Le Pendule de Foucault est un roman qui suit les aventures de trois éditeurs de livres à Milan alors qu’ils tentent de percer le grand mystère des Templiers. Ils finissent par être aspirés dans un monde occulte souterrain de secrets et de magie où le plan qu’ils ont développé devient plus puissant qu’ils n’auraient jamais pu l’imaginer.
Le roman commence avec le personnage principal et narrateur, Casaubon, qui se cache au Conservatoire des Arts et Métiers de Paris pour tenter de retrouver son ami kidnappé Belbo. Il y a des années, alors que Casaubon est encore étudiant à Milan, Belbo et Casaubon parlent à un colonel Ardenti, un ex-fasciste et fanatique des Templiers, qui prétend avoir un message secret des Templiers. Casaubon, à l’époque, travaille sur une thèse sur les Templiers alors Belbo le consulte sur le document d’Ardenti. Prenant initialement le colonel pour un fou, les deux hommes sont intrigués une fois qu’ils apprennent qu’Ardenti a apparemment été assassiné.
Les années passent et Casaubon, maintenant diplômé et enseignant au Brésil, rencontre un homme mystérieux nommé Aglie qui prétend être l’immortel Comte de Saint-Germain. Casaubon se lie d’amitié avec Aglie et se présente à nouveau au mystérieux gentleman une fois qu’il a déménagé à Milan. De retour à Milan, Casaubon rencontre à nouveau Belbo qui lui raconte d’étranges coïncidences liées au message templier d’Ardenti. Intrigués, Casaubon et Belbo recommencent à enquêter sur les Templiers et l’occulte. Casaubon est embauché pour travailler avec Belbo chez Garamond press en tant que chercheur.
Belbo et Casaubon conçoivent une façon ingénieuse de passer leur temps libre à Garamond qui consiste à alimenter des morceaux de manuscrits soumis à la presse sur des sujets occultes dans l’ordinateur de Belbo, Abulafia, et à essayer d’interpréter les résultats. Ce jeu conduit à la création du Plan, ce que Belbo et Casaubon appellent leur explication du texte qui sort d’Abulafia. Le Plan finit par devenir une histoire occulte complète du monde qui prétend que les Templiers, sous leurs formes les plus modernes, complotent pour conquérir le monde en exploitant la puissance des courants telluriques souterrains. Entre-temps, Aglie a été embauchée comme consultante chez Garamond Press pour une série de livres sur l’occultisme.
Belbo devient absorbé par le plan, y consacrant tout son temps. Dans un accès de jalousie parce qu’il croit qu’Aglie est une rivale amoureuse, Belbo raconte tout le plan à Aglie et prétend détenir la carte secrète des Templiers qui permettra à son détenteur de prendre le contrôle des courants telluriques. Aglie, apparemment le chef d’une société secrète qui lui est propre, qualifie Belbo de terroriste et l’oblige à se rendre à Paris où Aglie le kidnappe. Casaubon, témoin du meurtre de Belbo dans le musée où Belbo est pendu au Pendule parce qu’il refuse de donner l’emplacement de la carte inexistante. Casaubon s’échappe du musée et retourne en Italie. Il se rend dans la maison d’enfance de Belbo où il croit qu’il sera tué par la société secrète d’Aglie.