« The Lost Hero » est une histoire se déroulant dans l’univers de Percy Jackson, dans laquelle trois héros partent en quête pour sauver la déesse Héra, qui a été capturée par une race de géants. Sur le chemin, ils font face à de nombreux dangers de la mythologie grecque, notamment la sorcière Médée, le roi Midas, qui peut transformer n’importe quoi en or, et des géants borgnes mangeurs d’hommes appelés Cyclopes. Jason se débat avec ses souvenirs perdus, réalisant finalement qu’il fait partie d’un échange avec un camp romain de demi-dieux, dans une tentative de réunir les deux parties rivales dans l’amitié.
Jason se réveille dans un bus scolaire incapable de se souvenir de quoi que ce soit de sa vie ou de qui il est. Une fille appelée Piper pense qu’il est son petit ami et Leo pense qu’il est son ami, mais leur professeur, Coach Hedge, ne reconnaît pas Jason. Pendant qu’ils sont au Grand Canyon, des esprits de la tempête attaquent et Jason riposte avec une arme magique en or. L’entraîneur Hedge révèle qu’il est un satyre, mais est capturé par les esprits de la tempête alors qu’ils se retirent. Un char tiré par des chevaux ailés arrive pour ramener les enfants au Camp Half Blood.
En chemin, un demi-dieu appelé Annabeth explique qu’ils sont tous les enfants des dieux grecs et sont donc des héros. Elle leur dit que Camp Half Blood est un endroit pour des gens comme eux, où ils peuvent s’entraîner et être protégés. À leur arrivée, Annabeth envoie Jason directement à Chiron, leur directeur de camp. Leo est revendiqué comme le fils d’Héphaïstos. Annabeth fait visiter le camp à Piper et explique que sa relation avec Jason n’a jamais été réelle.
Chiron sait clairement qui est Jason, mais ne révélera pas ses informations. Il semble penser que la présence de Jason là-bas est dangereuse. Jason a une vision de la déesse Héra, qui lui dit qu’elle a été capturée et qu’elle doit être sauvée. Autour du feu de camp, Jason montre au camp ses pouvoirs sur la foudre et ils concluent qu’il est un fils de Zeus. Il décide d’emmener Leo et Piper avec lui dans sa quête. Piper est revendiqué par Aphrodite.
Leo parvient à réparer le dragon mécanique qui se détraque dans le camp. Ils l’utilisent pour s’envoler vers le Canada pour demander à Borée, le vent du nord, quoi faire. Il leur dit d’aller à Chicago pour récupérer les esprits de la tempête, qu’ils pourront ensuite apporter à Éole, seigneur des vents, en guise d’offrande de paix. Alors qu’ils volent vers Chicago, Festus s’écrase dans une usine de moteurs et ils sont attaqués par des Cyclopes. Ils parviennent à s’enfuir grâce aux pouvoirs de Leo sur le feu. À Chicago, ils se heurtent à Medea, une sorcière maléfique au pouvoir de charmer. Ils la combattent et parviennent à s’échapper avec les esprits de la tempête et Coach Hedge. Cependant, Festus s’écrase à nouveau dans le jardin du roi Midas. Festus est détruit. Le roi Midas transforme Leo et Piper en statues d’or et tente de tuer Jason, mais Jason utilise ses pouvoirs de foudre pour le vaincre et ramène ses amis à la normale. Après le roi Midas, les héros affrontent un loup-garou appelé Lycaon et sa meute de loups, mais ils sont sauvés par les chasseurs d’Artémis. Jason retrouve sa sœur Thalia.
Ils atteignent le palais d’Éole, mais bien qu’Éole soit amical au début, il change d’avis et envoie des esprits de tempête pour les tuer. Ils sont sauvés par une aura amicale appelée Mellie, qui amortit leur chute alors que les esprits de la tempête les emportent. Ils atterrissent en Californie. Ils décident d’essayer de sauver le père de Piper du géant qui l’a capturé. Ils combattent le géant et ses sbires et parviennent à sauver le père de Piper. Ils reçoivent un message de Thalia. Elle a trouvé Hera mais est attaquée. Ils se dépêchent de la rejoindre et sont bientôt pris dans la bataille finale.
Pendant que Jason combat le roi des géants, Piper et Leo travaillent ensemble pour libérer Hera de sa cage. Lorsqu’elle est libérée, le roi géant se retire dans la terre. Hera détruit les ennemis restants, mais frappe accidentellement Jason dans l’explosion. Piper parvient à faire revivre Jason et Hera les renvoie au Camp Half Blood.
Au Camp Half Blood, ils discutent de la principale menace ainsi que du mystère de qui est vraiment Jason. Leur principal ennemi est Gaia, la déesse primordiale de la Terre et mère des géants. Elle veut renverser les dieux. C’est elle qui a envoyé tous les ennemis contre eux. Jason est en fait l’un des demi-dieux du camp romain. Ce sont des héros qui sont nés lorsque leur parent pieux était sous sa forme romaine. Les Romains sont les ennemis des Grecs, mais ils devront travailler ensemble pour vaincre Gaia. Hera a effectué un échange; Percy Jackson a été envoyé au camp romain et n’a aucun souvenir non plus. Hera espère qu’ils apprendront à s’accepter afin de pouvoir travailler ensemble en tant qu’alliés.