Le perroquet de Flaubert raconte l’histoire de Geoffrey Braithwaite, un médecin anglais obsédé par Gustave Flaubert. Geoffrey déclare qu’il a trois histoires à raconter : celle de Flaubert, la sienne et celle de sa femme Ellen. Le roman est composé en partie de fiction et en partie de critique littéraire, car le livre retrace la recherche par Geoffrey des « faits » sur Flaubert et son œuvre. Geoffrey découvre que deux musées contenant des objets de Flaubert prétendent posséder le perroquet empaillé que Flaubert a autrefois emprunté au Muséum d’histoire naturelle. Geoffrey découvre, dans le dernier chapitre, que les musées choisissent chacun un perroquet parmi une collection de cinquante, sans savoir quel perroquet Flaubert avait réellement emprunté.
Dans sa recherche de Flaubert, Geoffrey découvre que le grand auteur était impliqué avec Juliet Herbert, bien qu’Ed Winterton ait détruit les preuves de leur liaison. Geoffrey apprend les vies que Flaubert n’a pas menées et les livres qu’il n’a pas écrits. Geoffrey plonge dans les critiques de Flaubert et ses travers. À travers la vie et l’œuvre de Flaubert, Geoffrey tente de donner un sens à sa propre vie.
L’obsession de Geoffrey pour Flaubert couvre sa propre blessure, sa confusion et sa douleur face à la mort de sa femme et à sa relation avec elle. Ellen, sa femme, a eu un certain nombre de liaisons pendant leur mariage et Geoffrey a des sentiments contradictoires à son sujet. Geoffrey essaie de décider s’ils étaient heureux ou malheureux dans leur mariage et si sa femme l’aimait vraiment ou non. Geoffrey est également tourmenté par le fait qu’il a coupé son assistance respiratoire, la tuant essentiellement, même s’il sait qu’il n’y avait aucun espoir pour elle.
Raconté dans une variété de formats différents, le roman remet en question nos hypothèses sur ce qu’est l’histoire et comment nous découvrons les faits de l’histoire. Pratiquement chaque chapitre offre une autre façon d’aborder les « faits » de l’histoire ou d’une personne, illustrant comment notre vision change avec le format et la perspective.