La version suivante de ce livre a été utilisée pour créer le guide : McCarthy, Kevin. Loups d’Eden. WW Norton & Company, Inc., 2019.
Wolves of Eden est divisé en 49 chapitres répartis sur trois grandes sections, chacune commençant par un extrait d’une autre œuvre littéraire. Le roman se déroule en 1866 au lendemain de la guerre civile américaine. L’action est divisée entre deux ou plusieurs récits, généralement soit à la suite du capitaine Molloy et du sergent Kohn alors qu’ils enquêtent sur un triple meurtre, soit à la suite de Michael O’Driscoll alors qu’il écrit un récit de prison des plusieurs mois menant au présent. Le cadre principal du roman est Fort Phil Kearny dans le territoire du Dakota, bien que des événements aient lieu à divers endroits sur le sentier Bozeman.
Au cours de la première partie du roman, le capitaine Molloy se réveille d’une stupeur ivre pour assister à une réunion avec son officier supérieur, le général Cooke. Cooke lui dit de se rendre à Fort Phil Kearny pour enquêter sur un triple meurtre. En retour, Molloy peut avoir son choix de régiment à rejoindre. Molloy, son ordonnance Daniel Kohn, un éclaireur Pawnee nommé Jonathan et un soldat nommé Rawson se sont tous lancés sur la piste. En chemin, ils rencontrent un train de wagons de mennonites tourmentés par des Indiens Sioux et chassent les Indiens. Les mennonites refusent cependant de les aider en retour, affirmant qu’ils sont pacifistes et ne peuvent pas aider les soldats. Kohn leur conseille de faire demi-tour, car ils ne feront pas leur destination avec leur bétail manquant à l’attaque indienne.
Cette nuit-là, Kohn entend un coup de feu provenant du camp mennonite et réveille Molloy. Molloy, après avoir bu, tente de monter à cheval mais tombe, se brisant la jambe. Kohn assure que les mennonites sont sains et saufs avant de retourner à Molloy, et Jonathan fait un cataplasme pour la blessure avant de mettre l’os. Le reste de leur voyage à Fort Phil Kearny prend six jours car la civière de Molloy ralentit leur progression.
Intercalé avec le récit de Molloy se trouve le récit de Michael sur son passé et celui de son frère menant au triple meurtre dont il est accusé. Il commence par raconter que lui et son frère ont travaillé comme ouvriers agricoles après la guerre civile, mais n’ont pas pu trouver de travail stable parce que les agriculteurs préféraient embaucher des ouvriers noirs qu’ils pouvaient payer moins. Après un certain temps à essayer de trouver du travail, les frères décident de se réengager dans l’armée. Ils choisissent de prendre le nom d’O’Driscoll cette fois-ci afin d’échapper à un incident passé dans l’armée. Tom avait pris une balle de mousquet dans la bouche lors d’une bataille à Chickamauga, et pendant que Michael s’occupait de lui, ils ont tous deux été presque arrêtés pour désertion jusqu’à ce que Molloy intervienne et les libère. Les frères O’Driscoll nouvellement nommés rencontrent d’abord le sutler, qui devient plus tard victime d’un meurtre et fait l’objet d’une enquête, alors qu’il tente de leur vendre deux fois les provisions dont ils ont besoin pour partager les bénéfices avec un sergent nommé Nevin. Ils refusent tous les deux et parviennent à se mettre du bon côté de Nevin bien qu’ils aient échappé à son stratagème.
Alors que Molloy guérit dans la caserne de l’hôpital de Fort Phil Kearny, Kohn reprend lui-même l’enquête sur le triple meurtre. Il découvre rapidement qu’une prostituée amérindienne nommée Sarah était présente la nuit des meurtres, et découvre également l’existence d’une série de livres de grand livre appartenant au défunt sutler contenant les dettes que lui devaient les soldats autour du fort. Kohn va rendre visite à l’officier en chef du fort, nommé colonel Carrington, pour obtenir la permission de continuer, puis se rend dans les quartiers de Carrington afin de parler à Sarah qui travaille maintenant pour la femme de Carrington comme femme de chambre. Il apprend peu d’elle, cependant, et un jour est visité pendant son sommeil par deux soldats anonymes qui lui disent que les registres sont en possession du forgeron du fort, nommé Ezekiel Sweetman.
Pendant ce temps, le récit de Michael continue le voyage éventuel des frères à Fort Phil Kearny. Ils s’arrêtent à Fort Leavenworth en cours de route, où les deux deviennent fantassins à cheval aux côtés d’un capitaine nommé Brown. Ils se rendent ensuite à Fort Phil Kearny, et en cours de route, Tom rencontre Sarah pour la première fois et tombe amoureux d’elle. Ils arrivent enfin sur le site de Fort Phil Kearny et commencent à construire, et vivent des escarmouches avec les Sioux presque quotidiennement. Tom visite fréquemment la taverne du sutler où Sarah travaille. Ils font également la connaissance d’un jeune photographe nommé Ridgeway Glover, qui sans faire partie de l’armée voyage néanmoins avec eux et devient leur ami proche. Michael, son frère et les autres soldats deviennent plus sauvages et féroces au fil du temps et ils vivent plus de combats avec les Sioux.
Kohn poursuit son enquête sur le meurtre, récupérant finalement les livres du grand livre du forgeron par la force après qu’il ait refusé de les vendre. Dans les livres, Kohn note la dette exceptionnellement élevée de Thomas O’Driscoll, qui passe beaucoup de temps avec Sarah. Convaincu que la dette écrasante due au sutler constitue la preuve du meurtre, Kohn souhaite l’arrêter. Molloy, maintenant réveillé, reste sceptique et exige d’abord qu’ils aillent voir une autre prostituée du nom de Two Doves ainsi que Ridgeway Glover. Kohn, cependant, finit par sortir du fort pour se rendre au camp de bûcherons où travaillent les O’Driscoll et tente de les arrêter tous les deux. Au cours de la discussion, cependant, un groupe de Sioux descend sur le camp et tente de voler du bétail, et pendant l’escarmouche, Ridgeway Glover est tué et mutilé. Affolé, Michael se rend à Kohn.
Le récit de Michael décrit la nuit du triple meurtre. Le sergent Nevin est tué par les Sioux et, dans un acte de vengeance, un groupe de soldats entreprend de massacrer un camp voisin d’Indiens amis. Cependant, Carrington et les autres cadres supérieurs sortent pour les arrêter, et Michael et Tom parviennent à s’échapper sans être détectés jusqu’à la taverne du sutler. Ils y passent la nuit en paix jusqu’à ce que la femme du sutler gifle Sarah au visage, obligeant Tom à la saisir par la gorge. Le garde du corps du sutler fait un mouvement pour l’arrêter et Michael le tue, puis Tom tue le sutler lui-même. Sarah et les autres prostituées poignardent alors la femme du sutler. C’est à ce stade du roman que les récits de Michael et de Kohn convergent.
Avec Michael maintenant en garde à vue, Kohn tente d’extraire des aveux mais Michael souhaite ne parler qu’à Molloy, qui l’a autrefois sauvé lui et Tom à Chickamauga. Pendant ce temps, Tom se cache au camp de bûcherons pour échapper à l’enquête de Kohn. Une nuit, Sarah vient le voir dans sa cachette et les deux s’enfuient ensemble. Le lendemain, Molloy s’entretient avec Michael et exprime la conviction qu’il n’a rien fait de mal en tuant le sutler, lorsque l’alarme se déclenche dans le fort pour que chaque homme disponible combatte un groupe de guerre sioux qui approche. Michael et Kohn vont tous les deux se battre et, étant largement en infériorité numérique, sont vraisemblablement tués sur le champ de bataille. Molloy, toujours blessé et mourant d’une insuffisance hépatique due à l’alcool, rend une dernière visite à Jonathan alors que les soldats sont massacrés par les Sioux sur le champ de bataille voisin.