SANIBEL FLATS est l’histoire des aventures d’un homme du nom de Marion Ford, une biologiste qui vit à Sanibel, en Floride, après un long séjour à Masagua, en Amérique centrale. Après que son ami Rafe Hollins l’ait contacté et lui ait dit que son fils avait disparu et qu’il était dans une situation désespérée, Ford quitta sa vie tranquille à Sanibel pour poursuivre Jake Hollins et le sauver d’un chef de la guérilla d’Amérique centrale. Appelé « Doc » par plusieurs de ses amis, Ford se concentre principalement sur l’étude de divers animaux de la biologie marine. Cependant, après l’appel de Rafe, il commence à faire une enquête amateur, qui s’intensifie après avoir trouvé le corps de Rafe suspendu aux arbres, un suicide apparent. Lorsqu’il devient clair que la ville de Sandy Flats déclare illégalement le suicide trop rapidement, Ford commence son enquête avec le shérif là-bas.
Ford a heureusement des relations dans la région de Sandy Flats/Sanibel depuis qu’il a grandi à Sanibel. C’est grâce à ces connexions qu’il en apprend plus sur Rafe, son histoire et ce qui aurait pu arriver à son fils, Jake, qui n’a que 8 ans. Hollins avait kidnappé Jake de son ex-femme dans le but de le sauver de son environnement imprégné d’abus de drogue et d’alcool. Lorsque Rafe se rend en Amérique centrale en route pour vivre au Costa Rica, ses anciens partenaires commerciaux volent Jake en garantie parce que Rafe leur a volé de précieux artefacts pré-mayas. Hollins donne cette information à Ford lors d’un appel téléphonique juste avant qu’il ne se suicide.
Régulièrement, Ford rassemble les informations et grâce à une connexion à Masagua, retourne en Amérique centrale avec un ami nommé Tomlinson pour essayer de déterminer où se trouve Jake Hollins. Il parle à un autre chef révolutionnaire et guérillero avec qui il est ami – Juan Rivera – et apprend que Juan Zacul a Jake. Se faisant passer pour des marchands d’artefacts intéressés à obtenir plus d’artefacts illégaux à vendre, Ford et Tomlinson sont amenés au camp de Zacul. Ils trouvent Jake dans une tente de détention pour prisonniers et finissent par le libérer. Zacul meurt empoisonné et Jake, Tomlinson et Ford rentrent sains et saufs à Sanibel. Peu de temps après son retour, il retrouve Rafe bien vivant avec sa petite amie Jessica McClure. Jake est envoyé chez son oncle Harry Hollins et Rafe est soulagé que Ford ait sauvé son fils pour lui. Ford, quant à lui, retourne à sa vie endormie à Sanibel.