Fruits amers est l’histoire d’une famille qui essaie de faire face au passé. Vivant dans l’Afrique du Sud post-apartheid, Silas Ali se retrouve un jour face à face avec l’homme, Du Boise, qui a violé sa femme Lydia il y a près de vingt ans. Cette rencontre plonge la famille Ali dans une spirale descendante alors que chaque membre essaie de se réconcilier avec ce qui s’est passé.
Sous le régime de l’apartheid, Silas a travaillé pour la résistance clandestine. Sa vie secrète a mis sa famille en danger et le viol de Lydia était probablement lié à son travail de résistance. Silas travaille maintenant comme agent de liaison entre la Commission vérité et réconciliation (CVR) et le gouvernement. Silas reste idéaliste et optimiste quant à l’avenir du pays. Sa vie de famille ; cependant, est plongé dans la tourmente quand il voit Du Boise. Il découvre que son beau-frère était présent la nuit où Lydia a été violée. Silas essaie d’éviter le sujet et la réalité du viol de Lydia, restant passif alors que sa famille se sépare lentement. Silas tente de faire témoigner Lydia devant la CVR, mais il est impuissant et refuse de prendre d’autres mesures pour aider sa famille car il est pris dans sa propre douleur.
Pour Lydia, l’observation de Du Boise fait surgir des souvenirs du viol. Elle ressent à nouveau la douleur, l’impuissance et les dommages émotionnels du viol. Dans son angoisse, Lydia se blesse, lui donnant un symbole visible de son trouble intérieur. Elle semble devenir plus instable et fragile émotionnellement, alors qu’elle s’accroche à son fils Michael et s’en prend à Silas. En fin de compte, la solution de Lydia à la douleur est de se désengager de sa famille. Elle prend un nouveau travail, couche avec un homme à la fête d’anniversaire de son mari, regarde son fils s’autodétruire, et finalement, Lydia quitte sa ville et son mari pour une nouvelle vie ailleurs.
La transformation de Michael dans le roman est la plus radicale. Il apprend le viol de sa mère en lisant son journal et il découvre également qu’il est l’enfant de Du Boise. Alors qu’il lutte pour accepter cette information, Michael se lance dans plusieurs affaires à partir desquelles il obtient des informations sur Du Boise et une arme à feu volée aux femmes avec qui il couche. Michael renoue avec la famille des Silas, dans l’espoir de prouver que Lydia a tort, et il est entraîné dans la mosquée de son défunt grand-père. Dans la mosquée, Michael apprend la vengeance personnelle de son grand-père contre l’homme qui a violé sa sœur et Michael trouve un refuge pour lui-même. Lorsqu’une jeune femme qu’il connaît lui avoue qu’elle couche avec son propre père, Michael est poussé à bout. Il tue le père de la femme puis Du Boise, avant de commencer son voyage vers l’Inde et la sécurité.