The Subtle Knife est le deuxième livre de la série en trois volumes His Dark Materials et continue l’histoire du conflit entre l’Autorité, personnifiée par l’Église, qui exige l’humilité et la soumission de toutes les créatures et de ceux qui se rebellent contre le contrôle de l’Autorité. Ce livre présente le personnage de Will Parry, un garçon de douze ans qui tombe par hasard dans un autre monde. Will rejoint Lyra, le protagoniste du premier livre de la trilogie, et même s’ils ont des buts et des objectifs différents au début, ils découvrent qu’ils font tous les deux partie intégrante de la même bataille.
Le livre commence par les efforts de Will Parry pour protéger sa mère vulnérable et mentalement instable de deux hommes qui les harcèlent à plusieurs reprises, exigeant des informations sur le père disparu de Will, l’explorateur artistique John Parry. En essayant de fuir les voleurs après avoir trouvé les lettres de son père, Will cause accidentellement la mort de l’un des voleurs. Will trouve refuge dans un autre monde et rencontre Lyra qui cherche des réponses sur la poussière, un matériau qui pourrait être à l’origine de la conscience humaine.
La sorcière Serafina Pekkala, la sauveuse de Lyra d’une expérience cruelle visant à séparer les enfants de leurs démons, recherche Lyra. Serafina a connu Lyra grâce à des aventures en compagnie du roi des ours Iorek Byrnison. Lee Scoresby, l’aéronaute texan, recherche également Lyra pour la protéger du mal que tant de gens entendent faire à la jeune fille.
Will et Lyra sont tombés sur Cittàgazze, peuplé uniquement de bandes d’enfants itinérants, dont deux ont un secret sur la Torre degli Angelica, la tour de quatre étages au milieu de la ville. Lyra montre à Will son aléthiomètre, un appareil semblable à une boussole qui est toujours véridique. Le couple retourne à Oxford, Lyra pour chercher un érudit qui peut répondre à ses questions sur Dust, et Will pour trouver des informations sur son père. À Oxford, Sir Charles, un homme plus âgé, manifestement important et influent, repère Lyra dans un musée en train de lire l’aléthiomètre. Il essaie d’engager une conversation, mais Lyra est évasive et continue à trouver le Dr Mary Malone, une scientifique qui travaille avec ce qu’elle appelle Shadows.
Will et Lyra retournent à Oxford et Sir Charles vole l’aléthiomètre. Il ne le rendra qu’en échange d’un couteau à Cittàgazze. Will et Lyra retournent à Cittàgazze où ils doivent se battre pour le couteau, qui a été volé à son véritable tuteur par le frère aîné de certains des enfants. Will perd deux doigts de sa main gauche dans le combat.
Will et Lyra volent l’aléthiomètre à Sir Charles – ce qui n’est pas un mince exploit étant donné que Sir Charles reçoit la visite de Mme Coulter et que Lyra le reconnaît enfin comme Lord Boreal de son monde. Il a toujours su qui elle était.
Lee Scoresby trouve Grumman et lui fait promettre de protéger Lyra. De retour à Oxford, le Dr Mary Malone quitte le projet, contacte les Shadows, détruit l’équipement de l’expérience et entre dans le monde de Cittàgazze.
Lee et Grumman sont parcourus par des soldats de l’Église et ils s’écrasent dans un ravin. Grumman fait ce qu’il peut avec sa magie pour tuer les soldats, mais il reste un zeppelin et Grumman ne va pas bien. Lee décide de rester et de retenir les soldats pendant que Grumman entre en contact avec le porteur du couteau, à condition que le couteau protège Lyra. Grumman est capable de partir, mais Lee et son démon Hester sont tués.
Dans le dernier chapitre, Mme Coulter découvre pourquoi Lyra est importante : la fille doit être la nouvelle Eve, et Mme Coulter sait que sa propre fille doit mourir pour empêcher l’humanité de tomber. Elle tue Sir Charles / Lord Boreal et envoie les Spectres sous son contrôle pour attaquer Will et Lyra. Will et Grumman se retrouvent face à face et Grumman dit à Will tout ce qu’il doit savoir sur le couteau et sur son propre destin, et l’exhorte à rejoindre Lord Asriel. Ils réalisent qu’ils sont père et fils, mais n’ont qu’un instant avant que Grumman ne soit tué par une sorcière. Will retourne à Lyra, mais découvre que ses gardes de sorcières ont été détruits par les Spectres et que Lyra est partie. Deux anges apparaissent et exhortent Will à se rendre immédiatement auprès de Lord Asriel. Will est laissé à un point où il doit prendre une décision.