Dune est l’histoire d’une famille noble « hors monde ». Leur monde est violemment brisé, mais leur jeune descendant s’adapte aux habitudes de sa nouvelle planète, assume le leadership religieux et militaire, optimise ses pouvoirs de prescience pour voir le complot contre lui et vainc complètement ses ennemis.
L’empereur Shaddam IV ordonne à la maison Atreides de Caladan, sa maison ancestrale riche en eau, de se rendre sur la planète désertique Arrakis, également connue sous le nom de Dune. Paul Atreides, à 15 ans, est adepte de l’entraînement mental et physique fourni par sa mère Bene Gesserit, Jessica, et les célèbres guerriers Gurney Halleck et Duncan Idaho. Paul passe un test d’humanité administré par l’ancien professeur de Jessica, et pourrait être le « Kwisatz Haderach attendu, celui qui peut être à plusieurs endroits à la fois ». Pendant ce temps, sur la planète Giedi Prime, le cousin du duc, l’obèse baron Vladimir Harkonnen, dont la maison Shaddam évince les riches Arrakis, complote contre les Atréides. Le planétologue impérial, Liet-Kynes, se sent étrangement attiré par les Atréides et les guide dans un vol au cours duquel ils sauvent des hommes d’un énorme ver des sables. Mentat Thurfir Hawat, un serviteur de longue date des Atréides, pense que Jessica est une traîtresse, alors qu’en fait c’est le Dr Wellington Yueh, dont la femme est une otage Harkonnen. La grève des Harkonnens – augmentée par les troupes impériales de Sardaukar – capturant les trois Atréides, mais Yueh organise l’évasion de Paul et Jessica et plante une dent de gaz toxique dans la mâchoire de Leto pour assassiner le baron. L’intrigue échoue.
Seul dans le désert, face à la défaite, Paul mûrit du jour au lendemain. Sa génétique, sa formation et les effets du mélange d’épices se combinent pour lui montrer le futur et le passé. Hawat rejoint les Harkonnen et commence à jouer les bouts contre le milieu. Halleck rejoint une bande de contrebandiers et jure de se venger de Jessica et des Harkonnen. Idaho meurt en défendant Paul et Jessica, et Kynes est fait prisonnier après les avoir aidés à s’échapper. La relation entre Jessica et Paul change alors que les pouvoirs de Paul l’effraient de plus en plus. Ils survivent à une tempête de sable, une avalanche et un ver géant, mais sont presque tués pour leur eau par Fremen. Paul se bat dans un duel mortel et trouve la prescience et les attitudes de sa mère de plus en plus gênantes à mesure que les Fremen les adoptent. Jessica devient une Révérende Mère, tout comme, à contrecœur, le fœtus dans son ventre. Les Harkonnens pressent fortement Arrakis. Paul, malgré les craintes d’un djihad lancé en son nom, et Jessica, nouvellement armée des pleins pouvoirs d’une Révérende Mère, sont prêts à mener la rébellion.
Le baron veut que son neveu, Feyd-Rautha, siège à temps sur le trône impérial. Hawat dit au baron détesté que l’empereur craint un prophète, « Muad’Dib », qui suscite une puissante force de combat dans le désert. Une fois que Paul maîtrise et chevauche un ver des sables, tous s’attendent à ce qu’il prenne la place de Stilgar après un combat à mort. Halleck retourne au service des Atréides lorsque le groupe de Paul capture une équipe de contrebandiers. Halleck soupçonne toujours Jessica, et seule une psychologie astucieuse et un raisonnement serré permettent à Paul d’éviter de tuer Halleck lorsqu’il attrape et menace sa mère. Les mêmes techniques fonctionnent sur les foules Fremen pour empêcher une confrontation avec Stilgar. Ils ne peuvent se permettre que de répandre le sang des Harkonnen. Paul semble mûrir jusqu’à ce que, sur un coup de tête, il boive l’Eau de la Vie. Après trois semaines dans le coma, Paul se réveille en tant que Kwisatz Haderach. Il voit l’Empereur et les Grandes Maisons se rassembler pour piller Dune, retenus uniquement par la connaissance que Paul peut détruire à jamais la seule source de mélange d’épices de l’univers – la clé du voyage spatial, de la prescience et de la longévité. Paul utilise l’atome pour faire un trou dans le mur du bouclier, à travers lequel les Fremen bien entraînés montent à dos de vers, écrasant les forces impériales et harkonnen. Paul retourne symboliquement dans le bâtiment d’où lui et Jessica se sont enfuis. Paul impose à l’empereur les conditions de reddition, qui incluent l’exil et lui donnent la main de la princesse Irulan. C’est un mariage politique, car Chani détient le cœur de Paul. Paul et Feyd-Rautha se battent jusqu’à la mort, et Jessica fait la paix avec Chani, disant qu’elles, bien que seules concubines, resteront dans l’histoire comme de nobles épouses.