Eva Luna est l’histoire du personnage principal, Eva Luna et des personnes et événements de sa vie qui la façonnent. Née d’un domestique dans un pays d’Amérique du Sud, Eva mène une vie variée, parfois excitante, parfois effrayante, mais elle ne laisse jamais l’adversité l’abattre. Eva s’efforce de persévérer et finit par trouver le bonheur qui échappe à tant de ses connaissances au fil des ans.
Eva est la fille de Consuelo, une femme sauvée par des missionnaires dans les jungles d’Amérique du Sud. Eva est conçue lorsque le jardinier de l’employeur de Consuelo est mordu par un serpent et que Consuelo essaie de l’aider. Les deux finissent par faire l’amour et quand le jardinier se remet, il part. Consuelo n’est pas amère, ayant enfin connu l’amour. Donnant naissance à sa fille seule dans sa chambre, Consuelo est finalement aidée par la cuisinière, qui devient la madrina, ou marraine, d’Eva Luna. La vie de la jeune fille est remplie d’amour et d’aventure, grandissant dans la maison du professeur Jones, entourée de belles choses et des momies que le professeur crée. Consuelo crée des contes pour sa fille sur les momies afin qu’elle n’ait pas peur. C’est le premier avant-goût de la fiction pour Eva, quelque chose qui la portera à travers la vie.
La mort tragique de Consuelo, suivie de la mort du professeur, change la vie d’Eva. Comme sa madrina ne peut pas s’occuper d’elle, une maison où Eva peut travailler est trouvée. Eva continue de s’épanouir dans la maison de sa première patronne et mécène, un frère et une sœur. Là, Eva rencontre Elvira, la cuisinière, et les deux forment un lien fort, l’un comme grand-mère et petite-fille. Eva est assez heureuse, même si elle a du mal à trouver sa place dans la vie. Au cours d’une explosion, Eva se retrouve en difficulté avec sa patronne et s’enfuit. Dans les rues de la ville, Eva rencontre Huberto Naranjo, un jeune garçon qui sera très important dans la vie d’Eva.
La madrina d’Eva se retrouve en difficulté, ce qui finit par faire perdre son emploi à Eva. Se déplaçant de maison en maison, Eva rencontre de nombreuses personnes, certaines qui n’auront qu’un impact passager sur sa vie et d’autres qui seront plus importantes à l’avenir. Après avoir atteint un point de rupture avec un employeur, Eva s’enfuit à nouveau, retrouvant à nouveau Huberto. Le garçon, maintenant un jeune homme, aide Eva, lui trouvant un endroit où rester et lui donnant un sens de la famille pendant une brève période. Les troubles et la corruption dans le pays mettent fin aux choses pour Eva, qui perd ses amis et tout sentiment de sécurité. Le destin amène Eva à Riad Halabi, un homme gentil avec une fente labiale qui emmène Eva dans son village lointain dans les montagnes et traite sa vie de famille.
Eva s’épanouit à Agua Santa, aidant Riad dans son magasin et s’occupant de sa femme, la gâtée Zulema. Apprenant à lire et devenant une jeune femme, Eva est heureuse, mais assiste au début de la fin lorsque Zulema trahit son mari puis tombe dans la dépression. Eva est blâmée pour la mort de Zulema et est forcée de quitter son village bien-aimé, mais pas avant d’avoir fait l’amour avec le seul homme qui a montré sa gentillesse.
De retour au Capitole, Eva retrouve son amie Mimi, autrefois Melesio. Mimi est une transsexuelle qu’Eva avait connue dans sa jeunesse. Mimi avait été prisonnière à la prison de Santa Maria pendant un certain temps, mais vit maintenant heureuse avec une renommée croissante en tant qu’actrice. Les deux vivent dans la capitale quand Eva rencontre à nouveau Huberto, désormais guérillero. Eva tombe à nouveau amoureuse d’Huberto et l’aide alors qu’il essaie de changer le gouvernement. Par l’intermédiaire d’Huberto, Eva rencontre Rolf Carle, un journaliste qui réalise un documentaire sur la guérilla et sa lutte contre l’oppression. Alors qu’Eva assiste Rolf avec les connaissances qu’elle a acquises au fil des ans, elle tombe amoureuse de lui et lui d’elle. Les deux ont vécu des vies similaires d’enfance instable et de difficultés, et ont trouvé leur correspondance l’un dans l’autre.