Vortex du Pacifique est un thriller qui s’ouvre avec le personnage principal, Dirk Pitt, allongé sur une belle plage hawaïenne. Regardant la mer, il aperçoit quelque chose scintillant dans les vagues. Il nage pour récupérer l’objet, qui s’avère être une capsule de communication d’un sous-marin nucléaire manquant. Il ouvre la capsule et lit le contenu, une section manquante de vingt-six pages du journal de bord. Dans ce document, le capitaine, apparemment au bord de la folie, raconte les étranges événements dans le Pacific Vortex, une zone du Pacifique qui ressemble au Triangle des Bermudes avec une étrange disparition de navires.
Pitt, un scientifique et aventurier, est plongé dans le monde de l’intrigue internationale avec des navires d’espionnage russes, des îles englouties, des assassins et de l’espionnage. Après avoir livré la cartouche à l’amiral Hunter, plus tard dans la soirée, Pitt fait l’expérience d’être l’objet de sa première tentative d’assassinat aux mains de la charmante Summer Moran. Il ne réalise pas encore que les événements du bar de l’hôtel sont liés au bidon et au journal de bord. Le sous-marin américain manquant, le Starbuck, effectuait un voyage d’essai lorsqu’elle a disparu. À bord se trouvent des ogives nucléaires.
Pitt, qui est un scientifique de la NUMA, l’Agence nationale de la marine sous-marine et un major de l’armée de l’air, est affecté à la marine à Pearl Harbor dans le but de retrouver le sous-marin manquant. Les ogives nucléaires pourraient tomber entre de mauvaises mains et provoquer une catastrophe internationale si le sous-marin manquant n’est pas retrouvé. Le journal du capitaine indique que le navire a dévié de sa route pour enquêter sur un mystérieux brouillard, a communiqué par radio son dernier ensemble de coordonnées et a fait référence à un mystérieux « ils ». La Starbuck est entré dans une partie mystérieuse du Pacifique où de nombreux navires ont disparu sans laisser de trace dans la région de l’île légendaire de Kanoli. Quelle est cette île mystérieuse ?
Tout ce que l’on sait, c’est que la légende raconte que l’île vient de sombrer mystérieusement, sans laisser de trace. Avant que Pitt ne se présente au travail, il vérifie avec un ami, George Papaaola dans un musée sur le Pacific Vortex, et découvre Kanoli. Avant même qu’il puisse atteindre la base, il est suivi et abattu. Pitt survit à sa deuxième de nombreuses tentatives d’assassinat. Arrivé à la base, il est informé de ce que la Marine sait des événements dans le Pacific Vortex. Réalisant que les coordonnées envoyées par le Starbuck sont faux, ils sont partis en mission de recherche ce soir-là sur le Martha Ann, un navire de sauvetage sous couverture, pour fouiller une autre zone du Pacifique. Là, ils trouvent le sous-marin manquant, avec un membre d’équipage vivant, et commencent à résoudre le mystère du Pacific Vortex, le cimetière des navires disparus. Au fur et à mesure que l’histoire se déroule, il devient évident que le sous-marin manquant doit être retiré ou détruit. Ces missiles à ogives nucléaires et la technologie de pointe des Starbuck valent des millions s’ils tombent entre de mauvaises mains, ce qu’ils ont déjà. Situé au fond de l’océan dans les eaux internationales, le sous-marin nucléaire est un jeu équitable pour toute opération de sauvetage, si les sauveteurs peuvent survivre aux mystères du Pacific Vortex et de l’île manquante de Kanoli. Le roman arrive à une conclusion surprenante dans les grottes de l’île sous-marine où une organisation criminelle secrète d’assassins sous-marins et de voleurs internationaux existe depuis plus de trente ans, période au cours de laquelle tant de navires ont rencontré leur étrange destin dans le Pacific Vortex.