Le retour du parrain suit la vie de Don Michael Corleone, un jeune homme puissant à l’esprit machiavélique, qui a récemment pris en charge le syndicat du crime de son père. Avec son conseiller le plus proche, Tom Hagen, Michael a aidé son père à diriger l’entreprise familiale pendant des années. Mais maintenant, avec la mort de son père, il est seul, à la tête d’un empire agité. Les transitions de pouvoir ne sont pas toujours pacifiques ou réussies, et Michael se sent poussé à consolider le pouvoir de sa famille par tous les moyens nécessaires.
Michael a sa propre famille, avec sa femme Kay et ses deux enfants. Comme son père avant lui, Michael est déterminé à subvenir aux besoins de sa famille et à la protéger. Son rêve est de s’imposer comme un homme d’affaires légitime, afin que sa famille puisse sortir de l’ombre vers la lumière. Le plan à long terme de Michael pour y parvenir implique de nombreuses actions audacieuses et risquées, certaines légales, d’autres non. Alors que Michael commence à investir dans des stratagèmes légitimes comme la légalisation des jeux de hasard et de l’immobilier, il place simultanément un homme qui fera son offre à la Maison Blanche et conspire pour assassiner le président de Cuba afin d’y légaliser les casinos. Le père de Michael était américain capo di tutti capi, Boss de tous les Boss de la Mafia. Mais même son père n’a jamais joué pour des enjeux aussi élevés. Personne n’a avant.
Pris dans ses machinations se trouve son frère, Fredo Corleone, qui est le mouton noir de la famille, et finalement le maillon faible que Nick Geraci utilisera pour attaquer Michael. Geraci est un nouveau venu dans l’organisation de Michael sur lequel Michael, imprudemment, marche dans sa tentative de pouvoir. Geraci, un homme très similaire à Michael, devient le rival le plus redoutable du Don. Mais Michael n’a pas l’intention de laisser ses ennemis l’empêcher d’acquérir suffisamment de pouvoir pour contrôler à la fois la mafia et le gouvernement. Avec l’aide d’hommes talentueux comme Pete Clemenza et Tom Hagen, la plupart des plans de Michael réussissent. Mais il est prêt à tout sacrifier, y compris sa famille, pour réaliser ses rêves. À la fin du livre, Michael a bouclé la boucle. Ses tentatives de devenir légitimes ne l’ont fait que l’impliquer davantage dans le crime organisé. Le lecteur quitte l’histoire en réalisant que Michael aime la planification et les intrigues plus qu’il ne veut atteindre son objectif de devenir légitime. On se demande si Michael continuera à lutter contre son destin, ou si lui et son dernier frère survivant, Tom Hagen, assumeront leurs rôles dans l’héritage de Corleone.