Peter and the Shadow Thieves est une histoire fictive sur un garçon anglais nommé Peter qui aide une organisation secrète connue sous le nom de Starcatchers à échapper au sinistre Lord Ombra, le chef d’un groupe sombre appelé The Others. Peter vit sur l’île tropicale des Mollusques, qui est habitée par une bande de pirates dirigée par le maléfique Black ‘Stache, également connu sous le nom de Capitaine Crochet, ainsi que par une bande d’indigènes appelés les Mollusques. Il vit avec quatre autres garçons sur l’île et est constamment accompagné de Tinkerbell, une « birdgirl » féerique qui, comme Peter, a la capacité de voler.
L’histoire tourne autour d’une substance appelée starstuff, qui a des pouvoirs magiques. Starstuff tombe sur terre et est collecté par les Starcatchers pour être renvoyé dans les cieux lors d’un événement spécial appelé le retour. Un groupe sombre appelé The Others cherche à voler les objets collectés aux Starcatchers pour utiliser ses pouvoirs pour le mal.
Lord Ombra est l’un des Autres. C’est une figure sombre avec la capacité de soumettre les gens en capturant leurs ombres. Ombra arrive sur l’île des mollusques sur un navire commandé par le pirate capitaine Nerezza à la recherche d’un coffre d’étoiles qui avait été apporté sur l’île par Lord Aster, l’un des Starcatchers. Constatant qu’Aster est de retour en Angleterre, Ombra repart avec Peter et Tinkerbell cachés secrètement à bord. Une fois de retour en Angleterre, Peter tente désespérément de retrouver Lord Aster et sa fille, Molly, pour qui Peter a des sentiments profonds. Pendant ce temps, sur l’île Mollusk, le capitaine Hook capture les amis de Peter pour les utiliser comme appâts pour attirer Peter dans un piège.
Peter retrouve Molly Aster, dont le père est parti au Retour sans dire à personne où, et dont la mère a été kidnappée par Lord Ombra. Avec l’aide d’un ami de Molly nommé George Darling, Peter et les autres retrouvent son père pour l’avertir d’Ombra, qui a découvert l’heure et le lieu du retour. Dans une scène dramatique, Ombra arrive au Retour et est presque capable de voler la malle pleine de stars, mais est déjoué par Peter au dernier moment possible. Ombra est détruit dans un éclair de lumière vive et les ombres qu’il a volées, y compris celle de la mère de Molly, sont rendues à leurs propriétaires. Lord Aster, qui a été gravement blessé lors de l’attaque d’Ombra, est guéri par magie lorsqu’il est exposé à une petite quantité d’étoiles que Peter garde dans un médaillon.
Avec les étoiles retournées en toute sécurité dans les cieux, Peter dit un au revoir émouvant à Molly et retourne sur l’île des Mollusques où il aide avec succès ses amis à échapper aux pirates.