Harlot’s Ghost est un roman traitant de la carrière de Harry Hubbard à la Central Intelligence Agency ou à la CIA. Sautant dans le temps, le roman traite principalement du jeune âge adulte de Harry travaillant dans l’espionnage à travers le monde, en particulier à Washington DC, à Berlin, en Allemagne, en Uruguay et à Miami.
Harlot’s Ghost est divisé en deux versions de l’autobiographie de Harry, l’Alpha et l’Omega, du nom de son cousin et plus tard épouse, les théories de Kittredge sur l’esprit humain. Le roman commence par le manuscrit Omega, qui décrit une soirée où Harry rentre chez lui avec sa femme Kittredge après un voyage pour voir sa maîtresse pour découvrir que son mentor et le premier mari de Kittredge, Harlot, est décédé. Il est difficile de dire si la mort était un accident ou un meurtre, ostensiblement orchestré par la CIA. Après une discussion avec un de ses collègues, Harry revient vers Kittredge, qui lui annonce qu’elle le quitte pour un autre agent de la CIA.
Le roman se tourne ensuite vers Harry voyageant en Russie plus tard, relisant son autre autobiographie, Alpha, avec un titre provisoire de The Game. Ce manuscrit commence par décrire les débuts de Harry en tant qu’enfant timide sous le contrôle de son père, Cal, qui est un agent de la CIA, et sa présentation à son parrain Hugh Montague, également connu sous le nom de Harlot, qui est dans la CIA. Il évoque ensuite sa carrière de premier cycle à l’Université de Yale, sa formation à la CIA et ses débuts à l’agence dans les années 1950 et au début des années 1960. La première mission de Harry après la formation est dans la salle d’archivage des documents au siège de la CIA, où il commet par inadvertance une erreur qui bouleverse gravement le chef de la station.
A Berlin, où il travaille sous ce même chef de station, un homme autoritaire appelé Bill Harvey, qui ne réalise pas qui est Harry. Harvey est obsédé par la construction d’un tunnel pour suivre les informations soviétiques de l’ouest à l’est de Berlin. Il est également obsédé par l’idée de savoir qui a commis l’erreur dans la salle des documents. Lorsqu’il commence à soupçonner Harry, Harlot fait changer la mission de Harry et il retourne brièvement à Washington, puis en Uruguay, où il travaille sur des missions plus anticommunistes.
Après l’Uruguay, Harry est transféré à Miami pour travailler au renversement de Cuba. À ce stade, il rend compte à Cal et Harlot ainsi qu’à son chef de station, car ils travaillent tous pour faire tomber Castro de différentes manières. À ce moment, Harry s’implique avec une fille appelée Modene, avec qui il doit coucher pour son travail, et qui sort également avec Frank Sinatra, un gangster appelé Sam Giacana, et John F. Kennedy, Jr. En même temps , Harry travaille toujours sur diverses tactiques pour renverser le régime de Castro, y compris des implications dans la baie des cochons et la crise des missiles cubains. Finalement, la Baie des Cochons échoue, Kennedy réussit à détourner la crise des missiles cubains, Modene et Harry se séparent et la relation de Harry avec Kittredge s’approfondit à travers leur correspondance.
À la fin du livre, Harry travaille avec son père, ayant finalement répondu à ses attentes, et va même virer son ancien patron, Bill Harvey. Il a réussi à l’Agence, dans une certaine mesure. Cependant, le livre se termine avec lui à Moscou, à la recherche de Harlot après la mort supposée de Harlot dans le bateau, convaincu que son ancien mentor est toujours quelque part. Le livre se termine par la phrase « To Be Continued », bien qu’il ne l’ait jamais été.