et sa fille ont une divergence d’opinion quant à savoir si le Congrès Starways sert les dieux et commencent à se séparer. Gloriously Bright passe ses journées à essayer d’honorer les dieux et de sauver l’honneur de son père maintenant qu’il a commencé à travailler contre le Congrès afin d’aider Jane à découvrir un moyen de se sauver et de sauver tous les habitants de Lusitania.
La direction de la colonie lusitanienne est sous une pression extrême. Inconnu de la plupart des colons, Ender a amené la reine de la ruche en Lusitanie afin de rétablir les bougres en tant qu’espèce. Désormais, non seulement les humains, mais aussi les bougres et les pequeninos (cochons) indigènes sont menacés d’anéantissement par la flotte Lusitania. Les bougres et les cochons s’allient bientôt pour survivre. Les cochons permettent aux bougres de s’installer sur leur planète et leur permettent de polluer afin de créer deux vaisseaux coloniaux, un pour chaque espèce. Les cochons et les bougres prévoient de quitter la planète avant la destruction de Lusitania. Tout en ne souhaitant pas de xénocide sur les bougres ou les cochons, les humains de Lusitania débattent pour savoir s’ils doivent ou non les laisser partir car ils détruiront inévitablement toute l’humanité en transportant le virus descolada avec eux dans d’autres mondes.
Le beau-fils d’Ender, Quim, part en mission dans la forêt dirigée par Warmaker, le plus belliqueux des pères cochons. S’étant converti à une version hérétique du christianisme, Warmaker est convaincu que les cochons sont les vrais enfants de Dieu et que la descolada est une incarnation du Saint-Esprit. Que les humains en soient détruits, soutient-il, est un signe qu’ils sont indignes aux yeux de Dieu. À son arrivée, Quim est emprisonné par Warmaker dans sa malle et privé de la nourriture qui aide les humains à résister au virus descolada. Pendant sept jours, Quim lutte vaillamment et débat de théologie avec Warmaker avant de succomber au virus. C’est la première fois depuis qu’un pacte a été conclu entre les cochons et les humains que la paix est rompue et les colons sont outrés que les cochons tuent un prêtre. Des émeutes éclatent dans la colonie et une forêt de cochons à proximité – totalement innocente de toute implication dans la mort de Quim – est incendiée. Human et Rooter, deux arbres-pères amicaux, font appel à la reine des bougres pour obtenir de l’aide. Elle met des sentinelles en place et une paix précaire est imposée aux humains et aux cochons. La femme d’Ender et la mère de Quim, Novinha, reproche à Ender de ne pas avoir arrêté Quim et le quitte.
Avec Jane agissant comme interface entre Han Fei-tzu, Wang-mu, Ender et plusieurs de ses beaux-enfants très instruits, le groupe de réflexion commence finalement à trouver des solutions aux dangers auxquels ils sont confrontés. En interrogeant la reine de la ruche sur la façon dont elle crée une nouvelle reine, Ender en apprend plus sur la technologie philotique et son rôle dans la naissance de Jane. Jane, découvre-t-il, a été créée par accident lorsque la reine de la ruche a tenté de le coopter à sa volonté en utilisant le réseau philotique. Cette révélation est une bonne nouvelle pour Jane qui ne sera pas complètement détruite lorsque le Congrès éteindra tous les ordinateurs ansibles afin de la tuer. L’autre implication pour le groupe d’Ender est qu’ils utilisent leur connaissance des philotes et les capacités spéciales de Jane pour développer un vaisseau qui peut voyager plus vite que la lumière en voyageant en dehors de l’espace connu, puis en rentrant à une destination souhaitée. Le test initial du vaisseau plus rapide que la lumière est réussi mais apporte des résultats surprenants. Miro, le beau-fils estropié d’Ender, se crée un corps guéri alors qu’il est « à l’extérieur » et Ender engendre un clone de son cruel frère Peter et une version angélique de 13 ans de sa sœur Valentine.
En discutant de la descolada avec la belle-fille d’Ender, Ela, Wang-mu pose des questions qui amènent Elanora et son associé piggy Planter à se rendre compte que la descolada doit avoir été conçue par des formes de vie inconnues afin de coloniser l’espace et de terraformer les planètes. Planter, inquiet que la conscience porcine ne soit simplement un effet de la descolada, se porte volontaire pour une expérience qui prouve que les cochons étaient et sont conscients sans la descolada. Malheureusement, l’expérience lui coûte la vie, car la descolada a adapté l’ADN du cochon pour qu’il dépende du virus. Une autre des belles-filles d’Ender, Quara, renonce à sa position obstinée d’essayer de respecter la descolada en tant que « raman » – une espèce extraterrestre avec laquelle les humains peuvent coexister pacifiquement – et donne les connaissances nécessaires pour créer une bactérie qui détruire la descolada et un virus, la recolada, pour la remplacer. La recolada permet toujours aux cochons de vivre comme ils l’ont toujours fait et est inoffensive pour l’homme. En guise de cadeau spécial pour l’aide de Han et Wang-mu, les xénobiologistes de Lusitania développent un autre virus pour Path, qui effacera le TOC du divin et étendra le bénéfice d’une intelligence accrue à la sous-classe de Path.
Alors que la flotte Lusitania se rapproche toujours de la planète à la fin du roman, les trois espèces ont désormais les moyens de quitter la planète avant son arrivée. Wang-mu rejoint les « enfants d’Ender » (Peter et Val, 13 ans) à la recherche de nouvelles planètes propices à la colonisation. Han et Gloriously Bright ne se réconcilient jamais, et elle finit par devenir folle, mais à toutes les apparences extérieures, elle continue de vivre sa vie dans une telle dévotion à la fois pour son père et les dieux qu’elle est finalement créée God of Path après sa mort. Novinha vient mener sa propre vie de dévotion, invitant Ender à rejoindre les Enfants de l’Esprit avec elle. Pas prêt à s’engager dans le strict précepte de l’Ordre d’abstinence dans le mariage, Ender promet de lui rendre visite tous les mois jusqu’à ce qu’il puisse se décider.