Musashi, connu au début de l’histoire sous le nom de Takezo, et Matahachi, amis du même village qui avaient rejoint l’armée ensemble, se réveillent sur le champ de bataille pour se rendre compte qu’ils font partie des rares survivants. Tous deux sont blessés et craignent d’être capturés. Lorsqu’ils trouvent une petite ferme, ils demandent de l’aide et une femme nommée Oko leur permet de dormir dans le bûcher. Sa fille, Akemi, leur apporte des médicaments et de la nourriture et ils découvrent qu’elle est la fille du champ de bataille et qu’elle volait des cadavres sur ordre de sa mère. Guéris, les deux décident de partir mais Musashi se réveille et découvre que Matahachi est parti avec Oko et Akemi. Matahachi vit des deux pendant un certain temps alors qu’ils dirigent une maison de thé. Son échec à retourner dans son propre village incite sa mère, Osugi, à haïr Musashi et à jurer qu’elle le tuera. Musashi est brièvement capturé par l’armée adverse mais l’ancienne fiancée de Matahachi, Otsu, l’aide à s’échapper. Il se sépare bientôt d’elle, déterminé à suivre la voie de l’épée.
Les deux hommes vivent de nombreuses aventures et leurs chemins se croisent à plusieurs reprises au cours des années à venir. Otsu se fait des amis partout où elle va et gagne de nombreux admirateurs, mais son cœur appartient toujours à Musashi. Musashi rencontre un jeune homme nommé Jo et l’accueille comme étudiant. Jo rencontre finalement son propre père et le couple reprend le chemin des samouraïs. Musashi accueille plus tard un autre étudiant, celui-ci nommé Iori. En vérité, Iori est le frère cadet d’Otsu, même si Otsu a été abandonnée par ses parents bien avant la naissance d’Iori. Iori, ayant appris l’identité de sa sœur, est frustré de son incapacité à la rattraper ou à retourner auprès de son professeur, Musashi.
Matahachi se rend finalement compte qu’il doit prendre le contrôle de sa vie et quitte un jour la maison d’Oko pour commencer sa propre vie. Il travaille comme ouvrier jusqu’à ce qu’il assiste au meurtre d’un jeune homme. Prenant les biens de l’homme, il trouve un certificat d’un professeur d’arts martiaux et de l’or. Il entreprend de restituer l’argent mais dépense bientôt l’argent en cours de route, prenant brièvement l’identité sur le certificat pour découvrir plus tard que le certificat n’appartenait pas à l’homme tué après tout. Ce guerrier, Kojiro, est bel et bien vivant et rencontre Matahachi tandis que Matahachi utilise son nom. Matahachi s’installe avec Akemi pour élever leur enfant et les trois sont au combat final entre Musashi et Kojiro.
Musashi passe sa vie à la recherche de la « Voie de l’épée » et se retrouve toujours en manque alors qu’il continue de chercher des réponses. Pendant ce temps, Kojiro s’est vendu comme serviteur et sa cruauté naturelle est rarement maîtrisée. La bataille finale entre les deux – qui a duré des années – est brève, avec Musashi le vainqueur.