Vortex du Pacifique est un thriller qui s’ouvre avec le personnage principal, Dirk Pitt, allongé sur une magnifique plage hawaïenne. En regardant la mer, il aperçoit quelque chose qui brille dans les vagues. Il nage pour récupérer l’objet, qui s’avère être une capsule de communication d’un sous-marin nucléaire disparu. Il ouvre la capsule et lit le contenu, une section manquante de vingt-six pages du journal de bord du navire. Le capitaine, apparemment au bord de la folie, y raconte les étranges événements qui se déroulent dans le Pacific Vortex, une zone du Pacifique qui ressemble au Triangle des Bermudes avec d’étranges disparitions de navires.
Pitt, scientifique et aventurier, est plongé dans le monde des intrigues internationales avec les navires espions russes, les îles englouties, les assassins et l’espionnage. Après avoir livré la cartouche à l’amiral Hunter, plus tard dans la soirée, Pitt fait l’objet de sa première tentative d’assassinat aux mains de la charmante Summer Moran. Il ne se rend pas encore compte que les événements du bar de l’hôtel sont liés au bidon et au journal de bord du navire. Le sous-marin américain disparu, le Starbuck, effectuait un voyage d’essai lorsqu’elle a disparu. À bord se trouvent des ogives nucléaires.
Pitt, qui est scientifique pour la NUMA, National Underwater Marine Agency et major de l’Air Force, est affecté à la Marine à Pearl Harbor dans le but de retrouver le sous-marin disparu. Les ogives nucléaires pourraient tomber entre de mauvaises mains, provoquant une catastrophe internationale si le sous-marin manquant n’était pas retrouvé. Le journal de bord du capitaine indique que le navire a dévié de sa route pour enquêter sur un mystérieux brouillard, a transmis par radio ses dernières coordonnées et a fait référence à un mystérieux « ils ». Le Starbuck est entré dans une partie mystérieuse du Pacifique où de nombreux navires ont disparu sans laisser de trace dans la région de la légendaire île de Kanoli. Quelle est cette île mystérieuse ?
Tout ce que l’on sait, c’est que la légende raconte que l’île aurait mystérieusement coulé, sans laisser de trace. Avant que Pitt ne se présente au travail, il consulte un ami, George Papaaola, dans un musée sur le vortex du Pacifique et découvre Kanoli. Avant même qu’il puisse atteindre la base, il est suivi et abattu. Pitt survit à la deuxième de nombreuses tentatives d’assassinat. En arrivant à la base, il est informé de ce que la Marine sait des événements survenus dans le Pacific Vortex. Réalisant que les coordonnées envoyées par le Starbuck sont faux, ils partent en mission de recherche ce soir-là sur le Marthe Ann, un navire de sauvetage infiltré, pour fouiller une autre zone du Pacifique. Là, ils trouvent le sous-marin disparu, avec un membre d’équipage vivant, et commencent à résoudre le mystère du Pacific Vortex, le cimetière des navires disparus. Au fur et à mesure que l’histoire se déroule, il devient évident que le sous-marin manquant doit être retiré ou détruit. Ces missiles dotés de têtes nucléaires et dotés de la technologie avancée du Starbuck valent des millions s’ils tombent entre de mauvaises mains, ce qu’ils ont déjà. Situé au fond de l’océan dans les eaux internationales, le sous-marin nucléaire est une cible idéale pour toute opération de sauvetage, si les récupérateurs parviennent à survivre aux mystères du Vortex du Pacifique et de l’île disparue de Kanoli. Le roman arrive à une conclusion surprenante dans les grottes de l’île sous-marine où existe depuis plus de trente ans une organisation criminelle secrète composée d’assassins sous-marins et de voleurs internationaux, période pendant laquelle tant de navires ont connu leur étrange destin dans le Vortex du Pacifique.