Vent noir s’ouvre dans un sous-marin japonais I-403 pendant la Seconde Guerre mondiale. Le capitaine du sous-marin prend à contrecœur un médecin et une charge utile secrète. Leur plan, apprend-il, est d’attaquer l’Amérique avec quelque chose appelé « Makaze », le vent maléfique. Une fois près des côtes américaines, cependant, un navire de guerre les détruit.
Plus de soixante ans plus tard, l’histoire s’ouvre sur les îles Aléoutiennes où plusieurs scientifiques et météorologues commencent à ressentir des symptômes de santé bizarres et meurent. Quelques instants avant que trois scientifiques ne soient sur le point de mourir, un homme en combinaison de plongée, aux yeux verts, surgit de l’eau. C’est Dirk Pitt, Jr., et il arrive juste à temps pour sauver les trois scientifiques, dont l’un est une belle femme.
Sur le continent, tout le monde est contrôlé et reçoit un bon état de santé. Cependant, des tests ultérieurs montrent que l’attaque était un empoisonnement au cyanure. Pitt enquête sur des cas d’empoisonnement au cyanure aux États-Unis et trouve un lien avec un sous-marin japonais qui a attaqué le sol américain pendant la Seconde Guerre mondiale. Un ami découvre que plusieurs sous-marins japonais ont été coulés près des côtes américaines, dont le I-403, qui transportait une mystérieuse charge utile.
Dirk trouve l’I-403 et découvre que la charge utile est du cyanure. Après plus de recherches, il apprend qu’il existe un autre sous-marin avec plus de bidons de poison, le I-411. Il monte à bord d’un navire NUMA, vérifie l’I-411 et trouve les bidons de poison intacts. Le vaisseau NUMA, cependant, est repris par un groupe de méchants. Pitt et sa sœur sont kidnappés et emmenés en Corée, où ils rencontrent le cerveau derrière plusieurs meurtres, Kang. Kang admet qu’il prévoit de tuer beaucoup de personnes avec un super-virus qu’il concocte à partir des virus et des produits chimiques prélevés dans les sous-marins. Après avoir révélé son plan, il envisage de tuer les frères et sœurs Pitt.
Dirk et Summer s’échappent, retournent en Amérique et révèlent le plan aux autorités. Avec l’aide de la NUMA, des garde-côtes et de la marine, la côte ouest est patrouillée à la recherche de tout navire japonais ou coréen entrant, mais ils ne trouvent rien de mortel.
Pendant ce temps, le groupe de Kang reprend une plate-forme flottante de lancement de fusée, et ils insèrent leur super-virus dans la fusée et prévoient de la lancer au-dessus de Los Angeles. Là, il fera des ravages immédiats, mais aura aussi un effet prolongé et terrible sur les États-Unis.
Dans un dirigeable, Dirk Pitt, Sr. remarque que l’ancienne plate-forme de forage pétrolier semble déplacée. Il apprend qu’ils ne sont pas censés être là. Pendant ce temps, son fils prend un prototype de carotteuse et essaie d’arrêter le lancement. Dirk Pitt Jr. échoue. Son père, cependant, atterrit dans le dirigeable, sauve son fils et les ingénieurs de lancement en mer, et ils partent dans le dirigeable. Dirk Pitt, Sr., apprenant que le lancement ne peut pas être arrêté, pénètre dans le prototype de carottage submersible et perce des trous dans les pontons de la plate-forme de lancement en mer, modifiant l’angle de la fusée lorsqu’elle décolle. Il éclabousse sans danger dans l’eau.
Pitt survit au chaos et refait surface dans le submersible. Il est ramassé dans le dirigeable par son fils, et ils poursuivent certains des hommes de main de Kang, les arrêtant. Ensuite, Dirk Pitt, Jr. accompagne une équipe SEAL en Corée, où ils attaquent la forteresse de Kang. Dirk Pitt, Jr. se retrouve face à face avec Kang. Il blesse le méchant et saute du yacht, avant qu’il ne s’écrase et n’explose. Puis, il retourne en Amérique où il rencontre la belle scientifique. Ils partent ensemble au coucher du soleil.