Messie des dunes de Frank Herbert poursuit le drame cosmique de Dune, prenant l’action dans la douzième année frustrante du règne de l’empereur Paul Atréides. Il s’ensuit un complot de trahison qui ne parvient pas à le renverser mais le laisse aveugle physiquement et psychiquement, marchant dans le désert et l’immortalité intemporelle en tant que « Muad’dib ».
Messie des dunes s’ouvre sur une bande de conspirateurs complotant contre l’empereur Paul Atréides dans la douzième année de son règne. La révérende mère Gaius Helen Mohiam, une danseuse faciale Tleilaxu nommée Scytale et un chef de guilde nommé Edric travaillent pour gagner la femme de Paul, la princesse Irulan, à qui l’empereur retient un enfant en faveur de sa concubine Fremen bien-aimée, Chani. L’enjeu est la préservation d’un patrimoine génétique que la fraternité Bene Gesserit cultive depuis longtemps.
Scytale prend l’apparence de l’ami de Paul mort depuis longtemps, Duncan Idaho, pour pomper un vétéran pour obtenir des informations sur Paul’s Keep (forteresse / palais), puis assassine traîtreusement le vétéran et son fils aveugle, et s’enfuit avec la future fiancée du fils , dont les restes se retrouvent plus tard dans le désert. Pendant ce temps, lors d’une réunion du Conseil Impérial, Chani doute qu’elle puisse fournir un héritier et suggère qu’Irulan soit autorisé à le faire, mais Paul proteste qu’Irulan est trop fidèle à la Sororité. Alia, visionnaire depuis qu’elle a subi la crise de « l’Eau de Vie » in utero, partage l’agonie de Paul face au Jihad sanglant. Le répugnant Korba le Panégyriste représente les Qizarate, administrateurs du Jihad, au Conseil.
La guilde d’espacement insinue Edric dans la cour en le nommant ambassadeur, et Edric présente à Paul un « ghola », Hayt, la chair réanimée de son défunt ami, Idaho. Paul accepte et utilise Hayt avec prudence. Du navire qui amène Edric, Paul saisit et emprisonne Mohiam, l’ancien professeur d’Irulan. Quand Irulan rapporte tardivement que Chani est enceinte, Mohiam lui ordonne d’assassiner ou d’avorter le bébé de Chani et de trouver un moyen de réunir les frères et sœurs Atreides. Le programme génétique doit être remis sur les rails. Alia sent sa sexualité naissante s’aiguiser, mais l’homme de son destin reste caché jusqu’à ce qu’elle soit jetée avec le ghola en mission pour examiner un corps retrouvé dans le désert. Alia et son pilote, au cours d’un long duel verbal – et d’un baiser – se retrouvent rapprochés. Paul prend une dose massive d’épice pour éclaircir sa vision brouillée, prévoit la mort de Chani en couches et convoque Mohiam, non pas pour l’exécuter comme elle le craint, mais pour proposer un compromis : Chani portera son héritier, mais Irulan pourrait être inséminée artificiellement pour préserver ses gènes. L’amour intense de Paul pour Chani suggère un effet de levier, que le complot peut exploiter.
Chani apprend la trahison d’Irulan en lui donnant des contraceptifs pendant des années et demande à se venger, mais permet à Paul de la calmer. L’Idaho continue de lutter pour surmonter sa programmation ghola, et Paul joue au chat et à la souris avec Scytale, qui a pris son déguisement le plus parfait, la fille Fremen tuée, Lichna. Paul joue le jeu, enfilant un déguisement pour rendre visite à son père, Otheym, qui donne à Paul son nain mentat nerveux et bourré de données, Bijaz. Peu de temps après leur départ, une explosion atomique consume le quartier, laissant Paul et d’innombrables autres sans yeux. Ses autres sens s’adaptent et coopèrent avec la prescience pour lui donner une vision parfaite qui étonne tous ceux qui la voient en action. Korba est jugé, où il révèle l’implication de l’establishment religieux. Hayt est envoyé pour interroger Bijaz, qui le met en transe et administre un « déclencheur » verbal pour une agression contre Paul. Après que Hayt ait aidé Alia à surmonter une énorme overdose d’épices, ils tombent amoureux.
Dans le désert, comme Paul l’avait prévu, Chani enfante et meurt. L’humanité de l’Idaho l’emporte sur le conditionnement Tleilaxu, et il aide Paul à résister à l’abdication en échange de la restauration de Chani. Scytale et Bijaz sont tués. Paul s’arrange pour qu’un Irulan repentant prenne soin de ses jumeaux, suggère que les traîtres ne soient pas exécutés, confie le gouvernement à Alia (qui exécute rapidement les traîtres), et marche, aveugle, mais libre, dans le désert – et dans l’immortalité intemporelle comme le Muad’dib. Idaho est uni à une Alia amère et en deuil.